genmer：生成团簇初始构型结合molclus做团簇结构搜索的超便捷工具

sobereva · 发表于 Post on 2019-9-5 11:41:17

842655799 发表于 2019-9-5 11:09
sob老师你好，对于4.6节水层包围多巴胺，我的目的是想计算水和多巴胺之间的相互作用能，请问下一步该如何 ...

整体能量减去水层和多巴胺各自的能量

842655799 · 发表于 Post on 2019-9-8 12:32:24

谢谢！目前还有一个问题是molclus计算完后找不到.chk文件请问从哪可以找到？

sobereva · 发表于 Post on 2019-9-9 06:38:38

842655799 发表于 2019-9-8 12:32
谢谢！目前还有一个问题是molclus计算完后找不到.chk文件请问从哪可以找到？

把molclus的settings.ini的ibkchk设为1，每算完一个都会备份一下chk文件

842655799 · 发表于 Post on 2019-9-9 09:55:46

sobereva 发表于 2019-9-9 06:38
把molclus的settings.ini的ibkchk设为1，每算完一个都会备份一下chk文件

谢谢老师

XFKK · 发表于 Post on 2019-9-26 08:56:21

Sob老师，您好。genmer可以做以某一个原子为初始结构，之后再向其中添加另一种原子的团簇么。

sobereva · 发表于 Post on 2019-9-27 03:22:33

XFKK 发表于 2019-9-26 08:56
Sob老师，您好。genmer可以做以某一个原子为初始结构，之后再向其中添加另一种原子的团簇么。

我看不懂你的描述，以及你想建立什么样的体系

XFKK · 发表于 Post on 2019-9-27 14:59:00

Sob老师，您好。构造成类似于这样的分子

sobereva · 发表于 Post on 2019-9-28 03:21:48

XFKK 发表于 2019-9-27 14:59
Sob老师，您好。构造成类似于这样的分子

如果你是想把A原子弄在内层，B原子弄在外层，genmer可以做到。genmer.ini中把A原子的.xyz排在B原子.xyz前头，而且ishuffle设0即可

XFKK · 发表于 Post on 2019-9-28 08:50:19

好的，谢谢Sob老师。

sisthan · 发表于 Post on 2019-11-26 11:52:59

老师请教您一个问题，对于分子力场优化筛选构型并用isostat作出玻尔兹曼分布是根据什么进行排布的呢？是相互作用能吗？我看到输出的结果中有一项能量E,这是什么能量？谢谢~

sobereva · 发表于 Post on 2019-11-26 23:32:29

sisthan 发表于 2019-11-26 11:52
老师请教您一个问题，对于分子力场优化筛选构型并用isostat作出玻尔兹曼分布是根据什么进行排布的呢？是相 ...

就是用力场下的能量代入boltzmann公式里
当前情况下E就是按照力场的势函数计算的能量

Yaqi · 发表于 Post on 2020-1-11 19:34:08

卢老师，您好，有两个问题请教：

1. 如果想搜索柔性分子构成的二聚体团簇，在构建团簇初猜构型之前，需不需要先优化单个柔性分子的构象？

2. 使用molclus结合Gaussian使用，如果想要考虑溶剂对构型的影响，是不是需要在Gaussian输入文件template里面添加相应隐式溶剂的关键词即可？

sobereva · 发表于 Post on 2020-1-11 20:53:27

Yaqi 发表于 2020-1-11 19:34
卢老师，您好，有两个问题请教：

1. 如果想搜索柔性分子构成的二聚体团簇，在构建团簇初猜构型之前，需 ...

1 不离谱就行，不是非得先优化。如果初始结构你觉得建得太烂，先用xtb或者半经验粗略优化一下有益
2 是

Yaqi · 发表于 Post on 2020-1-11 20:54:50

sobereva 发表于 2020-1-11 20:53
1 不离谱就行，不是非得先优化。如果初始结构你觉得建得太烂，先用xtb或者半经验粗略优化一下有益
2 是

明白了，谢谢卢老师

hanmingxi · 发表于 Post on 2020-4-4 23:12:01

sob老师，我用genmer生成.xyz文件后修改完setting运行molclus显示找不到.out文件，然后调出来高斯后不运行，我修改了gaussian_path和ibkout都没有起作用，想请问下您是我在setting中的设置有什么问题吗？还是错误在别的方面？setting:
  iprog= 1  // The computational code to invoke. 1: Gaussian, 2: MOPAC, 3: ORCA, 4: xtb, 5: Open Babel
  ngeom= 0  // Geometries in traj.xyz to be considered. 0: All, n: First n. You can also use e.g. 2,5-8,12-14 to customize range
  itask= 0  // Type of task. 0: Optimization, 1: Single point energy, 2: frequency, 3: Optimization with frequency, -1: Composite method (only for Gaussian, e.g. CBS-QB3)
  ibkout= 1  // When backup output file. 0: Never, 1: All, 2: Successful tasks, 3: Failed tasks
  distmax= 999  // If distance between any two atoms is larger than this (Angstrom), the geometry will be skipped
  ipause= 1  // When pause molclus. 1: Optimization didn't converge (For Gaussian and ORCA), 2: After each cycle, 0: Never pause
  freeze= 0  // Index of atoms to be freezed during optimization, e.g. 2,4-8,13-14. If no atom is to be freezed, this parameter should be set to 0
--- Below for Gaussian ---
  gaussian_path= "C:\G09W\G09w.exe"  // Command for invoking Gaussian
  igaucontinue= 1  // 1: If optimization exceeded the upper number of steps, continue to optimize the last geometry using template2.gjf  0: Don't continue
  energyterm= "HF=" // For itask= 0 or 1, set label for extracting electron energy from archive part of output file, e.g. HF=, MP2=, CCSD(T)=. For itask= -1, set label for extracting thermodynamic quantity, e.g. "G4 Free Energy=" means G4 free energy will be extracted (need to write double quotes!). For itask= 2 or 3, this parameter does not need to be set because free energy is always extracted (however, if template_SP.gjf is presented, this parameter also determines loading which energy from high-level single point task).
  ibkchk= 1  // The same as ibkout, but for .chk file
--- Below for ORCA ---
  orca_path= "D:\study\ORCA\orca.exe"  // Command for invoking ORCA
  ibkgbw= 0  // The same as ibkout, but for .gbw file
  ibktrj= 0  // 1: Backup optimization trajectory (*_trj.xyz) with step number in the file name, 0: Don't backup
  mpioption= none  // Special MPI option for running ORCA. e.g. --allow-run-as-root. If no option is needed, this option should be set to "none"
--- Below for MOPAC ---
  mopac_path= "C:\Program Files\MOPAC\MOPAC2016.exe"  // Command for invoking MOPAC
--- Below for xtb ---
  xtb_arg= "--gfn 1 --chrg 0 --uhf 0"  // Additional arguments for xtb, e.g. "vtight --gfn 1 --gbsa h2o --chrg 0" (don't write task keywords such as "--opt" here)
--- Below for Open Babel ---
  obabel_FF= MMFF94  // Force field employed by Open Babel, available: MMFF94, Ghemical, UFF, GAFF
  obabel_param= "--steps 2500" // Additional arguments for Open Babel. Hint: For large system, "--log" could be added to monitor minimization process

template.gjf：
# M062X/6-31G* int=ultrafine opt(tight,maxcyc=40) nosymm

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