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楼主 Author: sobereva
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[Molclus] genmer:生成团簇初始构型结合molclus做团簇结构搜索的超便捷工具

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发表于 Post on 2020-4-4 23:25:05 | 只看该作者 Only view this author
hanmingxi 发表于 2020-4-4 23:12
sob老师,我用genmer生成.xyz文件后修改完setting运行molclus显示找不到.out文件,然后调出来高斯后不运行 ...

1.你没截图出错信息。
2.找不到out不是报错,或者说不是实际报错,无非是调用命令行删除文件提示你没得可删。
3.你的GAUSS_EXEDIR环境变量正确设置了么?设置成包含g09.exe的【目录】的路径。最好把这个路径也添加到环境变量PATH里。

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发表于 Post on 2020-4-5 23:22:27 | 只看该作者 Only view this author
snljty 发表于 2020-4-4 23:25
1.你没截图出错信息。
2.找不到out不是报错,或者说不是实际报错,无非是调用命令行删除文件提示你没得 ...

您好,之所以没错误信息是因为molclus调出高斯后就停止了,根本就没有开始运算,还有就是gaussian_path= "C:\G09W\G09w.exe" 我是这样设置的,sob老师帖子里用G09.exe,我试过了发现连高斯程序都点不出来了,所以就很苦恼问题具体出在哪里?

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发表于 Post on 2020-4-6 00:01:29 | 只看该作者 Only view this author
hanmingxi 发表于 2020-4-5 23:22
您好,之所以没错误信息是因为molclus调出高斯后就停止了,根本就没有开始运算,还有就是gaussian_path=  ...

我是说环境变量GAUSS_EXEDIR和PATH,看这个。

使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html

gaussian_path:Gaussian的可执行文件的路径,比如"/sob/g09/g09"、"D:\study\g16w\g16.exe"。也可以只写"g09",前提是程序所在目录已经加入到了PATH环境变量里。如果路径中有空格,则必须有双引号,没空格的话无所谓,后同
[注意:如果是Windows版Gaussian,gaussian_path必须指向诸如g09.exe而不能是g09w.exe,因为后者只是前者的一个图形界面而已,经常有人在这里犯错。另外,运行前还必须进入“控制面板”-“高级系统设置”-“高级”-“环境变量”,添加GAUSS_EXEDIR环境变量,使之指向Gaussian目录,如D:\study\g09w,否则Gaussian没法以命令行方式运行,也因此molclus将没法调用Gaussian。另外,不要用太老的G09版本,比如年代久远的G09 A.01、A.02版可能没法被molclus支持]

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发表于 Post on 2020-5-18 17:27:47 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-12-31 00:40
如果是正、负电荷离子混杂,需要额外修改程序,增加一些规则,尽量让两类交替出现。

请问老师如何修改程序,有没有这方面的教程呢
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-5-18 23:24:49 | 只看该作者 Only view this author
一条君 发表于 2020-5-18 17:27
请问老师如何修改程序,有没有这方面的教程呢

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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发表于 Post on 2020-7-17 12:25:06 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,我在学习molclus,在第一步使用genmer生成构型时遇到了问题。在重复Li6团簇的时候一切正常,但当我想找出B6Li8的所有异构体,出现了如下问题。
1.我写了一个B6的xyz文件,
1
boron
B                 -1.82403429    0.52217453    0.00000000
又写了一个Li8的xyz文件,同上。
genmer.ini里仿照例子写的,
----
8
examples\8Li.xyz
6
examples\6B.xyz
这时运行不了genmer。

2.我对B6Li8画了初始构型,然后在xyz文件中粘贴坐标,genmer.ini里仿照例子写的,
----
1
examples\B6Li8.xyz
这时得到的结构基本就是我画出来的,改变不大。
请问sob老师,我该怎么解决?


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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-7-18 11:22:12 | 只看该作者 Only view this author
niubaotian85 发表于 2020-7-17 12:25
sob老师,我在学习molclus,在第一步使用genmer生成构型时遇到了问题。在重复Li6团簇的时候一切正常,但当 ...

1 “Li8的xyz文件”是指什么?xyz文件里有8个Li?显然这样得到的结果会有8*8=64个Li,明显不是你想要的
你应当创建两个xyz文件,一个里面只有一个B,一个里面只有一个Li,这样genmer.ini里分别设6和8才能得到B6Li8

2 这明显是错的。xyz文件里的体系被是作为整个刚性片段来构建团簇的,你此时得到的结构显然和xyz里一模一样。

仔细看帖子里的例子。
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发表于 Post on 2020-7-19 00:31:27 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-7-18 11:22
1 “Li8的xyz文件”是指什么?xyz文件里有8个Li?显然这样得到的结果会有8*8=64个Li,明显不是你想要的
...

谢谢sob老师

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发表于 Post on 2020-7-19 09:26:32 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,求助。我想找到B6Li8团簇的基态结构,遇到了一些问题。
1. 我将使用 genmer生成了的traj.xyz里的坐标使用gview看了一下,大多数的结构中B-B,Li-Li,B-Li的键长有的都超过4埃或者5埃了,是我哪里出错了吗?如下图。2.对于这种B6Li8体系,我在genmer.ini中  ngen设置多少比较合理呢?
3.我的计算条件一般,那么在使用molclus时调用Gaussian、MOPAC,ORCA哪一个更好一点?谢谢sob老师!


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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-7-19 12:36:08 | 只看该作者 Only view this author
niubaotian85 发表于 2020-7-19 09:26
sob老师,求助。我想找到B6Li8团簇的基态结构,遇到了一些问题。
1. 我将使用 genmer生成了的traj.xyz里的 ...

iradtype应当用0使用共价半径
ngen设个200
先调用xtb预优化,筛选出最低二三十个再用Gaussian通过PBE0/6-31G*进一步优化
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发表于 Post on 2020-7-19 14:29:12 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-7-19 12:36
iradtype应当用0使用共价半径
ngen设个200
先调用xtb预优化,筛选出最低二三十个再用Gaussian通过PBE0/ ...

sob老师,非常感谢!!

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发表于 Post on 2020-9-1 21:37:15 | 只看该作者 Only view this author
卢老师你好 ,我想建立一种金属氧化物的原子团簇模型,即用genmer发射原子,产生大量初始构型,再用gaussian结构优化,筛选去重,请问是否可行?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-9-3 02:00:49 | 只看该作者 Only view this author
蒋小乐 发表于 2020-9-1 21:37
卢老师你好 ,我想建立一种金属氧化物的原子团簇模型,即用genmer发射原子,产生大量初始构型,再用gaussia ...

直接用Gaussian做成本太高,建议先结合xtb初步筛选一下,不花什么时间,还可以考虑大批量初始结构
可以试试,这也得看具体这种体系的原子簇特征,有的情况适合genmer有的情况可能不适合
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发表于 Post on 2020-9-3 11:06:12 | 只看该作者 Only view this author
好的 谢谢老师 我试试

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发表于 Post on 2020-10-18 19:49:06 | 只看该作者 Only view this author
不好意思打扰,一个小问题(其实无关紧要)
5.3中的把4.7节得到的包含15个Li6团簇初猜构型的traj.xyz放到molclus目录下。4.7应为4.8

本版积分规则 Credits rule

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