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楼主 Author: sobereva
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[Molclus] genmer:生成团簇初始构型结合molclus做团簇结构搜索的超便捷工具

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发表于 Post on 2024-8-26 15:11:55 | 只看该作者 Only view this author

好的,谢谢老师

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迷茫的本科生一枚

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发表于 Post on 2024-10-1 07:43:15 | 只看该作者 Only view this author
请问老师我想分别生成一个分子的两种不同构象在反应关键位点与两个水分子形成的簇,要求该分子只有一个,水有两个,并且想最后把两种构象放在一起讨论能量,按照帖子里的教程好像不能只用一次genmer就实现,是否可以这样:将该分子的两种构象分别保存为a.xyz和b.xyz,第一次将一个a和2个水一起用genmer生成团簇,第二次将一个b和2个水一起用genmer生成团簇,然后再把两次生成的traj文件里的结构合并成一个再用xtb优化,再进行DFT优化。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-10-1 08:08:05 | 只看该作者 Only view this author
2877321934 发表于 2024-10-1 07:43
请问老师我想分别生成一个分子的两种不同构象在反应关键位点与两个水分子形成的簇,要求该分子只有一个,水 ...

可以这样
另一种做法是跑动力学来产生traj.xyz,就省得分两种构象了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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迷茫的本科生一枚

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发表于 Post on 2024-10-1 08:34:40 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-10-1 08:08
可以这样
另一种做法是跑动力学来产生traj.xyz,就省得分两种构象了

好的,谢谢老师
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发表于 Post on 2025-7-6 22:00:27 | 只看该作者 Only view this author
请问卢老师,对于水层包围多巴胺的例子,生成各种构型后,做结构优化如何让水层保持近球形而不至于跑散呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-7-9 02:43:58 | 只看该作者 Only view this author
喝了假咖啡 发表于 2025-7-6 22:00
请问卢老师,对于水层包围多巴胺的例子,生成各种构型后,做结构优化如何让水层保持近球形而不至于跑散呢?

没法严格实现。但只要初始结构合适,局部优化算法也不至于会把水层跑散
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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