计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
楼主 Author: sobereva
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[Molclus] gentor:扫描方式做分子构象搜索的便捷工具

  [复制链接 Copy URL]

881

帖子

3

威望

1665

eV
积分
2606

Level 5 (御坂)

傻傻的木瓜

151#
发表于 Post on 2025-5-20 10:09:45 | 只看该作者 Only view this author
社长,文中提到“默认情况下,原子间距离小于它们的共价半径和的1.15倍就被视为成键”这点,在gentor里的代码实现思路是什么样的呢?
“以二重for循环遍历所有原子对”的简单想法要判断N(N-1)/2次,有没有更低标度的算法或者适当剪枝等技巧可用呢?

√546=23.36664289109

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120073

管理员

公社社长

152#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-5-21 04:11:12 | 只看该作者 Only view this author
Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2025-5-20 10:09
社长,文中提到“默认情况下,原子间距离小于它们的共价半径和的1.15倍就被视为成键”这点,在 ...

就是常规方式计算,没有什么特殊性。对于gentor一般处理的体系规模,直接N(N-1)/2的耗时也没多高。只有经典力场的动力学程序之类的,才需要绞尽脑汁降低这种循环的耗时

评分 Rate

参与人数
Participants 1
eV +1 收起 理由
Reason
Uus/pMeC6H4-/キ + 1 哦哦,multiwfn源代码plot.f90也是常规方式.

查看全部评分 View all ratings

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

195

帖子

0

威望

3238

eV
积分
3433

Level 5 (御坂)

153#
发表于 Post on 2025-6-4 20:57:38 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,请问如果我想扫描中间这个苯环,请问应该如何设置?

屏幕截图 2025-06-04 205555.png (62.87 KB, 下载次数 Times of downloads: 56)

屏幕截图 2025-06-04 205555.png

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120073

管理员

公社社长

154#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-6-5 00:31:21 | 只看该作者 Only view this author
GoldenBaby 发表于 2025-6-4 20:57
sob老师,请问如果我想扫描中间这个苯环,请问应该如何设置?

没法只转这个
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

195

帖子

0

威望

3238

eV
积分
3433

Level 5 (御坂)

155#
发表于 Post on 2025-6-5 01:05:35 | 只看该作者 Only view this author

嗯嗯,好的,期待能加上这个功能。

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2025-8-13 00:26 , Processed in 0.203057 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list