使用现成的甲烷水合物跑MD，在能量最小化这一步，原子名就对不上，无法继续

zheng1994517

牧生 发表于 2024-9-22 08:37
如果你预先加入了甲烷水合物的晶胞作为种子，那么是没问题的。
我是直接用gaff+RESP电荷，从没什么问题 ...

感谢您百忙之中给予的答复！我这个用的是全原子模型，并且在初始建模过程中确实加入了水合物晶胞，这里附上我的甲烷ITP以及模拟的MDP文件(如果有问题请您指出，我将不尽感激)，水的话向您学的方法进行处理的（三点水最小化后转四点水继续最小化后，然后跑10PS的NPT用于收紧packmol建立的盒子，然后进行NVT，最后NPT模拟），如果用GAFF+RESP方法的话 我可以不太熟练的尝试一下（之前完全没用过这个，因为有关文献都用的是OPLS/AA力场），另外还想咨询您一下，聚合物加入水合物体系的话，我用全原子力场OPLS/AA+1.2CM5电荷是否妥当？如果甲烷分子改用了GAFF+RESP方法的话那么聚合物的也需要更改，我不晓得这个是否会出现其他问题，但我会努力尝试！

牧生

zheng1994517 发表于 2024-9-22 17:11
感谢您百忙之中给予的答复！我这个用的是全原子模型，并且在初始建模过程中确实加入了水合物晶胞，这里附 ...

GAFF和opls不兼容，全都用gaff或者全都用opls，不能混用。
NVT是完全没必要的。
聚合物用gaff也是非常好的，不会有问题。

详见http://sobereva.com/soft/Sobtop

zheng1994517

牧生 发表于 2024-9-23 06:59
GAFF和opls不兼容，全都用gaff或者全都用opls，不能混用。
NVT是完全没必要的。
聚合物用gaff也是非常 ...

由于出差了，所以抱歉回复您晚了，我之前对甲烷分子的电荷采用了文献中的C0.24及H-0.06，这次尝试了甲烷分子采用1.2cm5的电荷，发现气泡现象明显降低，水合物生成速率增大

Dalin

牧生 发表于 2024-9-23 06:59
GAFF和opls不兼容，全都用gaff或者全都用opls，不能混用。
NVT是完全没必要的。
聚合物用gaff也是非常 ...

老师您好，我在AUTOff网站上生成GAFF的甲烷，但是他提示GAFF和TIP4P/ice不兼容，可能会产生不准确的模拟结果，这个有影响吗？

牧生

Dalin 发表于 2024-10-8 16:57
老师您好，我在AUTOff网站上生成GAFF的甲烷，但是他提示GAFF和TIP4P/ice不兼容，可能会产生不准确的模拟 ...

完全不影响啊

grace123

请问

grace123

请问已经有甲烷水合物晶胞了，如何生成二氧化碳水合物晶胞呢，我是直接在甲烷水合物gro文件将两个氢删去，剩下的改为O，在MS扩成3X3X3，但是em时能量一直过大

牧生

grace123 发表于 2024-12-6 20:04
请问已经有甲烷水合物晶胞了，如何生成二氧化碳水合物晶胞呢，我是直接在甲烷水合物gro文件将两个氢删去， ...

用genice可以的哦。

你的操作，我在初学阶段也是这样干的，我觉得也没啥问题，但我强烈不推荐MS，用Multiwfn的主功能300里面有扩胞功能，挺好用的。