氟化亚锡SnF2溶液的MD模拟应该用什么软件实现

一条君 · 发表于 Post on 2021-8-10 22:14:25

GROMACS支持的力场好像都不包含锡离子，（1）刚刚接触了CP2K，请问AIMD是否可行；（2）另外MS的COMPASS或UFF力场是否可以实现，哪个更好；（3）题外音就是如果用GMX，是否就需要用高斯等自己拟合参数，而且还要自己验证，这种方法拿来发文章是不太让人信服？谢谢各位老师

lyj714 · 发表于 Post on 2021-8-10 22:32:45

Merz力场中有Sn2+的参数，你可以根据研究的属性选择参数，https://pubs.acs.org/doi/10.1021/ct400146w

sobereva · 发表于 Post on 2021-8-11 02:37:52

AIMD可行

完全没必要考虑M$，又特慢又超贵又特不灵活

搞清楚程序和力场的关系，GROMACS自带的力场不支持就额外补充参数就完了

2L说了，先尝试用Merz的，如果和已知实验现象对比发现不好到时候再说

喵星大佬 · 发表于 Post on 2021-8-11 05:29:48

溶液性质做AIMD的话可以用CPMD跑CPMD，同计算资源下可以做的体系大小/时间长度要大得多

溶剂是啥？水溶液可以试试Merz，非水还是算了直接AIMD好了

biogon · 发表于 Post on 2021-8-11 08:52:49

喵星大佬发表于 2021-8-11 05:29
溶液性质做AIMD的话可以用CPMD跑CPMD，同计算资源下可以做的体系大小/时间长度要大得多

溶剂是啥？水溶 ...

CP2K的AIMD是CPMD吗

喵星大佬 · 发表于 Post on 2021-8-11 09:37:59

biogon 发表于 2021-8-11 08:52
CP2K的AIMD是CPMD吗

有个二代CPMD，正常还是bomd

一条君 · 发表于 Post on 2021-8-26 19:00:43

喵星大佬发表于 2021-8-11 05:29
溶液性质做AIMD的话可以用CPMD跑CPMD，同计算资源下可以做的体系大小/时间长度要大得多

溶剂是啥？水溶 ...

您好，请问QE可以做的体系大小和CPMD软件相比如何呢，想做1800个原子的AIMD（http://bbs.keinsci.com/thread-18271-1-1.html 3#提到QE也可以做CPMD,QE用户多一些，遇到问题方便问，哈哈）
尝试过用cp2k PBE方法，应该是内存不够，xtb方法还没试，谢谢~

喵星大佬 · 发表于 Post on 2021-8-26 19:19:04

一条君发表于 2021-8-26 19:00
您好，请问QE可以做的体系大小和CPMD软件相比如何呢，想做1800个原子的AIMD（http://bbs.keinsci.com/thr ...

cp2k不够其他还是算了吧，1800原子aimd现阶段来说就是做梦，用半经验都够呛

一条君 · 发表于 Post on 2021-8-27 17:27:04

喵星大佬发表于 2021-8-26 19:19
cp2k不够其他还是算了吧，1800原子aimd现阶段来说就是做梦，用半经验都够呛

您好，最近看了些帖子，如果aimd不行，猜想可极化力场是不是可行，比如支持1-86号元素的GFN-FF力场，这样准确度应该更高吧（打算用merz力场作npt后用xtb作动力学），感谢瞄君的意见~
http://bbs.keinsci.com/thread-17302-1-1.html（amoeba好像不支持锡元素）

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[CP2K] 氟化亚锡SnF2溶液的MD模拟应该用什么软件实现

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