计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
楼主 Author: sobereva
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[综合交流] 18碳环(cyclo[18]carbon)与石墨烯的相互作用:基于簇模型的研究一例

[复制链接 Copy URL]

15

帖子

0

威望

2694

eV
积分
2709

Level 5 (御坂)

16#
发表于 Post on 2021-10-29 08:51:02 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-10-28 12:02
之前忘上传了。已上传

谢谢老师

103

帖子

0

威望

3829

eV
积分
3932

Level 5 (御坂)

17#
发表于 Post on 2023-3-27 22:26:40 | 只看该作者 Only view this author
请问sob老师,对复合物结构进行振动分析时是否需要删除冻结设定?或者为了和真实的物理模型贴近,应该在对优化好的石墨烯片段进行振动分析时冻结相应原子?
「狩りってのは先に焦せった方の負けだ、ハンターも獲物もな」

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120102

管理员

公社社长

18#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-3-28 04:44:42 | 只看该作者 Only view this author
LittlePupil 发表于 2023-3-27 22:26
请问sob老师,对复合物结构进行振动分析时是否需要删除冻结设定?或者为了和真实的物理模型贴近,应该在对 ...

优化时怎么冻结,振动分析就怎么冻结
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

103

帖子

0

威望

3829

eV
积分
3932

Level 5 (御坂)

19#
发表于 Post on 2023-3-28 16:03:48 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-3-28 04:44
优化时怎么冻结,振动分析就怎么冻结

感谢sob老师的回复,但如果要考虑两个片段结合过程中的自由能变,应该是要保证对片段和复合物进行振动分析时冻结设定一致的吧?这时是不是应该在对优化好的石墨烯片段进行振动分析时冻结相应原子?
「狩りってのは先に焦せった方の負けだ、ハンターも獲物もな」

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120102

管理员

公社社长

20#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-3-29 04:30:26 | 只看该作者 Only view this author
LittlePupil 发表于 2023-3-28 16:03
感谢sob老师的回复,但如果要考虑两个片段结合过程中的自由能变,应该是要保证对片段和复合物进行振动分 ...

评分 Rate

参与人数
Participants 1
eV +5 收起 理由
Reason
LittlePupil + 5 谢谢

查看全部评分 View all ratings

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

8

帖子

0

威望

631

eV
积分
639

Level 4 (黑子)

21#
发表于 Post on 2024-11-12 09:27:18 | 只看该作者 Only view this author
LittlePupil 发表于 2023-3-28 16:03
感谢sob老师的回复,但如果要考虑两个片段结合过程中的自由能变,应该是要保证对片段和复合物进行振动分 ...

对于这种情况,Gibbs热力学校正时虚频要做特殊的处理?还是直接用“Thermal correction to Gibbs Free Energy=” 后面的值?

103

帖子

0

威望

3829

eV
积分
3932

Level 5 (御坂)

22#
发表于 Post on 2024-11-12 23:36:42 | 只看该作者 Only view this author
nirvana 发表于 2024-11-12 09:27
对于这种情况,Gibbs热力学校正时虚频要做特殊的处理?还是直接用“Thermal correction to Gibbs Free En ...

对于这种情况,理论上不应该存在虚频,因为优化和振动分析的冻结设定是一致的。
「狩りってのは先に焦せった方の負けだ、ハンターも獲物もな」

8

帖子

0

威望

631

eV
积分
639

Level 4 (黑子)

23#
发表于 Post on 2024-11-13 16:05:12 | 只看该作者 Only view this author
LittlePupil 发表于 2024-11-12 23:36
对于这种情况,理论上不应该存在虚频,因为优化和振动分析的冻结设定是一致的。

确实,有虚频可以消掉

195

帖子

0

威望

1429

eV
积分
1624

Level 5 (御坂)

24#
发表于 Post on 2025-2-27 10:18:42 | 只看该作者 Only view this author
请问一下,石墨烯的.cif文件在哪里可以下载?谢谢大家

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120102

管理员

公社社长

25#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-2-27 13:45:38 | 只看该作者 Only view this author
大头攒毛 发表于 2025-2-27 10:18
请问一下,石墨烯的.cif文件在哪里可以下载?谢谢大家

石墨烯是指单层石墨,不可能有cif文件
自行把石墨晶体结构中只保留一层就完了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

195

帖子

0

威望

1429

eV
积分
1624

Level 5 (御坂)

26#
发表于 Post on 2025-2-27 15:55:26 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-2-27 13:45
石墨烯是指单层石墨,不可能有cif文件
自行把石墨晶体结构中只保留一层就完了

好的,谢谢sob老师

887

帖子

3

威望

1669

eV
积分
2616

Level 5 (御坂)

傻傻的木瓜

27#
发表于 Post on 2025-5-15 14:46:59 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 Uus/pMeC6H4-/キ 于 2025-5-15 15:11 编辑

有两个互不相关的问题值得讨论一下:
1. 在http://sobereva.com/82提到有些有限尺寸石墨烯片段的基态是自旋极化单重态,这样的话此类片段能真实表现无限延展的石墨烯的吸附行为(尤其是针对基态O2、NOx、水合过渡金属离子等开壳层物种)吗?如果不能,构建簇模型时有没有什么考虑能确保石墨烯片基态是闭壳层的?(最简单的想法是,六元环应当完整、碳原子数应当为偶数、至少能画出一个纯粹单双键交替而无自由基的共振式以避免搞出Non-Kekulé分子,但这些应该只是必要不充分条件。)
2. 如果想在比普通DFT泛函更高的级别下做几何优化,面对静态相关不强、HF波函数定性准确的情形,CCSD是一般值得推荐的后HF方法吗?还是说此处用CCSD是因为Gaussian有其解析梯度?另一边,MP2(或者RI-MP2)在几何优化上表现又如何?

√546=23.36664289109

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120102

管理员

公社社长

28#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-5-16 04:00:12 | 只看该作者 Only view this author
Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2025-5-15 14:46
有两个互不相关的问题值得讨论一下:
1. 在http://sobereva.com/82提到有些有限尺寸石墨烯片段的基态是自 ...

1 取决于研究什么。对于用簇模型研究吸附问题,当闭壳层还是开壳层计算没什么差异

2 是。CCSD优化很稳,即便有一些静态相关也能对付。MP2优化在如今看来毫无用处,比普通泛函更贵(尤其是之后做振动分析验证有无虚频的时候更贵得多得多,做RI-MP2常用的ORCA还没有MP2的解析Hessian),比起恰当选择的普通泛函又没什么优势。真愿意花MP2的计算代价的话不如用更理想的双杂化优化

评分 Rate

参与人数
Participants 1
eV +1 收起 理由
Reason
Uus/pMeC6H4-/キ + 1 谢谢

查看全部评分 View all ratings

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2025-8-13 23:06 , Processed in 0.162000 second(s), 21 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list