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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 18碳环(cyclo[18]carbon)与石墨烯的相互作用:基于簇模型的研究一例

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发表于 Post on 2021-10-29 08:51:02 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-10-28 12:02
之前忘上传了。已上传

谢谢老师

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发表于 Post on 2023-3-27 22:26:40 | 只看该作者 Only view this author
请问sob老师,对复合物结构进行振动分析时是否需要删除冻结设定?或者为了和真实的物理模型贴近,应该在对优化好的石墨烯片段进行振动分析时冻结相应原子?
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-3-28 04:44:42 | 只看该作者 Only view this author
LittlePupil 发表于 2023-3-27 22:26
请问sob老师,对复合物结构进行振动分析时是否需要删除冻结设定?或者为了和真实的物理模型贴近,应该在对 ...

优化时怎么冻结,振动分析就怎么冻结
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2023-3-28 16:03:48 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-3-28 04:44
优化时怎么冻结,振动分析就怎么冻结

感谢sob老师的回复,但如果要考虑两个片段结合过程中的自由能变,应该是要保证对片段和复合物进行振动分析时冻结设定一致的吧?这时是不是应该在对优化好的石墨烯片段进行振动分析时冻结相应原子?
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-3-29 04:30:26 | 只看该作者 Only view this author
LittlePupil 发表于 2023-3-28 16:03
感谢sob老师的回复,但如果要考虑两个片段结合过程中的自由能变,应该是要保证对片段和复合物进行振动分 ...

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LittlePupil + 5 谢谢

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发表于 Post on 2024-11-12 09:27:18 | 只看该作者 Only view this author
LittlePupil 发表于 2023-3-28 16:03
感谢sob老师的回复,但如果要考虑两个片段结合过程中的自由能变,应该是要保证对片段和复合物进行振动分 ...

对于这种情况,Gibbs热力学校正时虚频要做特殊的处理?还是直接用“Thermal correction to Gibbs Free Energy=” 后面的值?

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发表于 Post on 2024-11-12 23:36:42 | 只看该作者 Only view this author
nirvana 发表于 2024-11-12 09:27
对于这种情况,Gibbs热力学校正时虚频要做特殊的处理?还是直接用“Thermal correction to Gibbs Free En ...

对于这种情况,理论上不应该存在虚频,因为优化和振动分析的冻结设定是一致的。
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发表于 Post on 2024-11-13 16:05:12 | 只看该作者 Only view this author
LittlePupil 发表于 2024-11-12 23:36
对于这种情况,理论上不应该存在虚频,因为优化和振动分析的冻结设定是一致的。

确实,有虚频可以消掉

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