能量分解EDA怎么写输入文件？

15536365262 · 发表于 Post on 2021-10-20 20:09:54

算能量分解EDA时怎么写输入文件呢？我用的方法和基组是M062X/aug-cc-pvdz，以上是我的一个输入文件和输出文件，不知道问题出现在哪里？请老师指教

zjxitcc · 发表于 Post on 2021-10-20 20:46:07

本帖最后由 zjxitcc 于 2021-10-20 20:51 编辑

GAMESS中的LMO-EDA输入文件不容易写，不能直接对片段进行可视化，SCF收敛难，不能读取现成的轨道帮助收敛，有一堆缺点。

现今最新的是GKS-EDA，无需自己写输入文件。可以写一个高斯gjf文件然后使用frag_guess_wfn小程序自动调用高斯做计算，最后自动生成GKS-EDA输入文件（含关键词、坐标、基组和轨道），GKS-EDA会以极快的速度算完。例子见MOKIT（https://gitlab.com/jxzou/mokit）的PDF手册5.3.3章节。这种做法可以用GaussView观看gjf文件中的各个片段，Gaussian本身SCF收敛性较好，DFT算得也比GAMESS快，算完将轨道写进GKS-EDA输入文件，规避了很多缺点。

paramecium86 · 发表于 Post on 2021-10-21 04:05:05

本帖最后由 paramecium86 于 2021-10-21 04:11 编辑

出错的直接原因是格式写的有问题。你写基组的方式是在原子坐标后面直接写上基组，这样的写法就要求你写完每个基组得空一行再写下一个原子。而你的输入文件中少了几个空行。（第三和第四个H之间， F和N之间，第二和第三个N之间的空行都缺失了）。

除了这个问题。你的分子电荷和多重度是 0 和 2 你在设置每个fragment的电荷和多重度的时候不能和你总的电荷多重度冲突。比如你现在设置两个fragment的电荷 mcharg(1)=0 -1，加在一起都不是0，肯定是不对的。相应的如果总的自旋多重度是 2 两个fragment的多重度就不可能是 mmult(1)=1 1 你需要重新设定。比如设置成mcharg(1)=1 -1 mmult(1)=2 1 之类的。

另外如楼上大佬所讲，GAMESS的SCF不容易收敛，建议直接至少在 $contrl里加上 maxit=200 ，把SCF迭代的最大圈数设置到200，用默认的30圈可能很难保证收敛的了。如果200圈还不收敛你还得想办法用别的关键词帮助一下。或者读取其他程序生成的波函数。

15536365262 · 发表于 Post on 2021-10-21 11:15:40

paramecium86 发表于 2021-10-21 04:05
出错的直接原因是格式写的有问题。你写基组的方式是在原子坐标后面直接写上基组，这样的写法就要求你写完每 ...

谢谢您的回答，还有一个问题想请教您，就是我想问问我用的方法和基组是M062X/aug-cc-pvdz，这个要在哪个关键词里面体现啊？

15536365262 · 发表于 Post on 2021-10-21 11:31:26

zjxitcc 发表于 2021-10-20 20:46
GAMESS中的LMO-EDA输入文件不容易写，不能直接对片段进行可视化，SCF收敛难，不能读取现成的轨道帮助收敛， ...

谢谢您的帮助，我下载了MOKIT这个安装包，还是没有找到您说的pdf手册5.3.3

zjxitcc · 发表于 Post on 2021-10-21 12:10:15

15536365262 发表于 2021-10-21 11:31
谢谢您的帮助，我下载了MOKIT这个安装包，还是没有找到您说的pdf手册5.3.3

就在安装包里，doc/MOKIT_manual.pdf

paramecium86 · 发表于 Post on 2021-10-21 14:01:07

15536365262 发表于 2021-10-21 11:15
谢谢您的回答，还有一个问题想请教您，就是我想问问我用的方法和基组是M062X/aug-cc-pvdz，这个要在哪个 ...

在$contrl里加上 DFTTYP=m06-2x

至于基组你既然都用了和目前这种写法自然也可以继续用。找到aug-cc-pvdz的定义就好。而且还得给I弄个带赝势的版本。

15536365262 · 发表于 Post on 2021-10-22 09:49:47

paramecium86 发表于 2021-10-21 14:01
在$contrl里加上 DFTTYP=m06-2x

至于基组你既然都用了和目前这种写法自然也可以继续用。找到aug-cc-pv ...

好的，谢谢老师，第一行的mplevl=2和第五行mp2是不是需要删掉啊？

snljty · 发表于 Post on 2021-10-22 10:13:18

如果不想看手册，可以参考一下这个贴的2L。http://bbs.keinsci.com/thread-655-1-1.html

paramecium86 · 发表于 Post on 2021-10-22 10:21:51

15536365262 发表于 2021-10-22 09:49
好的，谢谢老师，第一行的mplevl=2和第五行mp2是不是需要删掉啊？

是的这个是计算二阶微扰，要去掉。

youxx189 · 发表于 Post on 2023-7-6 16:14:21

您好刚开始学习EDA 附件是结果文件一直没弄明白错误的原因谢谢大家指教

zjxitcc · 发表于 Post on 2023-7-6 16:39:10

本帖最后由 zjxitcc 于 2023-8-20 13:44 编辑

youxx189 发表于 2023-7-6 16:14
您好刚开始学习EDA 附件是结果文件一直没弄明白错误的原因谢谢大家指教

你确定你这个体系整体的电荷自旋多重度、片段的自旋多重度都是0 1么？如果都是0 1，那要特别注意整体是开壳层单重态，不是闭壳层（用RDFT算是不合理的），含Co的片段也是开壳层单重态，这里面涉及构造对称破缺初猜和检验波函数稳定性，而GAMESS做这些太弱了。再加上输入文件要注意关键词、格式等一大堆问题，离正确计算过于遥远，即使成功交上去后大概率SCF不收敛（因为GAMESS的SCF比较弱）。

建议使用frag_guess_wfn小程序自动产生GKS-EDA输入文件，它会自动调用高斯做SCF计算，构造对称破缺初猜、检验波函数稳定性，自动产生含坐标，基组和轨道的inp文件，让GKS-EDA极速收敛，不用关心一堆破事。中文教程见《GKS-EDA计算简介》

frag_guess_wfn小程序功能见https://jeanwsr.gitlab.io/mokit-doc-mdbook/chap5-3.html
Win版frag_guess_wfn小程序使用介绍见https://jeanwsr.gitlab.io/mokit- ... 4531-frag_guess_wfn
关于这个体系，只需要一个gjf文件就可以一切自动化、还能加速计算了

5.gjf (5.83 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)

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