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[GROMACS] grompp 出現報錯:No default Improper Dih. types

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本帖最后由 黄舒伟 于 2021-10-26 21:39 编辑

請問在準備往體系添加離子前一步(使用了amber14sb_parmbsc1.ff 力場),命令行 gmx grompp -f ions.mdp -c box_water.gro -p topol.top -o ions.tpr,出現error:Generated 3828 of the 3828 non-bonded parameter combinations
Generating 1-4 interactions: fudge = 0.5

Generated 3828 of the 3828 1-4 parameter combinations

ERROR 1 [file topol_Protein_chain_B.itp, line 207614]:
  No default Improper Dih. types
...(略去7個類似報錯,上面一樣,只是 line不一樣)

查詢了相關報錯行,如下:  2230  2233  2239  2234     4

請問這種情況怎麼解決呢?
在公司搜了相關的帖子如:http://bbs.keinsci.com/thread-7721-1-1.html  但是發現他的解決方法不適用于我的體系,所以想問大佬們一下這個應該怎麼修改?

topol_Protein_chain_B.zip

657.09 KB, 下载次数 Times of downloads: 7

壓縮後的itp文件

erorr_amber14sb.zip

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发表于 Post on 2021-10-25 17:54:15 | 只看该作者 Only view this author
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-10-26 21:41:33 | 只看该作者 Only view this author

社長您好,top文件已上傳。

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发表于 Post on 2021-10-27 13:15:25 | 只看该作者 Only view this author
把top里的#include "./amber14sb_parmbsc1_opc_lmi.ff/forcefield.itp"中的路径改成绝对路径再试
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-10-28 11:42:34 | 只看该作者 Only view this author
还是有问题,我还是用GMX自带的amber99SB-ILDN,这个跑起来没问题。(附上初始pdb供参考)

fixed_dnafix.zip

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处理的PDB(代码5f9r)

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发表于 Post on 2022-4-20 15:40:21 | 只看该作者 Only view this author
是这个amberff14sb这个包没有办法处理HID的improper二面角 解决中。。。

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黄舒伟 + 5 谢谢

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发表于 Post on 2022-4-20 16:30:21 | 只看该作者 Only view this author
我没有办法解决,实力不够找不出不同点,我估计你也是从这个网站http://www.gromacs.org/Downloads/User_contributions/Force_fields 下的ff14sb包,但是不管是上面的12sb还是14sb 它都会在生成tpr这一步报错。而且都是HID的 CB-CG CD2-ND1的这个二面角(应该)但是HIE相同的二面角就不报错。我研究了一个下午,不晓得这个上传力场包的人是不是搞错了……其实12sb的包打开 对蛋白的力场还是用的AMBER99SB-ILDN protein, nucleic AMBER94 (Lindorff-Larsen et al., Proteins 78, 1950-58, 2010)这个力场,就算14sb也是在这个力场上略微调整。所以我最后选择用gromacs自带的AMBER99SB-ILDN protein, nucleic AMBER94 (Lindorff-Larsen et al., Proteins 78, 1950-58, 2010)。用这个就不会报错,懒得弄了。

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发表于 Post on 2022-4-20 16:52:20 | 只看该作者 Only view this author
算了 还是弄了一下,打开usr/local/gromacs/share/top/amber99sb-ildn.ff里的ffbonded.itp 搜索[ dihedraltypes ]  这个有两栏,把第一栏里的全部内容复制到14sb的ffbonded.itp里的[ dihedraltypes ]  improper栏的下一栏 就相当与说把amber99sb-ildn.ff里的improper dihedraltypes 复制到14sb的对应位置,使用14sb就不会报错了

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michaelma + 3 谢谢分享
xzjydbbxzrq + 3 大佬牛逼。
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发表于 Post on 2022-8-10 11:37:59 | 只看该作者 Only view this author
我也遇到了一模一样的问题,问题定位在HIS的HID质子化形态。aminoacids.itp中HID下impropers默认为CB-CG-CD2-ND1,但是ffbonded.itp中的这一项异常二面角类型为CT-CV-CC-NA即CB-CD2-CG-ND1,这就导致了grompp错误。可以修改aminoacids.itp也可以修改ffbonded.itp,一致就好了,建议修改ffbonded.itp,因为99sb-ildn中除了CT-CV-CC-NA还有NA-CV-CC-CT,保证了不会出现问题。

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发表于 Post on 2022-9-1 16:19:35 | 只看该作者 Only view this author
LiuSX 发表于 2022-8-10 11:37
我也遇到了一模一样的问题,问题定位在HIS的HID质子化形态。aminoacids.itp中HID下impropers默认为CB-CG-CD ...

你好,我用的是amber14sb(OS15)版本,我也遇到了一样的问题,不过好像ffbonded.itp不太一样我没找到CB-CG-CD2-ND1,请问你是怎么找到对应的区别的呢

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发表于 Post on 2022-9-1 16:57:26 | 只看该作者 Only view this author
peng 发表于 2022-9-1 16:19
你好,我用的是amber14sb(OS15)版本,我也遇到了一样的问题,不过好像ffbonded.itp不太一样我没找到CB-CG ...

是OL15吧。你确定找的是原子类型而不是原子名吗?

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发表于 Post on 2022-9-1 17:50:44 | 只看该作者 Only view this author
LiuSX 发表于 2022-9-1 16:57
是OL15吧。你确定找的是原子类型而不是原子名吗?

对,是OL15,不好意思我没找到aminoacids.itp这个文件只有aminacids.rtp的,这是HID部分参数
[ impropers ]
    -C    CA     N     H
    CA    +N     C     O
    CG   CE1   ND1   HD1
    CG   NE2   CD2   HD2
   ND1   NE2   CE1   HE1
   ND1   CD2    CG    CB

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