2021双十一MD工作站配置推荐

Entropy.S.I

今晚8点双十一活动就开始了，这里推荐两套用于MD模拟的工作站配置，其中1号配置几乎是目前跑大体系MD模拟任务和量化任务最快的消费级平台。（线程撕裂者是准专业级，排除了）
配置单里写的购买渠道都是非常稳妥的，开发票非常方便，完全适用于公费采购。如果是个人购买，在有售后保障的前提下可以去更便宜的渠道，CPU可以买散片。
配置单中两张显卡都需要抢，按以往规律，今晚大概率是秒无，但之后一段时间又会时不时有货几秒，有耐心的同志可以花点时间疯狂刷新，找到机会立刻下单，鄙人之前就是用这种办法抢到了许多许多耍猴产品，包括但不限于Nvidia显卡、小米平板触控笔。如果实在抢不到，可以找找JD自营的其他品牌，看有没有价格合适的非丐卡，也可以去桃饱买，价格和JD自营相差不大，但不含税，要开票得加税点。需要注意的是，如果去桃饱买显卡，也请尽量选择配置单中推荐的，再不济也要选个人送保方便的品牌，例如七彩虹、影驰、铭瑄。
AMD Ryzen平台相较于intel Core平台有一个优势——支持ECC-UDIMM内存，所以这里只推荐AMD Ryzen CPU。需要注意：Ryzen APU不支持ECC内存，另外有一些主板也不支持ECC内存，这里推荐的都是华擎主板，因为华擎X570主板全系支持ECC内存。
1号配置中主板和显卡都选了用料很扎实的旗舰/次旗舰产品，主要是考虑到平台功耗高、发热大，长期满载的情况下丐版用料容易出问题。不建议自行改为丐版显卡和主板。1号配置的SSD选了当前性价比最高的PCIe4.0 SSD，浦科特M10P，这块硬盘综合性能比三星980Pro和西部数据SN850都强，在消费级产品中仅次于奇贵无比的希捷酷玩530。浦科特一直以来都采用东芝原厂NAND闪存颗粒，产品性价比也都很不错，但由于其不善营销，故在大众市场不知名。
内存和机械硬盘的购买渠道只标了桃饱，具体什么店铺就不说了，免得有广告嫌疑，诸位自己去找开店时间久、评价靠谱的店铺就行。机械硬盘要认准有西部数据零售代理资格的店铺。
散热器和机箱风扇都推荐了利民的高端产品，FC140和TL-C14X在B站上都有评测，性能都是顶级，性价比也非常高。先马朱雀机箱出厂预装了前面板的3把风扇，上侧和后侧一共3个14cm风扇位，2号配置中只给了1把14cm风扇，应该装到后侧。如果觉得机箱风扇一百多元一把买不起，也可以另找便宜的工业扇，缺点就是噪音奇大。
1号配置在Ubuntu 20.04环境使用Gromacs 2020.6跑20万原子体系，rvdw=1.4的情况下，速度是XEON W-2145 & RTX 2060的3倍、XEON Gold 5220 & RTX 2060的2.5倍；2号配置分别为2倍、1.8倍。
Gromacs在使用GPU加速的情况下，对CPU性能仍有一定要求，特别是在使用浮点性能非常强的Ampere架构中高端GPU的情况下，对CPU要求很高。1号配置使用了Zen3架构16核心全核满载4.5GHz的5950X，但在跑100万原子的巨大体系时仍然显示出明显的CPU瓶颈，对于小几十万原子的体系，CPU瓶颈不太明显，mdrun时设置-nt 32即可。
如果你使用的是Amber、NAMD v3等在调用GPU加速后对CPU需求不高的MD程序，同时预算很吃紧，也可以把CPU降为5800X，其中1号配置的主板和内存改成和2号一样的。预算不吃紧就不用降了，CPU性能强不会吃亏，可以用来跑跑量化，毕竟做MD研究的过程中多少会涉及一些量化任务。超频Tips: 配置单中的2张显卡都可以按下挡板上的“一键超频”按钮来拉升频率和功耗墙，是原厂调好的方案，很稳定，建议日常按下；AMD Ryzen CPU的平台，应该去主板BIOS打开PBO选项，性能有大幅提升，也很稳定。进阶的超频，玩玩就好，不建议日常使用，除非你能确认核心体质非常好。

OIrH

一定要用ECC内存吗？

Entropy.S.I

OIrH 发表于 2021-11-10 22:52
一定要用ECC内存吗？

ECC内存可以显著降低长时间计算出错的概率，很有必要用。我好兄弟用来打游戏兼顾ML炼丹的PC都用了ECC内存

amani73986

请问2022年9月底，4090出了，可以推荐一个gromacs的新配置么？4卡或者8卡的平台是不是不太适合跑gromacs，因为对于cpu的需求比较高，谢谢。

Entropy.S.I

amani73986 发表于 2022-9-29 19:08
请问2022年9月底，4090出了，可以推荐一个gromacs的新配置么？4卡或者8卡的平台是不是不太适合跑gromacs， ...

等评测全部出了，最好是有人拿到硬件测试过GMX再说吧，都不知道4090用什么CPU带合适。7950X能发挥4090多少性能也不知道，而且7950X目前看来在游戏PC和其他非科学计算用途上弱于13900K，售价还更贵，估计马上就该破发了。

跑GMX的机子不推荐1块CPU带1块以上GPU，可以看看我5月发的测试。

xptracy

双十一 可以推荐一个gromacs的新配置么，2万左右

amani73986

Entropy.S.I 发表于 2022-9-29 19:59
等评测全部出了，最好是有人拿到硬件测试过GMX再说吧，都不知道4090用什么CPU带合适。7950X能发挥4090多 ...

您好，谢谢回复，我看了您的五月份的帖子，了解gmx不太适合多卡并行的情况。

我这边的实际使用需求是想这个gpu的节点除了跑gromacs计算以后还需要跑一些机器学习势函数的计算任务(底层是pytorch或者tf写的神经网络)，另外由于程序兼容性，所以还会跑一些lampps的任务（调用机器学习力场）。这种情况上，一个四卡或者8卡的节点，希望能同时跑多个任务（非多卡并行同一个任务）。
请问这样的情况下，普通的双路节点比如cpu是两颗8175M，这种情况，是不是完全没办法满足多卡多任务的需求。

实际测试一个gromacs任务，一张3080，搭配4/8/12/16 cores,跑出的性能在16-13min,看上去是cpu核心越多，速度越快。基于这个情况，哪怕弄了4/8卡的节点，好像也没办法高性能的跑起来所有显卡...

Entropy.S.I

amani73986 发表于 2022-9-29 21:21
您好，谢谢回复，我看了您的五月份的帖子，了解gmx不太适合多卡并行的情况。

我这边的实际使用需求是 ...

跑ML也没必要用多卡，没NVLink的情况下没法使用双卡跑1个任务。在当前NVIDIA把消费级乃至专业级图形卡的NVLink全部取消的情况下，最推荐的方案是多装几台单路单卡的顶配游戏PC，最好用10G局域网，方便传输数据。

ML对CPU的需求只有单核性能，而GMX需要比较强的CPU综合性能，目前看来7950X+4090或许是较好的选择。

一定要搞多卡，应当让GMX机器和ML机器分开，比如1台单路7950X+1*4090专跑MD、1台2*8175M+2*4090专跑ML，在某一台跑它专属的任务不够用时可以借另一台做暂时的补充。如果多卡机器用4*4090，必须使用双电源，更多4090就不推荐了。

最后还是要重复一遍，多卡目前是不推荐的。

amani73986

Entropy.S.I 发表于 2022-9-29 23:04
跑ML也没必要用多卡，没NVLink的情况下没法使用双卡跑1个任务。在当前NVIDIA把消费级乃至专业级图形卡的N ...

谢谢解释，刚好在超算有多卡的节点，我来实际测试下。

Reman

今年双十一有推荐的配置嘛 受限于设备好多天了 想剁手组一台。。。。。。

xptracy

Reman 发表于 2022-10-19 18:22
今年双十一有推荐的配置嘛 受限于设备好多天了 想剁手组一台。。。。。。

+1

xptracy

什么时候更新今年双十一装机配置

Entropy.S.I

xptracy 发表于 2022-10-21 21:54
什么时候更新今年双十一装机配置

价格和货量都极不理想，这个双十一不再推荐配置，同时建议不要急于装机。可以先看看新发的4090评测

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update：打脸了，配置推荐已发  

xptracy

Entropy.S.I 发表于 2022-11-2 16:22
价格和货量都极不理想，这个双十一不再推荐配置，同时建议不要急于装机。可以先看看新发的4090评测

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哈哈 谢谢 优秀