xtb计算异常终止，请问如何设置

suosuosky

请问各位老师，在使用xtb计算时，计算778步骤后，输出文件如下（文件比较大，无法当做附件上传），部分不太明白的内容已经标蓝色，请问：
1-请问这是正常结束吗？还是不是没有收敛？输出的xtbopt.xyz文件是最后优化后的结构吗？
2-如果不是正常结束，应该如何设置关键词等，需要将上面xtbopt.xyz文件作为输入文件重新提交计算吗？


谢谢老师！


........................................................................
.............................. CYCLE  778 ..............................
........................................................................
   1   -917.2746336 -0.917275E+03  0.554E-01    0.02       0.0  T
   2   -915.0424444  0.223219E+01  0.278E+00    0.49       1.0  T
   3   -915.7951641 -0.752720E+00  0.177E+00    0.05       1.0  T
   4   -916.9058745 -0.111071E+01  0.855E-01    0.03       1.0  T
   5   -917.0138503 -0.107976E+00  0.802E-01    0.11       1.0  T
   6   -916.7724763  0.241374E+00  0.994E-01    0.01       1.0  T
   7   -917.2557100 -0.483234E+00  0.590E-01    0.06       1.0  T
   8   -917.2139709  0.417391E-01  0.676E-01    0.01       1.0  T
   9   -917.2810268 -0.670559E-01  0.453E-01    0.01       1.0  T
  10   -917.3189640 -0.379372E-01  0.421E-01    0.01       1.0  T
  11   -917.3129528  0.601118E-02  0.495E-01    0.04       1.0  T
  12   -917.3234827 -0.105299E-01  0.382E-01    0.05       1.0  T
  13   -917.3187897  0.469297E-02  0.453E-01    0.06       1.0  T
  14   -917.3027390  0.160507E-01  0.511E-01    0.05       1.0  T
  15   -917.2883765  0.143626E-01  0.467E-01    0.03       1.0  T
  16   -917.3330581 -0.446816E-01  0.435E-01    0.06       1.0  T
  17   -917.3746982 -0.416401E-01  0.356E-01    0.02       1.0  T
  18   -917.3902817 -0.155835E-01  0.291E-01    0.04       1.0  T
  19   -917.3599565  0.303253E-01  0.344E-01    0.03       1.0  T
  20   -917.4029630 -0.430066E-01  0.245E-01    0.01       1.0  T
  21   -917.4070685 -0.410551E-02  0.215E-01    0.01       1.0  T
  22   -917.4156152 -0.854670E-02  0.176E-01    0.01       1.0  T
  23   -917.4255895 -0.997423E-02  0.140E-01    0.02       1.0  T
  24   -917.4365351 -0.109456E-01  0.883E-02    0.01       1.0  T
  25   -917.4352706  0.126450E-02  0.931E-02    0.01       1.0  T
  26   -917.4366907 -0.142015E-02  0.725E-02    0.01       1.0  T
  27   -917.4362759  0.414834E-03  0.675E-02    0.01       1.0  T
  28   -917.4374883 -0.121241E-02  0.646E-02    0.01       1.0  T
  29   -917.4377172 -0.228835E-03  0.575E-02    0.01       1.0  T
  30   -917.4389263 -0.120919E-02  0.424E-02    0.01       1.0  T
  31   -917.4392368 -0.310450E-03  0.334E-02    0.01       1.0  T
  32   -917.4390491  0.187648E-03  0.346E-02    0.01       1.0  T
  33   -917.4392052 -0.156068E-03  0.323E-02    0.00       1.0  T
  34   -917.4393723 -0.167094E-03  0.286E-02    0.00       1.0  T
  35   -917.4396304 -0.258087E-03  0.190E-02    0.01       1.0  T
  36   -917.4396978 -0.674192E-04  0.151E-02    0.01       1.0  T
  37   -917.4397467 -0.488369E-04  0.987E-03    0.01       1.0  T
  38   -917.4397708 -0.241371E-04  0.693E-03    0.01       1.0  T
  39   -917.4397705  0.282101E-06  0.609E-03    0.01       1.0  T
  40   -917.4397677  0.279684E-05  0.553E-03    0.01       1.1  T
  41   -917.4397784 -0.107075E-04  0.434E-03    0.01       1.5  T
  42   -917.4397809 -0.245306E-05  0.381E-03    0.01       1.7  T
  43   -917.4397836 -0.271621E-05  0.335E-03    0.01       1.9  T
  44   -917.4397866 -0.299781E-05  0.271E-03    0.01       2.3  T
  45   -917.4397865  0.906834E-07  0.251E-03    0.01       2.5  T
  46   -917.4397883 -0.185361E-05  0.182E-03    0.01       3.5  T
  47   -917.4397887 -0.359103E-06  0.122E-03    0.01       5.2  T
  48   -917.4397889 -0.159265E-06  0.104E-03    0.01       6.1  T
  49   -917.4397892 -0.324033E-06  0.771E-04    0.01       8.2  T
  50   -917.4397892 -0.465234E-07  0.735E-04    0.01       8.6  T
     SCC iter.                  ...        0 min,  9.442 sec
     gradient                   ...        0 min,  2.631 sec
* total energy  :  -914.0651354 Eh     change       -0.1068726E-01 Eh
   gradient norm :     0.0615436 Eh/α   predicted    -0.1273795E-01 (  19.19%)
   displ. norm   :     0.4333214 α      lambda       -0.1224029E-01
   maximum displ.:     0.0787759 α      in ANC's #21, #112, #22, ...
   *** FAILED TO CONVERGE GEOMETRY OPTIMIZATION IN 778 ITERATIONS ***

ANCopt (total)                0 d,  3 h, 17 min, 58.533 sec
optimizer setup                ...        0 min,  0.005 sec (  0.000%)
model hessian                  ...        0 min,  6.258 sec (  0.053%)
ANC generation                 ...        0 min,  2.027 sec (  0.017%)
coordinate transformation      ...        0 min,  0.198 sec (  0.002%)
single point calculation       ...      197 min, 47.262 sec ( 99.905%)
optimization log               ...        0 min,  0.533 sec (  0.004%)
hessian update                 ...        0 min,  0.295 sec (  0.002%)
rational function              ...        0 min,  1.821 sec (  0.015%)
================
final structure:
================
251
xtb: 6.3.0 (007a174)
W         2.91219926332345   -0.17639176154100   -2.07271330243239
W        -2.67241300345492    1.67543064342276   -2.80855611353298
........
........
........




........
........
........

optimized geometry written to: xtbopt.xyz

           -------------------------------------------------
          | TOTAL ENERGY             -914.066632150058 Eh   |
          | GRADIENT NORM               0.068543991018 Eh/α |
          | HOMO-LUMO GAP               0.006180334138 eV   |
           -------------------------------------------------
########################################################################
[WARNING] Runtime exception occurred
-2- optimizer_ancopt: Geometry optimization did not converge
-1- scf: Self consistent charge iterator did not converge
########################################################################
------------------------------------------------------------------------
* finished run on 2021/11/15 at 01:23:54.866     
------------------------------------------------------------------------
total:
* wall-time:     0 d,  3 h, 19 min, 31.514 sec
*  cpu-time:     1 d,  3 h, 10 min, 27.910 sec
* ratio c/w:     8.172 speedup
SCF:
* wall-time:     0 d,  0 h,  1 min, 15.184 sec
*  cpu-time:     0 d,  0 h, 13 min, 41.453 sec
* ratio c/w:    10.926 speedup
ANC optimizer:
* wall-time:     0 d,  3 h, 18 min, 12.861 sec
*  cpu-time:     1 d,  2 h, 56 min, 40.919 sec
* ratio c/w:     8.156 speedup
normal termination of xtb

sobereva

不要自己在帖子标题上写【求助】这种标签，这里说了：http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。给你去了，以后注意

输出文件、优化轨迹文件压缩后上传。压缩后若超过5MB传网盘。xtb的运行命令明确贴出来

suosuosky

sobereva 发表于 2021-11-15 02:54
不要自己在帖子标题上写【求助】这种标签，这里说了：http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。给你 ...

谢谢老师回复，下次求助我一定注意。

xtb输入、输出文件和优化轨迹文件已压缩上传。

xtb的运行命令为：nohup xtb L1_xtb_opt.xyz --chrg 0 --uhf 0 --opt &

麻烦老师看看出错的原因是什么？谢谢老师！

sobereva

我不知道你算的这个是什么东西，目的是什么
一看优化轨迹就知道明显不合理，或许你原本是从晶体中抠出来的一部分结构，你却没冻结边界原子，导致优化之后整个体系都坍塌成一团了，结构变得毫无意义

suosuosky

sobereva 发表于 2021-11-15 03:15
我不知道你算的这个是什么东西，目的是什么
一看优化轨迹就知道明显不合理，或许你原本是从晶体中抠出来的 ...

谢谢sob老师的回复，这个确实是从晶体中抠出来的结构。

请问老师这种情况应该如何优化呢，怎样冻结边界原子，实在是不太清楚这类体系如何优化，还请老师指教一下。或者有相关帖子参考一下，谢谢老师！

sobereva

suosuosky 发表于 2021-11-15 08:22
谢谢sob老师的回复，这个确实是从晶体中抠出来的结构。

请问老师这种情况应该如何优化呢，怎样冻结边 ...

怎么冻结看xtb手册

用簇模型代替周期性体系计算要冻结边界原子是常识，看比如
18碳环（cyclo[18]carbon）与石墨烯的相互作用：基于簇模型的研究一例
http://sobereva.com/615（http://bbs.keinsci.com/thread-25306-1-1.html）
使用量子化学程序基于簇模型计算金属表面吸附问题
http://sobereva.com/540（http://bbs.keinsci.com/thread-16532-1-1.html）