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[波函数分析求助] 求助水-碳纳米管复合体系AIM分析问题

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我的体系是水-碳纳米管复合体系,使用AIM计算两个水分子之间的键鞍点的参数来说,氢键是O-H...O ρ=0.045-0.068a.u. ∇2ρ=0. 15-0.21a.u. ,根据 Lipkowski 等提出的氢键 (X—H…Y)存在的三个最基本标准, 即其键鞍点处的电 子密度 ρ 和 Laplacian 值▽2 ρ 分别在 0.002~0.04和 0.024~0.139范围内,我的是不是不属于氢键了?如果是请见有什么依据吗?

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发表于 Post on 2021-11-15 19:30:19 | 只看该作者 Only view this author
标题严重不恰当,参看:发帖时务必注意恰当填写标题!http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html
  • “急急急”。经验表明这种人几乎100%是不急的,其中相当大一部分又都是极端基础、搜索一下就能知道的问题,如果真的“急急急”早就自己去搜了。这些人常妄想说了“急急急”大家就会重视、快速回复,其实正相反,它让人觉得提问者既轻浮又懒惰,根本不愿理。
    参看:新手求助报错时的注意事项http://bbs.keinsci.com/thread-4829-1-1.html

现代化学以狄拉克的一句“一切化学问题业已解决”为嚆矢。滥觞于经验主义传统的期望正失去它们的借鉴意义。但面对看似不可达的通往天堂之阶梯,我想循伍德沃德“最好的模型是你底物的对映异构体”的信仰好过过早地振翮。
我们怀揣热忱的灵魂天然被赋予对第一性的追求,不屑于单一坐标的约束,钟情于势能面彼端的芬芳。但

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发表于 Post on 2021-11-15 20:41:37 | 只看该作者 Only view this author
我觉得可以认为属于强氢键,因为虽然你的结果不在普通氢键的范围内,但差得不远,而且关键是它是往键更强的方向偏的。如果说“不属于氢键”,容易被误解为比普通氢键弱。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-11-15 21:21:37 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-11-15 20:41
我觉得可以认为属于强氢键,因为虽然你的结果不在普通氢键的范围内,但差得不远,而且关键是它是往键更强的 ...

对啊,这个没在氢键范围里面,我仔细检查了一下,也没有算错

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-11-15 21:25:52 | 只看该作者 Only view this author
北大-陶豫 发表于 2021-11-15 19:30
标题严重不恰当,参看:发帖时务必注意恰当填写标题!http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html
  • ...

  • 不好意思,初次发帖,但是我确实很急,谢谢

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    发表于 Post on 2021-11-15 22:07:54 | 只看该作者 Only view this author
    chenchen0119 发表于 2021-11-15 14:21
    对啊,这个没在氢键范围里面,我仔细检查了一下,也没有算错

    另外提醒一下,这个氢键的定义范围有一定的任意性,因为氢键和非氢键之间并没有天然的界限,这个界限是人为画出来的。所以如果只是刚刚超过了氢键的范围,还是应该强调一下你只是刚刚超过。这就好比你体检,一项指标正常范围5~10,你测出来10.1,虽然也算异常,但是医生一定会跟你说不要紧张,平时稍微注意一点就行了,不是病。因为5~10这个范围不是自然界定的,而是人定的,9.9的人和10.1的人没有本质差别
    Zikuan Wang
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    Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
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     楼主 Author| 发表于 Post on 2021-11-15 22:29:37 | 只看该作者 Only view this author
    wzkchem5 发表于 2021-11-15 22:07
    另外提醒一下,这个氢键的定义范围有一定的任意性,因为氢键和非氢键之间并没有天然的界限,这个界限是人 ...

    好的呢,感谢大佬

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    发表于 Post on 2021-11-15 23:51:37 | 只看该作者 Only view this author
    BCP叫键临界点不叫键鞍点,看
    计算化学中的一些常见不良写法和用词
    http://sobereva.com/298http://bbs.keinsci.com/thread-1358-1-1.html

    Lipkowski的氢键标准只适合一般强度氢键情况,不是普适的。强氢键的情况(BCP处电子密度超过了0.04 a.u.)若反倒不当成氢键,明显十分荒唐。不要教条地盲目套用别人的判据。用任何判据的时候要理解判据的提出依据、背景是什么。

    强烈建议看此文,搞清楚不同类型氢键的强度,以及与BCP处电子密度的关系:
    透彻认识氢键本质、简单可靠地估计氢键强度:一篇2019年JCC上的重要研究文章介绍
    http://sobereva.com/513http://bbs.keinsci.com/thread-14600-1-1.html
    北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
    欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
    欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
    思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
    Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
    Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
    ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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     楼主 Author| 发表于 Post on 2021-11-16 11:27:31 | 只看该作者 Only view this author
    sobereva 发表于 2021-11-15 23:51
    BCP叫键临界点不叫键鞍点,看
    计算化学中的一些常见不良写法和用词
    http://sobereva.com/298(http://bbs ...

    感谢社长

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     楼主 Author| 发表于 Post on 2021-11-20 14:16:48 | 只看该作者 Only view this author
    本帖最后由 chenchen0119 于 2021-11-20 14:21 编辑
    sobereva 发表于 2021-11-15 23:51
    BCP叫键临界点不叫键鞍点,看
    计算化学中的一些常见不良写法和用词
    http://sobereva.com/298(http://bbs ...

    社长你好,还是那个问题O-H...O键的电子密度 ρ 为0.04519~0.06895a.u.,根据中性体系y=-223.08x+0.7423。氢键能为-9.33869~-14.63907Kcal/mol,由文章的分类来说属于中等偏弱氢键,请问有什么问题吗?

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    发表于 Post on 2021-11-20 14:22:34 | 只看该作者 Only view this author
    chenchen0119 发表于 2021-11-20 14:16
    社长你好,还是那个问题O...H键的电子密度 ρ 为0.04519~0.06895a.u.,根据中性体系y=-223.08x+0.7423。 ...

    下文里−2.5 to −14.0 kcal/mol对应weak ~ medium,这个范围不叫“中等偏弱”,而是“弱~中”。你的那个氢键键能比水的氢键都要大了,足够说成中等强度氢键了
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     楼主 Author| 发表于 Post on 2021-11-20 16:17:38 | 只看该作者 Only view this author
    sobereva 发表于 2021-11-20 14:22
    下文里−2.5 to −14.0 kcal/mol对应weak ~ medium,这个范围不叫“中等偏弱”,而是“弱~中” ...

    比水的氢键大这么多,有问题吗,我这个属于纳米受限水体系,我老师说这个太大了有问题,让我换基组再算,您觉得能解决问题吗?

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    发表于 Post on 2021-11-20 16:24:22 | 只看该作者 Only view this author
    chenchen0119 发表于 2021-11-20 09:17
    比水的氢键大这么多,有问题吗,我这个属于纳米受限水体系,我老师说这个太大了有问题,让我换基组再算, ...

    建议先在相同理论级别下算一下真空里的水dimer,看看能否重复出来实验的结合能(或者CCSD(T)高精度计算的结果),如果不能,再考虑换方法
    Zikuan Wang
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     楼主 Author| 发表于 Post on 2021-11-20 16:28:09 | 只看该作者 Only view this author
    wzkchem5 发表于 2021-11-20 16:24
    建议先在相同理论级别下算一下真空里的水dimer,看看能否重复出来实验的结合能(或者CCSD(T)高精度计算的 ...

    好的,感谢

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    发表于 Post on 2021-11-21 06:06:29 | 只看该作者 Only view this author
    chenchen0119 发表于 2021-11-20 16:17
    比水的氢键大这么多,有问题吗,我这个属于纳米受限水体系,我老师说这个太大了有问题,让我换基组再算, ...

    受限环境下,有可能氢键比孤立状态下更强。受限结构下弱相互作用研究已经有不少人做了,比如印度的Pratim K. Chattaraj近些年就做了不少,多看看相关文章。当然也不排除是你本身计算有问题。
    北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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    思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
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    Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
    ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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