下载即用的ORCA 无需安装任何MPI

nianbin · 发表于 Post on 2023-4-11 22:01:03

很是奇怪，我使用root用户，把sif文件放入/root/software/文件夹，然后执行singularity exec /root/software/orca**.sif test.inp 提示我找不到输入文件，但是我输入文件分明就在工作目录

abin · 发表于 Post on 2023-4-11 23:06:14

nianbin 发表于 2023-4-11 22:01
很是奇怪，我使用root用户，把sif文件放入/root/software/文件夹，然后执行singularity exec /root/softwar ...

Try /tmp.
Any way, do not use root user.

zhangs · 发表于 Post on 2024-10-17 21:51:39

大佬超算上的singulairy应当如何使用呢

牧生 · 发表于 Post on 2024-12-31 13:12:24

orca601都出来好一段时间了，楼主会更新吗？

abin · 发表于 Post on 2024-12-31 13:33:50

牧生发表于 2024-12-31 13:12
orca601都出来好一段时间了，楼主会更新吗？

被专家批评, 你这也不用module 也不用lmod,
啥MPI都没加载, 你这搞得啥破玩意啊?

哈哈哈

有空再说吧.

牧生 · 发表于 Post on 2024-12-31 15:54:00

本帖最后由牧生于 2024-12-31 17:02 编辑

abin 发表于 2024-12-31 13:33
被专家批评, 你这也不用module 也不用lmod,
啥MPI都没加载, 你这搞得啥破玩意啊?

我自己用的机子上，已经装了CP2K，使用mpiexec -V命令，也正常显示OpenMPI为5.0.5

但不知道为何，我机子上gmx和CP2K都能多核并行，奈何唯独orca不能多核并行，只能单核。

多核时报错提示为

/home/jing/software/orca601/orca_startup_mpi: error while loading shared libraries: libmpi.so.40: cannot open shared object file: No such file or directory
/home/jing/software/orca601/orca_startup_mpi: error while loading shared libraries: libmpi.so.40: cannot open shared object file: No such file or directory
/home/jing/software/orca601/orca_startup_mpi: error while loading shared libraries: libmpi.so.40: cannot open shared object file: No such file or directory
/home/jing/software/orca601/orca_startup_mpi: error while loading shared libraries: libmpi.so.40: cannot open shared object file: No such file or directory
/home/jing/software/orca601/orca_startup_mpi: error while loading shared libraries: libmpi.so.40: cannot open shared object file: No such file or directory
--------------------------------------------------------------------------
prterun detected that one or more processes exited with non-zero status,
thus causing the job to be terminated. The first process to do so was:

Process name: [prterun-jing-17310@1,0] Exit code: 127
--------------------------------------------------------------------------

ORCA finished by error termination in Startup
Calling Command: mpirun -np 6  /home/jing/software/orca601/orca_startup_mpi C.int.tmp C
[file orca_tools/qcmsg.cpp, line 394]:
  .... aborting the run

[file orca_tools/qcmsg.cpp, line 394]:
  .... aborting the run

已经排查了gcc和gfortran，都OK。。

我使用ldd /home/jing/software/orca601/orca_scf_mpi 找不到文件。但我直接在orca网上下载的run文件，应该没问题的啊

wzkchem5 · 发表于 Post on 2024-12-31 18:08:24

牧生发表于 2024-12-31 08:54
我自己用的机子上，已经装了CP2K，使用mpiexec -V命令，也正常显示OpenMPI为5.0.5

但不知 ...

LD_LIBRARY_PATH设置正确吗？

abin · 发表于 Post on 2025-1-1 11:23:32

牧生发表于 2024-12-31 15:54
我自己用的机子上，已经装了CP2K，使用mpiexec -V命令，也正常显示OpenMPI为5.0.5

但不知 ...

你用的方案又不是我提供的, 我无法评价.

By the way,
ORCA v6.0.1, only works with OpenMPI 4.1.6 on Linux; OpenMPI 4.1.1 on MacOS X.

Be sure to read the manual first.

牧生 · 发表于 Post on 2025-1-2 08:06:32

本帖最后由牧生于 2025-1-2 08:14 编辑

wzkchem5 发表于 2024-12-31 18:08
LD_LIBRARY_PATH设置正确吗？

感谢楼上两位的解答，我CPU是13900K，用的ORCA 6.0.1, Linux, x86-64, .tar.xz，不是AVX2版本

回复wzkchem5 :

我是按照http://bbs.keinsci.com/thread-11697-1-11.html的教程设置的，且让openmpi416优先

export PATH=/home/jing/software/openmpi416/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/home/jing/software/openmpi416/lib:$LD_LIBRARY_PATH

重启机子，运行mpiexec -V得到的是

然后随便画个烷烃，多核计算就会这样报错，但是单核就没问题。

回复abin:
我在另一个硬盘实测openmpi505也是可以让orca多核并行的。我只是不明白，我现在这个系统上，看起来设置都正确，但不知道为何就唯独orca不能多核。

我猜测问题仍然是出在openmpi上的，重装一下系统必然能解决问题。但由于我这个系统里面已经装好了很多软件，懒得重新搞一遍，所以请求大佬做一个不需要额外设置MPI的orca601

wzkchem5 · 发表于 Post on 2025-1-2 16:34:31

牧生发表于 2025-1-2 01:06
感谢楼上两位的解答，我CPU是13900K，用的ORCA 6.0.1, Linux, x86-64, .tar.xz，不是AVX2版本

回复wzk ...

在/home/jing/software/openmpi416/lib文件夹下有libmpi.so.40这个文件吗？如果没有，有文件名相似的文件吗？

牧生 · 发表于 Post on 2025-1-2 16:39:45

本帖最后由牧生于 2025-1-2 17:02 编辑

wzkchem5 发表于 2025-1-2 16:34
在/home/jing/software/openmpi416/lib文件夹下有libmpi.so.40这个文件吗？如果没有，有文件名相似的文件 ...

在安装好的软件的文件下里面，无论是openmpi416，或者openmpi505，都有libmpi.so.40这个文件的哦。需要输入文件路径的时候，我都是复制的，不用手动输入，避免错误。但是无论用416或者505，都不能让orca并行。

wzkchem5 · 发表于 Post on 2025-1-2 17:02:41

牧生发表于 2025-1-2 09:39
在安装好的软件的文件下里面，无论是openmpi416，或者openmpi505，都有libmpi.so.40这个文件的哦。。但是 ...

说明因为某种原因，虽然你设了LD_LIBRARY_PATH，但是orca没看到。
你的export LD_LIBRARY_PATH是写在.bashrc里了吗？会不会登录的时候操作系统并没有自动source ~/.bashrc，例如因为默认的shell不是bash？

牧生 · 发表于 Post on 2025-1-2 17:11:14

本帖最后由牧生于 2025-1-2 17:20 编辑

wzkchem5 发表于 2025-1-2 17:02
说明因为某种原因，虽然你设了LD_LIBRARY_PATH，但是orca没看到。
你的export LD_LIBRARY_PATH是写在.ba ...

机子只有我一人在用，只有一个用户名。我用的rockylinux 9.4，无论手动运行了 source ~/.bashrc，或者是重启机子，或者是重启机子后再source ~/.bashrc，无论换用箭头处的416，或者505 （相应的，运行mpiexec -V时都能顺利显示416或者505），但都不能并行，均只能单核。

我自认也不是绝对的小白了，这些基础的东西，我应该没有搞错，但我也不知道问题在哪，所以来寻求大神做一个免MPI的orca601。

如果实在解决不了，我也就只能重装一下了，反正我新的硬盘装上的ORCA是正常多核并行的。

wzkchem5 · 发表于 Post on 2025-1-2 17:31:15

牧生发表于 2025-1-2 10:11
机子只有我一人在用，只有一个用户名。我用的rockylinux 9.4，无论手动运行了 source ~/.bashrc，或 ...

如果把export LD_LIBRARY_PATH=/home/jing/software/openmpi416/lib:$LD_LIBRARY_PATH写到调用orca的脚本里呢？我们马普所这边一般都是这么做的

abin · 发表于 Post on 2025-1-2 22:10:13

每个程序写一个对应的setup.sh

用哪一个程序, 就source一下对应的setup.sh, 这个很好操作的.

当然有更好的办法, 比如采用module 或者lmod来管理.

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