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[新手求助] 关于如何计算“自由基+自由基=分子”反应速率常数

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楼主
本人现在想计算NH2+H2CCCH=H2CCCHNH2的反应速率,Sob老师说过两个自由基结合生成分子无过渡态,无过渡态应当如何计算该反应的反应速率常数?
Sob老师在这个贴子里”http://bbs.keinsci.com/thread-7578-1-1.html“说过如何计算无过渡态情况下均裂反应速率,可是对于合成速率常数应当如何计算?
望各位老师不惜赐教,谢谢。

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发表于 Post on 2021-11-22 22:11:54 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 wzkchem5 于 2021-11-23 08:52 编辑

首先,两个自由基结合的反应只是一般没有过渡态,不排除个别情况下有过渡态。所以还是值得找一下过渡态看看。
如果确实没有过渡态,那么取决于你需要的精度:
(1)如果准到比如说正负2个数量级就可以,那么把两个分子近似成球体,按硬球碰撞的公式算就行了,其中球的半径从计算出来的分子体积按球体积公式反推得到;
(2)如果要准到1个数量级左右,用Baik的方法(DOI: 10.1021/acs.organomet.8b00456);
(3)如果需要更高精度,用VRC-TST(DOI: 10.1063/1.1539035)或AIMD。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-11-22 22:54:48 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-11-22 22:11
首先,两个自由基结合的反应只是一般没有过渡态,不排除个别情况下有过渡态。所以还是值得找一下过渡态看看 ...

非常感谢wzk老师全面解答,我用柔性扫描计算过了,确实没有找到相对应的过渡态。
本人对计算精度要求不高,第一个方法是不是相对应比较简单,我想先用第一个方法试算一下。第一个方法我没有接触过,所以请问wzk老师有相关的方法介绍吗?或者相关方法搜索关键词?十分感谢!

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发表于 Post on 2021-11-22 23:47:29 | 只看该作者 Only view this author
594yy 发表于 2021-11-22 15:54
非常感谢wzk老师全面解答,我用柔性扫描计算过了,确实没有找到相对应的过渡态。
本人对计算精度要求不 ...

可以看一下https://en.wikipedia.org/wiki/Diffusion-controlled_reaction
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
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发表于 Post on 2021-11-23 08:39:22 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-11-22 23:47
可以看一下https://en.wikipedia.org/wiki/Diffusion-controlled_reaction

老师,您前一个回复提到的(2)的文献是Baik的"Pitfalls in Computational Modeling of Chemical Reactions and How To Avoid Them"这篇吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-11-23 08:52:19 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-11-22 23:47
可以看一下https://en.wikipedia.org/wiki/Diffusion-controlled_reaction

好的,十分感谢wzk老师。

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发表于 Post on 2021-11-23 08:52:21 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-11-22 22:11
首先,两个自由基结合的反应只是一般没有过渡态,不排除个别情况下有过渡态。所以还是值得找一下过渡态看看 ...

DOI: 10.1021/acs.organomet.8b0045应该是DOI: 10.1021/acs.organomet.8b00456
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-11-23 10:11:16 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-11-22 22:11
首先,两个自由基结合的反应只是一般没有过渡态,不排除个别情况下有过渡态。所以还是值得找一下过渡态看看 ...

wzk老师,我想请问下关于VRC-TST理论,有相关软件可以实现计算吗?

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发表于 Post on 2021-11-23 15:52:21 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-11-23 01:52
DOI: 10.1021/acs.organomet.8b0045应该是DOI: 10.1021/acs.organomet.8b00456

抱歉粘漏了一位,已改
Zikuan Wang
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Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
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发表于 Post on 2021-11-23 15:52:58 | 只看该作者 Only view this author
594yy 发表于 2021-11-23 03:11
wzk老师,我想请问下关于VRC-TST理论,有相关软件可以实现计算吗?

Polyrate可以
Zikuan Wang
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