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[新手求助] 求助一个机构优化,总是报错,找不到问题所在,谢谢

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Level 3 能力者

用pm6优化一个结构,总是报错,不知道为什么。
以下是输入文件,
%chk=Co6_pm6.chk
%mem=64GB
%nprocshared=12
# opt pm6

Co6

0 2
Co                10.46280000   15.35940000   14.06930000
O                 11.79990000   16.42520000   13.20130000
O                  7.32480000    9.57930000   11.43680000
N                  9.96460000   14.39900000   12.38360000
C                  9.26380000   13.14470000   12.23070000
C                  7.89310000   10.79230000   11.72510000
C                  9.27570000   10.83800000   11.56660000
H                  9.74340000   10.05860000   11.29040000
C                 10.93200000   16.19870000   10.98920000
C                 12.15780000   10.73280000   11.78070000
C                  7.15470000   14.37400000   12.83170000
H                  7.76440000   14.84680000   13.46790000
C                 10.90910000   16.63850000    9.64340000
H                 10.34410000   16.19500000    9.02160000
C                 11.76370000   16.82490000   11.95080000
C                  9.97770000   12.01110000   11.80790000
C                  7.01010000   15.29630000   11.63000000
C                  7.88270000   13.09850000   12.42600000
C                  7.19380000   11.90930000   12.15880000
H                  6.25180000   11.86730000   12.27410000
C                 12.59850000   17.90510000   11.50250000
C                 11.68050000   17.68620000    9.21420000
C                  5.86190000   14.13090000   13.59630000
C                 12.51330000   18.28740000   10.17750000
H                 13.05880000   19.01190000    9.89450000
C                 10.16020000   15.01840000   11.25180000
H                  9.73170000   14.63390000   10.49610000
C                 11.48840000   12.08770000   11.56040000
H                 11.86360000   12.71170000   12.24600000
C                 11.80890000   12.68590000   10.19460000
C                 10.96920000   12.51100000    9.10560000
H                 10.16400000   12.01790000    9.21060000
C                 11.70600000   18.18870000    7.76440000
C                 13.58200000   18.57330000   12.46840000
C                 12.71360000    9.98720000   10.74460000
H                 12.72640000   10.34060000    9.86280000
C                  7.42480000   16.62060000   11.73470000
H                  7.75390000   16.94590000   12.56430000
C                  6.51960000   14.83980000   10.41120000
H                  6.22260000   13.94140000   10.32680000
C                 12.18580000   10.20150000   13.07000000
H                 11.82890000   10.70560000   13.79170000
C                 11.28750000   13.04590000    7.86170000
H                 10.70320000   12.91780000    7.12370000
C                  4.69170000   14.82850000   13.35230000
H                  4.65900000   15.45330000   12.63740000
C                 13.24900000    8.20280000   12.27010000
H                 13.60380000    7.33670000   12.43210000
C                 14.58580000   17.51950000   12.96900000
H                 14.10040000   16.78330000   13.39660000
H                 15.19400000   17.93030000   13.61840000
H                 15.10190000   17.17390000   12.21110000
C                  5.88240000   13.23210000   14.66600000
H                  6.67990000   12.75350000   14.85930000
C                  7.36290000   17.46990000   10.64050000
H                  7.64690000   18.37260000   10.72420000
C                  4.76330000   13.02860000   15.44560000
H                  4.79460000   12.41090000   16.16670000
C                 12.98100000   13.41480000   10.01880000
H                 13.56790000   13.54730000   10.75390000
C                 12.72670000    8.94820000   13.31360000
H                 12.73900000    8.60060000   14.19770000
C                  3.59400000   13.72190000   15.18050000
H                  2.81980000   13.57540000   15.71140000
C                 13.25070000    8.72670000   10.99280000
H                 13.62140000    8.22310000   10.27760000
C                  3.56170000   14.62630000   14.14050000
H                  2.76610000   15.11330000   13.96110000
C                 11.16400000   19.62060000    7.70660000
H                 10.21970000   19.62310000    7.96850000
H                 11.25070000   19.96600000    6.79350000
H                 11.67500000   20.18820000    8.32050000
C                  6.46270000   15.69340000    9.31740000
H                  6.12930000   15.37640000    8.48620000
C                  6.89100000   17.00750000    9.43410000
H                  6.85860000   17.58730000    8.68220000
C                 12.82510000   19.21700000   13.64000000
H                 12.26660000   19.94940000   13.30530000
H                 13.46830000   19.56790000   14.29090000
H                 12.25780000   18.54440000   14.07140000
C                 13.14760000   18.16250000    7.24320000
H                 13.69530000   18.78410000    7.76660000
H                 13.15910000   18.43090000    6.30080000
H                 13.50960000   17.25600000    7.32930000
C                 13.29970000   13.95030000    8.77790000
H                 14.10220000   14.44670000    8.66880000
C                 12.45680000   13.76430000    7.70470000
H                 12.67960000   14.12970000    6.85660000
C                  5.91710000    9.45900000   11.57470000
H                  5.47450000   10.08130000   10.96050000
H                  5.65990000    9.67090000   12.49620000
H                  5.64540000    8.54170000   11.36230000
C                 14.40040000   19.68100000   11.78830000
H                 14.89400000   19.30410000   11.03040000
H                 15.03240000   20.06250000   12.43280000
H                 13.79650000   20.38350000   11.46820000
C                 10.85330000   17.31750000    6.84850000
H                 11.17390000   16.39230000    6.88620000
H                 10.91900000   17.64890000    5.92860000
H                  9.91900000   17.35190000    7.14210000
O                  9.12570000   16.42520000   14.93720000
O                 13.60080000    9.57930000   16.70170000
N                 10.96100000   14.39900000   15.75490000
C                 11.66180000   13.14470000   15.90780000
C                 13.03250000   10.79230000   16.41340000
C                 11.64990000   10.83800000   16.57190000
H                 11.18220000   10.05860000   16.84810000
C                  9.99360000   16.19870000   17.14930000
C                  8.76780000   10.73280000   16.35780000
C                 13.77090000   14.37400000   15.30680000
H                 13.16120000   14.84680000   14.67060000
C                 10.01650000   16.63850000   18.49510000
H                 10.58150000   16.19500000   19.11690000
C                  9.16190000   16.82490000   16.18770000
C                 10.94790000   12.01110000   16.33060000
C                 13.91550000   15.29630000   16.50850000
C                 13.04290000   13.09850000   15.71250000
C                 13.73180000   11.90930000   15.97970000
H                 14.67380000   11.86730000   15.86440000
C                  8.32710000   17.90510000   16.63600000
C                  9.24510000   17.68620000   18.92430000
C                 15.06370000   14.13090000   14.54220000
C                  8.41230000   18.28740000   17.96100000
H                  7.86680000   19.01190000   18.24400000
C                 10.76540000   15.01840000   16.88670000
H                 11.19390000   14.63390000   17.64240000
C                  9.43720000   12.08770000   16.57810000
H                  9.06200000   12.71170000   15.89250000
C                  9.11670000   12.68590000   17.94390000
C                  9.95640000   12.51100000   19.03290000
H                 10.76160000   12.01790000   18.92790000
C                  9.21960000   18.18870000   20.37410000
C                  7.34360000   18.57330000   15.67010000
C                  8.21200000    9.98720000   17.39390000
H                  8.19920000   10.34060000   18.27570000
C                 13.50080000   16.62060000   16.40380000
H                 13.17170000   16.94590000   15.57420000
C                 14.40600000   14.83980000   17.72730000
H                 14.70300000   13.94140000   17.81170000
C                  8.73980000   10.20150000   15.06850000
H                  9.09670000   10.70560000   14.34680000
C                  9.63810000   13.04590000   20.27680000
H                 10.22240000   12.91780000   21.01480000
C                 16.23390000   14.82850000   14.78620000
H                 16.26660000   15.45330000   15.50110000
C                  7.67660000    8.20280000   15.86840000
H                  7.32180000    7.33670000   15.70640000
C                  6.33980000   17.51950000   15.16950000
H                  6.82520000   16.78330000   14.74190000
H                  5.73160000   17.93030000   14.52010000
H                  5.82370000   17.17390000   15.92740000
C                 15.04320000   13.23210000   13.47250000
H                 14.24570000   12.75350000   13.27920000
C                 13.56270000   17.46990000   17.49800000
H                 13.27870000   18.37260000   17.41430000
C                 16.16230000   13.02860000   12.69290000
H                 16.13100000   12.41090000   11.97180000
C                  7.94460000   13.41480000   18.11970000
H                  7.35770000   13.54730000   17.38460000
C                  8.19890000    8.94820000   14.82490000
H                  8.18660000    8.60060000   13.94080000
C                 17.33160000   13.72190000   12.95800000
H                 18.10580000   13.57540000   12.42710000
C                  7.67490000    8.72670000   17.14570000
H                  7.30420000    8.22310000   17.86090000
C                 17.36390000   14.62630000   13.99800000
H                 18.15950000   15.11330000   14.17740000
C                  9.76160000   19.62060000   20.43190000
H                 10.70590000   19.62310000   20.17000000
H                  9.67490000   19.96600000   21.34500000
H                  9.25060000   20.18820000   19.81800000
C                 14.46290000   15.69340000   18.82110000
H                 14.79630000   15.37640000   19.65230000
C                 14.03460000   17.00750000   18.70440000
H                 14.06700000   17.58730000   19.45630000
C                  8.10050000   19.21700000   14.49850000
H                  8.65900000   19.94940000   14.83320000
H                  7.45730000   19.56790000   13.84760000
H                  8.66780000   18.54440000   14.06710000
C                  7.77800000   18.16250000   20.89530000
H                  7.23030000   18.78410000   20.37190000
H                  7.76650000   18.43090000   21.83770000
H                  7.41600000   17.25600000   20.80920000
C                  7.62590000   13.95030000   19.36060000
H                  6.82340000   14.44670000   19.46970000
C                  8.46880000   13.76430000   20.43380000
H                  8.24600000   14.12970000   21.28190000
C                 15.00850000    9.45900000   16.56380000
H                 15.45110000   10.08130000   17.17800000
H                 15.26570000    9.67090000   15.64230000
H                 15.28020000    8.54170000   16.77620000
C                  6.52520000   19.68100000   16.35020000
H                  6.03160000   19.30410000   17.10810000
H                  5.89320000   20.06250000   15.70570000
H                  7.12910000   20.38350000   16.67030000
C                 10.07230000   17.31750000   21.29000000
H                  9.75170000   16.39230000   21.25230000
H                 10.00660000   17.64890000   22.20990000
H                 11.00660000   17.35190000   20.99640000








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发表于 Post on 2021-12-21 12:53:07 | 只看该作者 Only view this author
后面写着很清楚了,自洽场不收敛。看卢老师博文《解决SCF不收敛问题的方法》http://sobereva.com/61
此体系完全不适用PM6。用PM7或者PM6D3等带色散校正的方法都会好一些。xtb的GFN2大概率会更好。
200个原子,有个主流的服务器直接拿DFT优化没问题,不需要用半经验。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-12-21 14:22:57 | 只看该作者 Only view this author
收到,谢谢! 我试一下dft, 因为原子比较多,原本想着先用pm6预优化下,然后再用dft,这样节省时间。

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发表于 Post on 2021-12-21 18:30:55 | 只看该作者 Only view this author
avatar_man 发表于 2021-12-21 14:22
收到,谢谢! 我试一下dft, 因为原子比较多,原本想着先用pm6预优化下,然后再用dft,这样节省时间。

带过渡金属的体系通常不建议用半经验方法优化,要用半经验层面的就用GFN-xTB,对过渡金属体系远比半经验方法可靠得多
看下文文末PM7和GFN-xTB的对比
将Gaussian与Grimme的xtb程序联用搜索过渡态、产生IRC、做振动分析
http://sobereva.com/421http://bbs.keinsci.com/thread-10106-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-12-21 19:15:04 | 只看该作者 Only view this author
snljty 发表于 2021-12-21 12:53
后面写着很清楚了,自洽场不收敛。看卢老师博文《解决SCF不收敛问题的方法》http://sobereva.com/61。
此 ...

刚才用B3LYP/6-31G*也跑了一遍,一样的报错,还是不能收敛

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-12-21 19:15:17 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-12-21 18:30
带过渡金属的体系通常不建议用半经验方法优化,要用半经验层面的就用GFN-xTB,对过渡金属体系远比半经验 ...

好的,我再试试,

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发表于 Post on 2021-12-21 20:25:38 | 只看该作者 Only view this author
avatar_man 发表于 2021-12-21 19:15
刚才用B3LYP/6-31G*也跑了一遍,一样的报错,还是不能收敛

上面给你的博文链接认真看。另外B3LYP也不是很适合过渡金属。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-12-22 08:26:28 | 只看该作者 Only view this author
snljty 发表于 2021-12-21 20:25
上面给你的博文链接认真看。另外B3LYP也不是很适合过渡金属。

好的,谢谢啦!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-12-22 21:14:23 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 avatar_man 于 2021-12-22 21:30 编辑
snljty 发表于 2021-12-21 20:25
上面给你的博文链接认真看。另外B3LYP也不是很适合过渡金属。

你好,谢谢,按照sob老师和您的建议,用xtb优化了,也收敛了,请问之后得到的结构能作为初猜继续用dft进行优化和单点计算吗?会不会还是不收敛?我需要对比类似的其他的结构。谢谢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-12-22 21:40:27 | 只看该作者 Only view this author
snljty 发表于 2021-12-21 20:25
上面给你的博文链接认真看。另外B3LYP也不是很适合过渡金属。

另外,还有一个问题,按照sob老师的帖子,安装xtb之后,编辑~/.bashrc,发现之前高斯文件也在这个里面,我直接在这个文件后面加上sob老师让写的语句之后,gaussian运行不了了,请问我哪里是操作错误了吗?谢谢

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发表于 Post on 2021-12-22 21:48:31 | 只看该作者 Only view this author
avatar_man 发表于 2021-12-22 21:40
另外,还有一个问题,按照sob老师的帖子,安装xtb之后,编辑~/.bashrc,发现之前高斯文件也在这个里面, ...

SCF不收敛就看上面博文去解决SCF不收敛的问题,都跟你提到三次了。.bashrc不要把所有配置都写在一起,很容易冲突。最简单(但绝不是最方便)的方式是把所有的都注释掉,用哪个去掉哪个注释,然后重新登录,用完了再注释掉,再重新登录。稍微方便一些的方法是写一堆shell脚本,用哪个source哪个,然后下次重新退出再登录。最方便的方法是用Environment Modules。如果不知道.bashrc是做什么的,建议先学一天Linux基础。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-12-23 08:41:27 | 只看该作者 Only view this author
snljty 发表于 2021-12-22 21:48
SCF不收敛就看上面博文去解决SCF不收敛的问题,都跟你提到三次了。.bashrc不要把所有配置都写在一起,很 ...

按照那篇博文的也正在排除,还没排除完。。。
关于bashrc,我用最简单的吧,现在刚学习,还搞不定复杂的。。。多谢了!

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发表于 Post on 2021-12-23 12:25:53 | 只看该作者 Only view this author
snljty 发表于 2021-12-22 21:48
SCF不收敛就看上面博文去解决SCF不收敛的问题,都跟你提到三次了。.bashrc不要把所有配置都写在一起,很 ...

讲道理第二个方法更好用

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发表于 Post on 2021-12-23 12:46:01 | 只看该作者 Only view this author
喵星大佬 发表于 2021-12-23 12:25
讲道理第二个方法更好用

这不是要unload一部分就比较麻烦嘛

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