求助 charmm-gui网站生成的多糖的itp文件如何处理

yingbin · 发表于 Post on 2021-12-30 23:20:57

我想做一个蛋白质跟糖同时存在的体系，选了charmm36力场，使用charmm-gui生成了多糖的gro文件，其中还包含了itp文件和top文件。想请教下大佬，附带的itp文件好像是不能直接在模拟过程中使用的，需要做一下处理，这里是要怎么处理比较好呢？可以按照膜蛋白教程中的方式吗？

牧生 · 发表于 Post on 2021-12-31 08:44:52

我不是针对谁，我想说的是，在座各位，双眼都没有透视功能，都无法通过一张图，看到itp文件里面的内容。

yingbin · 发表于 Post on 2021-12-31 14:05:38

牧生发表于 2021-12-31 08:44
我不是针对谁，我想说的是，在座各位，双眼都没有透视功能，都无法通过一张图，看到itp文件里面的内容。

抱歉抱歉，我开始只是想的是有使用charmm-gui生成了多糖跟其他物质一起模拟经验的大佬给我提点建议。

，我把文件上传一下。

yingbin · 发表于 Post on 2021-12-31 14:06:54

这个是附带的itp文件

toppar.rar (11.59 KB, 下载次数 Times of downloads: 19)

牧生 · 发表于 Post on 2022-1-1 14:51:44

我当初也犯相似的错误。你可以看下我之前的帖子。

http://bbs.keinsci.com/thread-19761-1-1.html

yingbin · 发表于 Post on 2022-1-1 15:24:58

本帖最后由 yingbin 于 2022-1-1 17:40 编辑

牧生发表于 2022-1-1 14:51
我当初也犯相似的错误。你可以看下我之前的帖子。

http://bbs.keinsci.com/thread-19761-1-1.html

好的谢谢，我还想请教一下我这个里面的CRAB.itp是分子类型的定义文件，forcefield.itp是分子的力场参数，这两个文件与原始的蛋白质力场文件的整合的方式比较接近膜蛋白教程的那个方式，我这样理解是对的吗？

王肖索 · 发表于 Post on 2025-4-23 09:55:32

我也遇到了一样的问题，我发现应该是charmm-gui生成的配体itp下面应该是键的信息是没有的，楼主解决了吗？

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[GROMACS] 求助 charmm-gui网站生成的多糖的itp文件如何处理