台式机想要加个独立显卡用GPU加速算GROMACS,请大家给点建议

牧生

adong 发表于 2022-1-16 11:39
使用GPU加速，请问加入 -update gpu 选项，是只需要在cpu执行命令基础上多加入这个，还是也得同时指定 -n ...

我用的命令是： gmx mdrun -deffnm md -v -ntomp 16 -ntmpi 1 -gpu_id 0 -update gpu      
我没有用-nb，也没有-pin on等。从我使用的经验来看，对于双路cpu+两个显卡，如果跑两个任务，且分别指定不同的显卡，指定CPU的核数不超过单CPU物理核心数的时候，gmx已经很聪明的会自动分别调用两个cpu，不会冲突。  对于在gpu上跑任务时，cpu核数不宜过多。你可以自行测试，开启和关闭超线程情况下的计算速度，指定不同cpu核数下的计算速度。

dinghongming

3060Ti应该可以，性价比也很高~

adong

牧生 发表于 2022-1-16 11:52
我用的命令是： gmx mdrun -deffnm md -v -ntomp 16 -ntmpi 1 -gpu_id 0 -update gpu      
我没有用-n ...

收到，非常感谢

MSer

sobereva 发表于 2022-1-15 07:20
3070完全适合用

好的，谢谢sob老师

Entropy.S.I

牧生 发表于 2022-1-14 15:55
看起来你的预算不多啊
GPU跑gromacs比CPU快数十倍，所以，十分十分有必要配制显卡。
你的体系有 ...

1080Ti跑27w原子，rvdw=1.4，榨干（利用率98+）后速度27ns/d，你这11也太慢了，1fs步长？

Entropy.S.I

牧生 发表于 2022-1-14 16:51
我试了一下我现成的9.1万原子的表面活性剂体系，用的三点水模型，截断为1。
用gmx 2021.4，加了-update  ...

用更强的CPU榨干显卡，3090（3080Ti）是1080Ti的3倍

牧生

Entropy.S.I 发表于 2022-1-17 21:25
1080Ti跑27w原子，rvdw=1.4，榨干（利用率98+）后速度27ns/d，你这11也太慢了，1fs步长？

我设置rvdw为1，用的2fs。1080ti有30多ns/day，我也不再奢求什么了。
6149能榨gpu到现在这个程度，我已经非常知足了。毕竟，我的主业也不靠模拟谋生。

abdoman

需要注意一点的是，你当前的电源是500W
就算只上1块GPU，这个功率肯定不够安全，至少也得750W往上走。
因此，需要换电源。
而且还得注意GPU的电源接口是2个8pin还是6+8pin（注意换电源时的模组线）

chenbq18

牧生 发表于 2022-1-14 16:51
我试了一下我现成的9.1万原子的表面活性剂体系，用的三点水模型，截断为1。
用gmx 2021.4，加了-update  ...

请问 您的gpu利用率怎么这么高。我的v100的卡32g，一万多个原子，利用率也就三四十。cpu给了10核，开了pin on反而更慢了呢

牧生

chenbq18 发表于 2022-2-18 21:07
请问 您的gpu利用率怎么这么高。我的v100的卡32g，一万多个原子，利用率也就三四十。cpu给了10核，开了pi ...

一万多原子，利用率三四十也差不多。GPU加速，要体系大了才能体现出优势，起码十万原子以上才能看出优势。
这个命令就足够了
gmx mdrun -deffnm md -v -ntomp 16 -ntmpi 1 -gpu_id 0 -update gpu        

chenbq18

牧生 发表于 2022-2-18 21:09
一万多原子，利用率三四十也差不多。GPU加速，要体系大了才能体现出优势，起码十万原子以上才能看出优势 ...

好的 多谢