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[GROMACS] 求助在top文件中添加其他小分子力场时报错Invalid order for directive atomtypes

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发表于 Post on 2022-1-16 17:59:52 | 显示全部楼层 Show all |阅读模式 Reading model
本帖最后由 sj12138 于 2022-1-17 13:29 编辑

前辈们好,我是做的水合物分子动力学的。我在ATB网站上下载的氢气的itp文件以及其自带的力场,将H的itp文件include到top文件中后报错。
我的命令是: gmx_mpi_d grompp -f min.mdp -c II-H-222.gro -o min -pp min -po min -p topol.top
以下是我用到的文件,
我按照论坛中的方法尝试了几次之后仍旧报错,希望各位大佬赐教。

报错

报错

topol.top

topol.top

H.itp

H.itp

II-H-222.gro

160.4 KB, 下载次数 Times of downloads: 0

位置文件

topol.top

1.48 KB, 下载次数 Times of downloads: 4

拓扑文件

oplsaa.ff.7z

40.91 KB, 下载次数 Times of downloads: 1

全原子力场文件

gromos54a7_atb.ff.7z

49.67 KB, 下载次数 Times of downloads: 1

ATB下载的力场文件

H.itp

4.8 KB, 下载次数 Times of downloads: 1

H的itp文件

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发表于 Post on 2022-1-16 18:55:54 | 显示全部楼层 Show all
看我以前犯的相同错误
http://bbs.keinsci.com/thread-19761-1-1.html
其次,力场不建议混用,opls和gromos不能混用

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发表于 Post on 2022-1-17 07:16:07 | 显示全部楼层 Show all
怎么能两个力场的forcefield.itp都include,没有基本常识

ATB提供的修改版54A7力场包里又不是没有spce.itp,include OPLS-AA力场下的spc.itp作甚
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办最高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班基础(中级)量子化学培训班分子动力学与GROMACS培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班。这些培训是计算化学快速入门以及全面系统性提升研究水平的最佳途径,培训各种相关信息见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-1-17 14:07:53 | 显示全部楼层 Show all
sobereva 发表于 2022-1-17 07:16
怎么能两个力场的forcefield.itp都include,没有基本常识

ATB提供的修改版54A7力场包里又不是没有spce.i ...

老师,我在54A7的rtp文件中加上了19P的残基和原子之后采用gmx_mpi_d pdb2gmx -f II-zj-222.pdb -o II-zj-222.gro -ff gromos54a7_atb生成top文件并grompp之后跑通了,谢谢sob老师,是我之前没想到不需要oplsaa。

但是老师我想问一下,因为我的小分子是氢气很简单所以在rtp文件中可以很容易补充,但是如果是一个比较复杂的分子应该如何在rtp中确定需要补充的内容那?

谢谢sob老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-1-17 14:12:42 | 显示全部楼层 Show all
牧生 发表于 2022-1-16 18:55
看我以前犯的相同错误
http://bbs.keinsci.com/thread-19761-1-1.html
其次,力场不建议混用,opls和grom ...

帖子我看了,我尝试之后还是没有跑通才发帖请教的。由于我的H.itp并没有atomtype的字段,所以我在ffnonbonded.itp中的内容贴到了top中但是依然报最开始的错误

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发表于 Post on 2022-1-17 17:12:23 | 显示全部楼层 Show all
sj12138 发表于 2022-1-17 14:07
老师,我在54A7的rtp文件中加上了19P的残基和原子之后采用gmx_mpi_d pdb2gmx -f II-zj-222.pdb -o II-zj- ...

这种体系完全不需要用pdb2gmx
直接把小分子itp文件include到主top文件就完了,折腾rtp纯粹是自找麻烦
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发表于 Post on 2022-2-23 15:29:14 | 显示全部楼层 Show all
sobereva 发表于 2022-1-17 17:12
这种体系完全不需要用pdb2gmx
直接把小分子itp文件include到主top文件就完了,折腾rtp纯粹是自找麻烦

老师可以请问下include到主top文件时的格式是什么样的吗

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发表于 Post on 2022-2-23 18:46:35 | 显示全部楼层 Show all
494085639 发表于 2022-2-23 15:29
老师可以请问下include到主top文件时的格式是什么样的吗

语义不明
搞清楚gromacs的各个字段都该有什么内容,该以什么顺序出现,自然就明白了
PS:我在GROMACS培训里讲得特别透彻 http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html,搞不明白这些基本知识的话最好系统性学学
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