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[综合交流] 请问已经找到过渡态TS,计算自由能还需要对其进行opt freq优化吗?

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请问,我已经用opt=TS找到了过渡态,并且做出了IRC曲线,我现在需要计算这个过渡态的自由能,需要对IRC曲线的峰值出的TS过渡态进行opt+freq构型优化吗?

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发表于 Post on 2022-3-8 15:30:52 | 只看该作者 Only view this author
你做opt=TS的时候没有顺手把freq写上吗

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发表于 Post on 2022-3-8 15:34:39 | 只看该作者 Only view this author
RAL 发表于 2022-3-8 15:30
你做opt=TS的时候没有顺手把freq写上吗

确实, opt=TS freq 之后 IRC 还可以直接 RCFC
现代化学以狄拉克的一句“一切化学问题业已解决”为嚆矢。滥觞于经验主义传统的期望正失去它们的借鉴意义。但面对看似不可达的通往天堂之阶梯,我想循伍德沃德“最好的模型是你底物的对映异构体”的信仰好过过早地振翮。
我们怀揣热忱的灵魂天然被赋予对第一性的追求,不屑于单一坐标的约束,钟情于势能面彼端的芬芳。但

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-3-8 15:43:45 | 只看该作者 Only view this author
RAL 发表于 2022-3-8 15:30
你做opt=TS的时候没有顺手把freq写上吗

是的,想着找过渡态就没有+freq。我后面又单独计算了freq,看的虚频只有一个

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发表于 Post on 2022-3-8 15:50:27 | 只看该作者 Only view this author
王婷婷 发表于 2022-3-8 15:43
是的,想着找过渡态就没有+freq。我后面又单独计算了freq,看的虚频只有一个

过渡态优化之后理应算一下freq,一方面确认是否有且仅有1个虚频、这个虚频的振动模式是否符合预期,另一方面也为IRC提供初始的二阶导矩阵。
现代化学以狄拉克的一句“一切化学问题业已解决”为嚆矢。滥觞于经验主义传统的期望正失去它们的借鉴意义。但面对看似不可达的通往天堂之阶梯,我想循伍德沃德“最好的模型是你底物的对映异构体”的信仰好过过早地振翮。
我们怀揣热忱的灵魂天然被赋予对第一性的追求,不屑于单一坐标的约束,钟情于势能面彼端的芬芳。但

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-3-8 15:52:22 | 只看该作者 Only view this author
北大-陶豫 发表于 2022-3-8 15:50
过渡态优化之后理应算一下freq,一方面确认是否有且仅有1个虚频、这个虚频的振动模式是否符合预期,另一 ...

是的,我分了三步做的,第一步用的opt=TS,然后算了freq, 然后再做的IRC

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-3-8 15:57:22 | 只看该作者 Only view this author
北大-陶豫 发表于 2022-3-8 15:50
过渡态优化之后理应算一下freq,一方面确认是否有且仅有1个虚频、这个虚频的振动模式是否符合预期,另一 ...

请问一下log文件里的Thermal correction to Gibbs Free Energy:后面的hartee值的正负代表什么意思,如果计算自由能需要这个值,直接取其绝对值对吗?

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发表于 Post on 2022-3-8 16:01:14 | 只看该作者 Only view this author
王婷婷 发表于 2022-3-8 08:57
请问一下log文件里的Thermal correction to Gibbs Free Energy:后面的hartee值的正负代表什么意思,如果 ...

不能取绝对值,必须带符号运算。
量化计算里凡是可正可负的量,基本永远都是不能取绝对值的,除非公式明确告诉你这么做。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
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发表于 Post on 2022-3-8 16:01:42 | 只看该作者 Only view this author
王婷婷 发表于 2022-3-8 15:57
请问一下log文件里的Thermal correction to Gibbs Free Energy:后面的hartee值的正负代表什么意思,如果 ...

直接用这个就好了,讲究一点的话可以参考《谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算》http://sobereva.com/327和《使用Shermo结合量子化学程序方便地计算分子的各种热力学数据》http://sobereva.com/552
负的就是负的

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-3-8 16:12:11 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-3-8 16:01
不能取绝对值,必须带符号运算。
量化计算里凡是可正可负的量,基本永远都是不能取绝对值的,除非公式明 ...

好的,那么想请教您一个别的问题,请问一下环硫三元环化合物环硫乙烷带有吸电子基团的侧基,阴离子开环时,会进攻带有吸电子基团的碳吗?

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发表于 Post on 2022-3-8 16:19:50 | 只看该作者 Only view this author
王婷婷 发表于 2022-3-8 09:12
好的,那么想请教您一个别的问题,请问一下环硫三元环化合物环硫乙烷带有吸电子基团的侧基,阴离子开环时 ...

这个取决于取代基的位阻,如果位阻足够小,应该会的;如果位阻足够大,位阻效应可能会大于电子效应,导致进攻另一个碳。至于位阻多大算大,取决于基团的吸电子效应有多强,除非实际做计算或者查实验文献,否则无法判断多大算大。
另外,以后如果是和主题帖无关的问题,应该新开帖提问,即便你指定想问一个特定的人也要这样做,不然不利于别人看帖子学习知识
Zikuan Wang
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BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
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ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-3-8 20:47:58 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-3-8 16:19
这个取决于取代基的位阻,如果位阻足够小,应该会的;如果位阻足够大,位阻效应可能会大于电子效应,导致 ...

好的,非常感谢您的回答

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发表于 Post on 2022-3-8 21:55:10 | 只看该作者 Only view this author
王婷婷 发表于 2022-3-8 16:12
好的,那么想请教您一个别的问题,请问一下环硫三元环化合物环硫乙烷带有吸电子基团的侧基,阴离子开环时 ...

和帖子主题无关的简单性问题去专门的专贴http://bbs.keinsci.com/thread-806-1-1.html里回帖问
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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