疑似使用了 Multiwfn 而没有引用的论文（JACS）

乐平 · 发表于 Post on 2022-3-25 15:23:35

本帖最后由乐平于 2022-3-25 09:25 编辑

最近看到一篇 JACS，其中的计算部分疑似使用了 Multiwfn，但是正文和 SI 中均没有引用 Sob 老师的论文 T. Lu, F. Chen,Multiwfn: a multifunctional wavefunction analyzer, J. Comput. Chem., 33 (5) (2012), pp. 580-592

JACS 的链接是 https://pubs.acs.org/doi/10.1021 ... 1ec8c5b1077c388b6c9

麻烦 Sob 老师鉴别一下

sobereva · 发表于 Post on 2022-3-25 15:35:04

没法下定论，我只能说图3用Multiwfn能做出来一模一样的图，按照下文操作，在主功能4后处理菜单中把着色方式改成BWR，把等值线显示出来，就能得到那样的图
通过Multiwfn绘制等化学屏蔽表面(ICSS)研究芳香性
http://sobereva.com/216

乐平 · 发表于 Post on 2022-3-25 15:45:24

sobereva 发表于 2022-3-25 09:35
没法下定论，我只能说图3用Multiwfn能做出来一模一样的图，按照下文操作，在主功能4后处理菜单中把着色方式 ...

嗯…… 也只能是疑似了

另外，对于 PDI 这类的共轭体系，是不是 B3LYP 泛函不太合适，用 M06-2X 或者 wB97XD 会更好一些呢（按照 http://sobereva.com/557 里提到的）？

sobereva · 发表于 Post on 2022-3-25 16:01:29

乐平发表于 2022-3-25 15:45
嗯…… 也只能是疑似了

另外，对于 PDI 这类的共轭体系，是不是 B3LYP 泛函不太合适，用 M06-2X 或者 ...

这种程度的共轭用B3LYP没问题

GoldenBaby · 发表于 Post on 2022-3-25 19:02:15

惊现裴成环

sobereva · 发表于 Post on 2022-3-26 13:26:35

顺带一提，今天发现下文应该是用了Multiwfn绘制的RDG图，但是居然没提，而引用的竟然是molclus网页，可molclus在文中也没明确提
Xin Song, Kai Zhang, Renjun Guo, et al., Process-aid solid engineering triggers delicately modulation of Y-series non-fullerene acceptor for efficient organic solar cells, Adv. Mater. (2022) https://onlinelibrary.wiley.com/doi/abs/10.1002/adma.202200907
胡引瞎引的问题在国人的文章里太严重了！尤其是实验为主的人的涉及计算的文章！

乐平 · 发表于 Post on 2022-3-26 16:17:23

本帖最后由乐平于 2022-3-26 10:27 编辑

惊了！这篇 JACS （链接 https://pubs.acs.org/doi/10.1021 ... 1ec8c5b1077c388b6c9）里的几何优化结果居然都错了！

我把 SI 中第 S20 页至 S26 页的所谓 “优化后的结构” 在相同的计算水平下重复计算（文献报道的计算水平是 B3LYP/6-311G(d,p) ），发现文献里的 B2N2-PDI 的结构全错了。

下面我把文献的结构和我优化的结构进行对比，左侧是从文献 SI 里给的坐标呈现的结构，右侧是我用 SI 的坐标按相同计算水平进行优化得到的结构。

对比1： B2N2-PDI-ME

对比2： B2N2-PDI-CH

对比3： B2N2-PDI-DIPP

可以看到，文献 SI 中的结构 B2N2-PDI 主体是平面或接近平面的（左图），但是在相同计算水平 B3LYP/6-311G(d,p) 优化下，得到的却是略带扭转的结构（右图）。

真不知道作者是粗心大意把结构的坐标贴错了？还是根本乱算的……

审稿人也没有仔细检查一下，哪怕用一个结构重复算一算，几个小时的事情。

牧生 · 发表于 Post on 2022-3-26 16:24:39

或许这就是一场赌局。作者赌没人真的会去认真看，作者赢了，但也输了。

zjxitcc · 发表于 Post on 2022-3-26 16:41:26

牧生发表于 2022-3-26 16:24
或许这就是一场赌局。作者赌没人真的会去认真看，作者赢了，但也输了。

这是Jieyu Wang和裴成环的文章，他们经常每发一篇就会出现在各大公众号上，肯定会有不少人看的

sobereva · 发表于 Post on 2022-3-26 16:45:31

乐平发表于 2022-3-26 16:17
惊了！这篇 JACS （链接 https://pubs.acs.org/doi/10.1021 ... 1ec8c5b1077c388b6c9）里的几何优化结果 ...

这可得comment一下。如果不是故意的，或者不小心搞错了数据，那就是不知道优化完了要做振动分析的重要性。

Entropy.S.I · 发表于 Post on 2022-3-26 16:48:37

sobereva 发表于 2022-3-26 16:45
这可得comment一下。如果不是故意的，或者不小心搞错了数据，那就是不知道优化完了要做振动分析的重要性 ...

我刚刚给裴老师发微信了（这些作者里面只有他的联系方式…），等等他的回复

granvia · 发表于 Post on 2022-3-26 20:45:01

sobereva 发表于 2022-3-26 16:45
这可得comment一下。如果不是故意的，或者不小心搞错了数据，那就是不知道优化完了要做振动分析的重要性 ...

如果这种几何构型的偏差不影响文章的基本结论，也没必要comment了

小曾同学 · 发表于 Post on 2022-3-26 21:53:00

乐平发表于 2022-3-26 16:17
惊了！这篇 JACS （链接 https://pubs.acs.org/doi/10.1021 ... 1ec8c5b1077c388b6c9）里的几何优化结果 ...

你这个结论下的太早了，如果作者是提取的晶体结构，固定碳骨架进行优化，那就是平的了。

乐平 · 发表于 Post on 2022-3-26 22:12:36

小曾同学发表于 2022-3-26 15:53
你这个结论下的太早了，如果作者是提取的晶体结构，固定碳骨架进行优化，那就是平的了。

也许吧，不过文章里关于计算细节的描述只有 SI 里（第 S18 页）的两句话，没有提到固定碳骨架优化。

Entropy.S.I · 发表于 Post on 2022-3-26 22:17:22

乐平发表于 2022-3-26 22:12
也许吧，不过文章里关于计算细节的描述只有 SI 里（第 S18 页）的两句话，没有提到固定碳骨架优化。

...

作者说是根据晶体结构数据固定骨架优化的

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