疑似使用了 Multiwfn 而没有引用的论文（JACS）

corei70715 · 发表于 Post on 2022-3-27 14:38:11

本帖最后由 corei70715 于 2022-3-27 15:18 编辑

感谢论坛上各位老师同学对我们工作的关注和讨论，我是本论文的作者之一。我和本文全体作者进行了沟通，并代表本文全体作者在此回复（以下回复征求了所有作者的意见，并署名课题组PI裴坚老师）：
1. 这篇文章里的结构优化是在晶体结构的基础上进行的，而非直接进行优化。所以会出现文章的优化结果与楼主直接优化结果不符的情况。晶体结构是通过各个分子的X射线单晶衍射得到的。具体来说，我们将晶体结构的骨架（除H之外的原子）固定后使用了B3LYP/6-311G(d,p)进行优化。对于没有晶体结构的B2N2-PDI-Me，我们采用了受π-π作用影响最小的B2N2-PDI-DIPP分子的骨架，并将侧链替换为甲基后使用B3LYP/6-311G(d,p)进行优化。所以并不存在几何优化结果是错误的情况，也不影响对计算结果的分析。通常在小分子有机半导体已经具有晶体结构的情况下使用晶体结构骨架进行优化的情况是合理的。一来节约计算资源，二来晶体结构中的分子结构也更贴近实际应用的情景。我们在SI中对计算过程的说明过于简单，未进行详细说明是我们的工作失误。
2. 我们确认Figure3ef的计算和绘制中使用了Multiwfn，未对Multiwfn原文进行正确引用是我们的疏忽，给Multiwfn的创作人员带来了困扰，我们深感抱歉。对Multiwfn的创作人员致歉，我们将在未来工作正确地引用Multiwfn。同时，在我们组以往的工作中，我们多次使用并引用了Multiwfn，如Chem. Asian J. 2019, 14, 1686 –1691; J. Am. Chem. Soc. 2020, 142, 15340−15348等。我们在本论坛也学到了很多知识。我们在今后的工作中一定严谨遵守科学规范，感谢大家批评指正。

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-3-27 20:20:33

corei70715 发表于 2022-3-27 07:38
感谢论坛上各位老师同学对我们工作的关注和讨论，我是本论文的作者之一。我和本文全体作者进行了沟通，并代 ...

请问你们优化完之后有没有做频率分析、检查虚频数目？固然以晶体结构为初始结构来做优化是合理的，也是常见做法，但是即便以晶体结构为初始结构，最后仍然要检查虚频，否则就可能出现这种情况，别人拿你们已经优化过的结构再做一次优化，刚好把你们的虚频消掉了，所以优化到了另一个结构。

corei70715 · 发表于 Post on 2022-3-28 00:15:45

wzkchem5 发表于 2022-3-27 20:20
请问你们优化完之后有没有做频率分析、检查虚频数目？固然以晶体结构为初始结构来做优化是合理的，也是常 ...

我们做了频率分析，并没有刻意去消除虚频。因为用的是晶体中的分子结构，只优化了H原子的位置，其它原子都取自晶体结构，通常都有虚频，并不是单个分子的能量极小点。您说的是初始结构取自晶体，所有原子都进行优化，理应优化到能量极小点。

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-3-28 03:09:53

corei70715 发表于 2022-3-27 17:15
我们做了频率分析，并没有刻意去消除虚频。因为用的是晶体中的分子结构，只优化了H原子的位置，其它原子 ...

哦，那就没问题了。抱歉之前我看漏了，没看到你说你固定了晶体结构的骨架

corei70715 · 发表于 Post on 2022-3-28 03:33:25

wzkchem5 发表于 2022-3-28 03:09
哦，那就没问题了。抱歉之前我看漏了，没看到你说你固定了晶体结构的骨架

感谢讨论和指正！

乐平 · 发表于 Post on 2022-3-28 09:45:40

corei70715 发表于 2022-3-27 08:38
感谢论坛上各位老师同学对我们工作的关注和讨论，我是本论文的作者之一。我和本文全体作者进行了沟通，并代 ...

谢谢您的回应，解答了我的疑惑。

corei70715 · 发表于 Post on 2022-3-28 12:28:56

乐平发表于 2022-3-28 09:45
谢谢您的回应，解答了我的疑惑。

谢谢您的批评指正！

beyond · 发表于 Post on 2022-3-28 19:56:32

本帖最后由 beyond 于 2022-3-28 19:58 编辑

乐平发表于 2022-3-26 16:17
惊了！这篇 JACS （链接 https://pubs.acs.org/doi/10.1021 ... 1ec8c5b1077c388b6c9）里的几何优化结果 ...

我也发现一篇，结构全是乱的

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-3-28 23:18:12

beyond 发表于 2022-3-28 12:56
我也发现一篇，结构全是乱的

看起来像是整理SI的时候原子坐标少贴了一位数字，不像是计算环节的问题

beyond · 发表于 Post on 2022-3-29 21:39:22

wzkchem5 发表于 2022-3-28 23:18
看起来像是整理SI的时候原子坐标少贴了一位数字，不像是计算环节的问题

具体就不清楚了，找作者要结构，也没有回复我。。。

swordshine · 发表于 Post on 2022-4-1 10:53:52

游客，本帖隐藏的内容需要积分高于 25 才可浏览，您当前积分为 0

Michem_ai · 发表于 Post on 2022-4-16 20:56:38

裴神的文章呀

suiyuan · 发表于 Post on 2022-5-1 11:07:52

sobereva 发表于 2022-3-25 15:35
没法下定论，我只能说图3用Multiwfn能做出来一模一样的图，按照下文操作，在主功能4后处理菜单中把着色方式 ...

好奇如果确认了某篇文章使用了Multiwfn但文章又没有任何的引用，卢老师您会禁止对方以后再用Multiwfn发文章吗

ymeng · 发表于 Post on 2022-5-1 11:35:30

国内的大神级别都这样，就更别提其他人了。很多国外小组连作图用vesta都会引用，国内我几乎没看到过。。。其实引用一下，一分钟的事情，真是让人一言难尽啊

sobereva · 发表于 Post on 2022-5-1 14:34:16

suiyuan 发表于 2022-5-1 11:07
好奇如果确认了某篇文章使用了Multiwfn但文章又没有任何的引用，卢老师您会禁止对方以后再用Multiwfn发文 ...

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