基于Gaussian FCHT计算分解重组能和计算Huang-Rhys因子的Python小脚本

stella578 · 发表于 Post on 2023-4-13 15:16:52

本帖最后由 stella578 于 2023-4-13 15:21 编辑

老师您好，我在进行Gaussian FCHT计算时遇到了以下报错，请问是什么原因导致的呢？（两态的原子顺序是一致的，输入文件已附图）

Initial state structure is set in Eckart orientation.
Final state structure is superposed to it.

Error in GetR
Error termination via Lnk1e in /opt/soft/G16A3/g16/l718.exe at Thu Apr 13 15:00:55 2023.
Job cpu time:    0 days  0 hours  0 minutes 15.8 seconds.
Elapsed time:    0 days  0 hours  0 minutes  0.9 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=    11 Int=    0 D2E=    0 Chk=    56 Scr=    1

Kalinite · 发表于 Post on 2023-4-13 15:45:10

stella578 发表于 2023-4-13 15:16
老师您好，我在进行Gaussian FCHT计算时遇到了以下报错，请问是什么原因导致的呢？（两态的原子顺序是一致 ...

输入文件看上去没什么问题。可以传一下chk给你看看。

stella578 · 发表于 Post on 2023-4-13 16:16:00

Kalinite 发表于 2023-4-13 15:45
输入文件看上去没什么问题。可以传一下chk给你看看。

谢谢老师，这是我的chk文件，文件太大所以放网盘了链接：https://pan.baidu.com/s/185gLtfz6tOh1-gOsdLDn8A
提取码：v4w5

小西瓜123 · 发表于 Post on 2023-4-13 20:48:47

Kalinite 发表于 2023-4-13 15:03
你若只需要重组能和Huang-Rhys因子，无视该报错即可。
若需要振动分辨的光谱，Low progression如何解决 ...

对，我主要需要重组能和Huang-Rhys因子，谢谢老师回复

小西瓜123 · 发表于 Post on 2023-4-13 20:49:09

wzkchem5 发表于 2023-4-12 22:37
直接计算得到振动分辨光谱。重组能按四点法计算就行了

好哒，我学习学习orca,谢谢老师回复

Lichuan · 发表于 Post on 2023-4-16 22:22:40

老师，这位同学的步骤对吗，输入文件怎么写啊，可以给个例子么

Lichuan · 发表于 Post on 2023-4-17 10:13:08

老师您好，这是我的log文件，然后运行python报错了，请老师帮看看是什么原因

Kalinite · 发表于 Post on 2023-4-17 14:33:20

Lichuan 发表于 2023-4-17 10:13
老师您好，这是我的log文件，然后运行python报错了，请老师帮看看是什么原因

这是Gaussian报错，.chk文件有问题，.log里根本没有Huang-Rhys结果，脚本自然不能正常运行

Kalinite · 发表于 Post on 2023-4-17 14:37:08

Lichuan 发表于 2023-4-16 22:22
老师，这位同学的步骤对吗，输入文件怎么写啊，可以给个例子么

截图里修改为 freq(readfc,fc,readfcht) 即可

Kalinite · 发表于 Post on 2023-4-17 16:18:05

本帖最后由 Kalinite 于 2023-4-17 16:19 编辑

stella578 发表于 2023-4-13 16:16
谢谢老师，这是我的chk文件，文件太大所以放网盘了链接：https://pan.baidu.com/s/185gLtfz6tOh1-gOsdLDn ...

虽然是freq任务，但你的.chk文件中不包含振动模式相关信息，转成.fchk用GaussView打开frequencies中是空白的。说明你用的Gaussian版本比较老，关键词里应写：freq=SaveNM (即：freq=SaveNormalMode)。具体参考主贴末尾有说明。

Lichuan · 发表于 Post on 2023-4-17 17:12:00

老师，我重新做了振动分析，把虚频去掉了。另外把python也升级到3以上了。还是输出不了huang-Rhys信息，烦请老师帮忙看看，文件我放在了百度云盘。链接：https://pan.baidu.com/s/1QkPm3jNMtscDASM2YDBthw
提取码：asds
哎，文章回稿，需补这部分数据，叨扰老师实属无奈之举，忘老师见谅。

Kalinite · 发表于 Post on 2023-4-17 23:22:35

本帖最后由 Kalinite 于 2023-4-17 23:26 编辑

Lichuan 发表于 2023-4-17 17:12
老师，我重新做了振动分析，把虚频去掉了。另外把python也升级到3以上了。还是输出不了huang-Rhys信息，烦 ...

S1的计算没写TD
这居然还能没有虚频（虽然有一个极小的0.75 cm^-1），从某种程度上可以认为S1和S0结构非常接近

Lichuan · 发表于 Post on 2023-4-18 09:09:11

Kalinite 发表于 2023-4-17 23:22
S1的计算没写TD
这居然还能没有虚频（虽然有一个极小的0.75 cm^-1），从某种程度上可以认为S1和S0结构非 ...

谢谢老师，我去试试

stella578 · 发表于 Post on 2023-4-18 14:33:41

Kalinite 发表于 2023-4-17 16:18
虽然是freq任务，但你的.chk文件中不包含振动模式相关信息，转成.fchk用GaussView打开frequencies中是空 ...

我再去试试，谢谢老师！

小虎兔 · 发表于 Post on 2023-6-22 10:09:11

老师，我使用的09Gauss，您看一下是输出结果显示命令错误，是因为版本问题吗？还是写错了命令？
Using the following non-standard input for vibronic spectroscopy:
initial=source=chk final=source=chk spectroscopy=onephotonemission

ERROR: The following wrong keyword(s) have been found:
INITIAL=SOURCE=CHK

SPECTROSCOPY=ONEPHOTONEMISSION
Error termination via Lnk1e in /public1/apps/gs/g09/l718.exe

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