基于Gaussian FCHT计算分解重组能和计算Huang-Rhys因子的Python小脚本

Kalinite · 发表于 Post on 2024-9-20 00:01:03

wal 发表于 2024-9-19 23:24
老师，我是需要分解重组能的，而且需要对比几个分子的huang-rhys因子，若只讨论相对大小可能不太方便横向 ...

我觉得可以用四点法计算各个分子的重组能，按照Gaussian或FCClasses分解结果的比例，把四点法得到的重组能分配到各个振动模式。虽然这么做可能缺乏理论依据，但确实曾见过有文献这么做，不失为一种办法。

如果基团旋转造成的结构变化很大的话，我估计考虑非谐振的改进也很有限，不过值得一试吧。
Gaussian的FCHT计算有很多关于非谐振的选项，但是手册上写的模棱两可，我没法提供更多帮助了。

wal · 发表于 Post on 2024-9-20 08:39:57

本帖最后由 wal 于 2024-9-20 08:42 编辑

Kalinite 发表于 2024-9-20 00:01
我觉得可以用四点法计算各个分子的重组能，按照Gaussian或FCClasses分解结果的比例，把四点法得到的重组 ...

好的好的，谢谢老师，我再自己琢磨琢磨
老师您有空的话可以告诉我按照总重组能分配结果的文献是哪篇嘛，如果到时候真这么做了可能还要跟导师或是审稿人解释解释

身在盘丝洞 · 发表于 Post on 2024-9-20 10:24:06

Kalinite 发表于 2024-9-20 00:01
我觉得可以用四点法计算各个分子的重组能，按照Gaussian或FCClasses分解结果的比例，把四点法得到的重组 ...

老师可以分享一下这篇文献吗，我的也是分解重组能和四点法相差太大

任嘉人amber · 发表于 Post on 2024-10-20 14:38:45

老师，您好，我看您上文提到一般用末态结构分解重组能，但是这个荧光发射例子中oldchk用的是始态的chk，这是什么原因呢，是不是对结构不太敏感，谢谢老师

Kalinite · 发表于 Post on 2024-10-25 21:34:49

任嘉人amber 发表于 2024-10-20 14:38
老师，您好，我看您上文提到一般用末态结构分解重组能，但是这个荧光发射例子中oldchk用的是始态的chk，这 ...

荧光发射和重组能这两个计算没有关系。
发射计算的是垂直过程，始态和末态没有结构上的区别。

任嘉人amber · 发表于 Post on 2024-10-28 18:51:47

Kalinite 发表于 2024-10-25 21:34
荧光发射和重组能这两个计算没有关系。
发射计算的是垂直过程，始态和末态没有结构上的区别。

好的，谢谢老师

tzr · 发表于 Post on 2024-12-13 18:22:40

老师，我按照您的输入文件写了之后不能读取initial.chk，请问我是哪里出了错误呀？可以在哪里进行改进嘛？
报错的最后显示为
Initial State
-------------
Data taken from checkpoint file "initial.chk"
Error termination in NtrErr:
ntran open failure returned to fopen.

附上我的chk和输入文件，请您帮我看一看，谢谢！

Kalinite · 发表于 Post on 2025-1-9 01:11:30

tzr 发表于 2024-12-13 18:22
老师，我按照您的输入文件写了之后不能读取initial.chk，请问我是哪里出了错误呀？可以在哪里进行改进嘛？
...

在Windows下用Gaussian，不写文件路径默认在scratch目录，你在计算时initial.chk final.chk是放在了计算目录？

keweixu · 发表于 Post on 2025-4-9 19:42:28

老师您好，按照您的脚本方法，我重复了一下，sob老师原帖子计算吡啶的重组能和黄昆因子。在用g16计算黄昆因子提交任务一直报错如下图，想请教一下原因？计算文件在压缩包里了麻烦老师帮忙看下。

wal · 发表于 Post on 2025-4-9 19:54:31

keweixu 发表于 2025-4-9 19:42
老师您好，按照您的脚本方法，我重复了一下，sob老师原帖子计算吡啶的重组能和黄昆因子。在用g16计算黄昆因 ...

Low progress不影响huang-rhys因子的输出，这个是振动分辨光谱报错，楼里有提到过

keweixu · 发表于 Post on 2025-4-9 20:26:28

wal 发表于 2025-4-9 19:54
Low progress不影响huang-rhys因子的输出，这个是振动分辨光谱报错，楼里有提到过

好的，谢谢。

keweixu · 发表于 Post on 2025-4-9 21:00:07

老师，您好，我想再请教一下，我用g16+python脚本得到吡啶T1-S0的重组能和黄昆因子的频率贡献（386 cm-1），与之前按照sob老师基于g09+dushin分解得到S0的重组能，频率贡献（426 cm-1）差别很大，那个数据准一些？还是我计算的问题？还有个疑问就是dushin可以分解得到S0和T1的重组能，那么通过python脚本可以得到T1的重组能嘛？

Kalinite · 发表于 Post on 2025-4-19 03:28:11

keweixu 发表于 2025-4-9 21:00
老师，您好，我想再请教一下，我用g16+python脚本得到吡啶T1-S0的重组能和黄昆因子的频率贡献（386 cm-1） ...

首先需要确认，你在使用g16 g09时是否保证了各种设置完全一致（如g16有没有写g09default等）。
不存在某一个态的重组能，只有某一个过程的重组能，如果你要计算S0->T1 T1->S0，那么做两次FC计算即可。

LastXuan · 发表于 Post on 2025-6-30 20:42:11

请问老师一个问题：如果我要计算S0→S1的黄昆因子，其中S1态在结构优化完之后的S1态频率计算关键词是写freq还是td freq呢

wzkchem5 · 发表于 Post on 2025-6-30 21:43:07

LastXuan 发表于 2025-6-30 20:42
请问老师一个问题：如果我要计算S0→S1的黄昆因子，其中S1态在结构优化完之后的S1态频率计算关键词是写freq ...

如果要算S1频率，必须写td freq。这和计算目的是不是算黄昆因子无关

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[辅助/分析程序] 基于Gaussian FCHT计算分解重组能和计算Huang-Rhys因子的Python小脚本

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