基于Gaussian FCHT计算分解重组能和计算Huang-Rhys因子的Python小脚本

Eclair · 发表于 Post on 2024-2-7 23:37:25

xm.liu 发表于 2023-9-16 22:54
老师您好，我是用您的方法计算分解重组能，最后分解重组能的结果很大约11ev,这个结果明显不太合理，还有您 ...

向内坐标分解的方式不唯一，momap可以完成

2421886719 · 发表于 Post on 2024-4-24 10:53:24

老师您好，
   我用您的方法分解重组能，Gaussian输出文件报错如下：
Data taken from checkpoint file "initial=source=chk final=source=chk spectroscopy=onephotonemission"
Error termination in NtrErr:
ntran open failure returned to fopen.
   然后使用小程序也报错：
IndexError：list index out of range
   想请问下这个该怎么解决呀

Kalinite · 发表于 Post on 2024-4-24 15:36:53

2421886719 发表于 2024-4-24 10:53
老师您好，
我用您的方法分解重组能，Gaussian输出文件报错如下：
Data taken from checkpoint fil ...

贴一下完整的输入文件呢。
可能是chk文件有问题，先确认一下前面计算步骤有没有正常结束，chk是否正常生成。

Kalinite · 发表于 Post on 2024-4-24 15:40:18

Lichuan 发表于 2024-2-5 22:11
kalinite老师您好，S1和S0构型差异太大是不是计算不出相应的振动分辨光谱啊，有相应的文献吗

不是算不出，主要是构型差异太大的话，不适合使用谐振近似。

2421886719 · 发表于 Post on 2024-4-24 21:01:44

本帖最后由 2421886719 于 2024-4-24 21:22 编辑

Kalinite 发表于 2024-4-24 15:36
贴一下完整的输入文件呢。
可能是chk文件有问题，先确认一下前面计算步骤有没有正常结束，chk是否正常生 ...

老师您好，生成的chk文件应该没问题，因为我用生成的chk文件做过一些后续的计算，文件因为太大贴不了，我把完整的输入和输出文件放在了百度网盘链接里，麻烦老师了。
链接：https://pan.baidu.com/s/1lGPxIoQFFoVkjTgVS_HIaQ
提取码：i3it

qinsc · 发表于 Post on 2024-5-6 23:20:17

Kalinite 发表于 2023-2-2 15:32
Gaussian的FCHT是处理同一个分子的不同电子态之间跃迁的，如S0-S1、S1-T1等。虽然重组能分解对于你想做的 ...

老师您好，我和这个提问的同学一样计算Charge-Neutral的重组能分解，高斯会报错

ERROR: Low progression after class 2. Total convergence = 13.7%.
The vibronic spectrum will likely be unreliable. Stopping.

复制代码

但似乎不影响后续输出重组能，这里得到的结论可以使用吗？

Kalinite · 发表于 Post on 2024-5-11 20:07:43

2421886719 发表于 2024-4-24 21:01
老师您好，生成的chk文件应该没问题，因为我用生成的chk文件做过一些后续的计算，文件因为太大贴不了，我 ...

查看了你的fchk，你的关键词写的有误，参考主贴重算一下

Kalinite · 发表于 Post on 2024-5-11 20:08:11

qinsc 发表于 2024-5-6 23:20
老师您好，我和这个提问的同学一样计算Charge-Neutral的重组能分解，高斯会报错

但似乎不影响后续输出 ...

没有关系，报错是光谱计算部分的，与重组能无关

qinsc · 发表于 Post on 2024-5-16 22:29:59

Kalinite 发表于 2024-5-11 20:08
没有关系，报错是光谱计算部分的，与重组能无关

好的，谢谢老师！

2421886719 · 发表于 Post on 2024-5-21 10:46:37

HONEYJ 发表于 2022-5-17 22:32
老师，g16 B01是不支持这个吗,我按照老师的输入文件写结果会出现输入错误。
FileIO operation on non-ex ...

你好，我也出现了一样的报错，想请问一下这个最后是怎么解决的

2421886719 · 发表于 Post on 2024-5-21 17:48:00

Kalinite 发表于 2024-5-11 20:07
查看了你的fchk，你的关键词写的有误，参考主贴重算一下

好的，谢谢老师

阿甘 · 发表于 Post on 2024-5-31 17:26:22

老师您好，我用Gaussian 16, Revision A.03的频率计算得到了S0平衡位置和S1平衡位置的振动频率分析，然后使用同样版本的Gaussian输出了Huang-Rhys因子，在Gaussian输出文件中有168个Mode。后续运行老师您的脚本处理数据时发现只输出了112个Mode的Huang-Rhys因子和相应重组能。请问老师，我在哪里操作错了或者理解错了吗？

Kalinite · 发表于 Post on 2024-5-31 17:31:44

阿甘发表于 2024-5-31 17:26
老师您好，我用Gaussian 16, Revision A.03的频率计算得到了S0平衡位置和S1平衡位置的振动频率分析，然后使 ...

可以发一下log和fch给我看下，按理来说是不会有这种问题的。

天月将白 · 发表于 Post on 2024-6-3 15:35:08

Kalinite 发表于 2023-7-2 02:59
我将你的.fchk用unfchk转换后，能够正常计算。考虑是不是你的.chk文件损坏了，如某次计算失败，但没有写o ...

老师您好，我也遇到了一摸一样的问题，以激发态为初态，基态为末态，oldchk=基态.chk可以正常运算；以基态为初态，激发态为初态，oldchk=激发态.chk就不行，报错显示无法读取初态的chk，请问有什么解决的办法吗

天月将白 · 发表于 Post on 2024-6-4 00:59:24

furcore 发表于 2023-6-26 22:01
老师，您好，我在计算重组能时遇到了以下问题：
当我以基态(TBPY-gs)作为初态时，出现了FileIO operation ...

同学，请问你解决了吗

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