CP2K结构优化监控小脚本

ma455173220

youyno 发表于 2022-5-11 15:11
可以弄个python2的吗？

抱歉我没用过Python2啊，就自学了点python3，菜鸟一个。。。可能把print改一下应该就差不多吧

乐平

ma455173220 发表于 2022-5-12 09:07
那可能是CP2K版本不同，不同版本有可能输出文件格式不太一样。的确只能用来GEO_OPT和CELL_OPT。话说MD也 ...

那么，请问你用的是哪个版本的 CP2K 呢？
另外，不是说 MD 不用监控，而是这个脚本没有检测出除了结构优化、晶胞优化以外的任务类型，不能起到区分任务的作用。

ma455173220

乐平 发表于 2022-5-12 22:36
那么，请问你用的是哪个版本的 CP2K 呢？
另外，不是说 MD 不用监控，而是这个脚本没有检测出除了结构优 ...

我是从8.1开始用的CP2K，用过8.1，8.2，和9.1。其他的版本我就没有用过了。

乐平

ma455173220 发表于 2022-5-13 02:06
我是从8.1开始用的CP2K，用过8.1，8.2，和9.1。其他的版本我就没有用过了。

我测试的是 8.1， 9.1 两个版本

ma455173220

乐平 发表于 2022-5-13 11:10
我测试的是 8.1， 9.1 两个版本

好吧...这我倒是没注意  小改了一下，这回应该没问题了

乐平

本来想用正则表达式来重写一个脚本，结果发现 CP2K 的作者为了图省事，居然对不同参数在不收敛时的用了一样的表达式

1. --------  Informations at step =     1 ------------
   
2.   Optimization Method        =                 BFGS
   
3.   Total Energy               =       -38.1902526812
   
4.   Internal Pressure [bar]    =    130282.9515280122
   
5.   Real energy change         =        -0.0038006776
   
6.   Predicted change in energy =        -0.0021074907
   
7.   Scaling factor             =         0.0000000000
   
8.   Step size                  =         0.0374832738
   
9.   Trust radius               =         0.3779452266
   
10.   Decrease in energy         =                  YES
    
11.   Used time                  =                2.985
    
12. 
    
13.   Convergence check :
    
14.   Max. step size             =         0.0374832738
    
15.   Conv. limit for step size  =         0.0030000000
    
16.   Convergence in step size   =                   NO
    
17.   RMS step size              =         0.0118532434
    
18.   Conv. limit for RMS step   =         0.0015000000
    
19.   Convergence in RMS step    =                   NO
    
20.   Max. gradient              =         0.0301687411
    
21.   Conv. limit for gradients  =         0.0004500000
    
22.   Conv. for gradients        =                   NO   <---------
    
23.   RMS gradient               =         0.0095401865
    
24.   Conv. limit for RMS grad.  =         0.0003000000
    
25.   Conv. for gradients        =                   NO  <---------
    
26.   Pressure Deviation [bar]   =    130281.9382780122
    
27.   Pressure Tolerance [bar]   =       100.0000000000
    
28.   Conv. for  PRESSURE        =                   NO
    
29. ---------------------------------------------------

复制代码

例如上面箭头所指的最大受力（Max. gradient）和均方根受力（RMS gradient）的判断收敛结果都用同样的 Conv. for gradients = NO 来表示不收敛


而当上述两个量都收敛后，才用不同的文字标注

1. --------  Informations at step =     4 ------------
   
2.   Optimization Method        =                 BFGS
   
3.   Total Energy               =       -38.1977587610
   
4.   Internal Pressure [bar]    =         7.6735903854
   
5.   Real energy change         =        -0.0000004195
   
6.   Predicted change in energy =        -0.0000003919
   
7.   Scaling factor             =         0.0000000000
   
8.   Step size                  =         0.0012617425
   
9.   Trust radius               =         0.3779452266
   
10.   Decrease in energy         =                  YES
    
11.   Used time                  =                3.140
    
12. 
    
13.   Convergence check :
    
14.   Max. step size             =         0.0012617425
    
15.   Conv. limit for step size  =         0.0030000000
    
16.   Convergence in step size   =                  YES
    
17.   RMS step size              =         0.0003989840
    
18.   Conv. limit for RMS step   =         0.0015000000
    
19.   Convergence in RMS step    =                  YES
    
20.   Max. gradient              =         0.0000016300
    
21.   Conv. limit for gradients  =         0.0004500000
    
22.   Conv. in gradients         =                  YES    <---------------
    
23.   RMS gradient               =         0.0000005138
    
24.   Conv. limit for RMS grad.  =         0.0003000000
    
25.   Conv. in RMS gradients     =                  YES  <---------------
    
26.   Pressure Deviation [bar]   =         6.6603403854
    
27.   Pressure Tolerance [bar]   =       100.0000000000
    
28.   Conv. for  PRESSURE        =                  YES
    
29. ---------------------------------------------------

复制代码

这样就没法用正则表达式来正确匹配了，总会在一开始漏掉均方根受力的收敛情况……
得想更好的办法来做。有意思。

PoorChaos

脚本要怎么运行阿大佬们

ma455173220

PoorChaos 发表于 2022-6-3 22:42
脚本要怎么运行阿大佬们

在终端直接运行“python3 cp2k-output-analyse.py cp2k.out”就可以

PoorChaos

ma455173220 发表于 2022-6-10 10:54
在终端直接运行“python3 cp2k-output-analyse.py cp2k.out”就可以

解决了，谢谢啦

thor

同6楼报错

预想

您好，请问出现这种报错是什么原因呢？之前一直很好用

乐平

预想 发表于 2023-6-23 09:55
您好，请问出现这种报错是什么原因呢？之前一直很好用

报错信息（倒数第四行）写得很清楚啊，没有找到 Qt 平台的 xcb 插件

预想

乐平 发表于 2023-6-23 10:09
报错信息（倒数第四行）写得很清楚啊，没有找到 Qt 平台的 xcb 插件

谢谢~

thor

我用这个脚本也是报错UnboundLocalError: local variable 'MAX_D' referenced before assignment，cp2k版本为2024.1，楼主可以测试下吗？

ma455173220

thor 发表于 2024-5-6 11:00
我用这个脚本也是报错UnboundLocalError: local variable 'MAX_D' referenced before assignment，cp2k版本 ...

我跑了一下你的输入文件，运行脚本没有问题（见附件）。话说这个脚本是用来处理输出文件的cp2k.out，而不是输入文件cp2k.inp。你是不是选错了