计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
楼主 Author: abin
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[CP2K] cp2k全家桶 一键安装 不挑系统

[复制链接 Copy URL]

2425

帖子

1

威望

6196

eV
积分
8641

Level 6 (一方通行)

16#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-5-12 18:43:31 | 只看该作者 Only view this author
我提供的版本, 测试速度大概也如此.
的确是比7.1快一些的. 我是老旧的v3 36核心机器, 大约17分钟不到.

另, 当前dev, 报告的版本是10.0, 非9.2后者9.1.X.
High-Performance Computing for You
为您专属定制的高性能计算解决方案

更多讯息,请访问:
https://labitc.top
http://tophpc.top:8080
电邮: ask@hpc4you.top

11

帖子

0

威望

613

eV
积分
624

Level 4 (黑子)

17#
发表于 Post on 2022-5-15 22:04:22 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 Hanio 于 2022-5-15 22:08 编辑

官方给的docker方式也挺适合初学者上手自用的~
The only prerequisite is to install Docker.

在单人服务器上用的话,docker感觉还是挺省事的;用在超算或者集群上的话,可能还是singularity更方便一些。

官方目前提供的镜像只有psmp版本的镜像,测试了一下,还是OK的;如果不想根据dockerfile自己build独家镜像的话,直接用dockerhub上的cp2k/cp2k镜像就OK

(由于众所周知的原因,从dockerhub需要一些科学精神才能够流畅使用;有些科学软件可能无法代理shell的流量,目前来说比较稳妥的办法是架一个软路由来进行透明代理。

下面是test的结果。

  1. $ docker run --rm -it --shm-size=1g cp2k/cp2k /bin/bash
  2. ## 因为只运行一次,所以这里在官方的基础上加了--rm参数
  3. # cd /opt/cp2k
  4. ## 进入容器内cp2k的安装目录
  5. # make -j 64 ARCH=psmp VERSION=psmp test
复制代码
  1. ----------------------------- Settings ---------------------------------
  2. MPI ranks:      2
  3. OpenMP threads: 2
  4. GPU devices:    0
  5. Workers:        32
  6. Timeout [s]:    400
  7. Work base dir:  /opt/cp2k/regtesting/TEST-local-psmp-2022-05-15_12-43-00
  8. MPI exec:       ['mpiexec']
  9. Keepalive:      False
  10. Debug:          False
  11. ARCH:           local
  12. VERSION:        psmp
  13. Flags:          omp,libint,fftw3,libxc,pexsi,elpa,parallel,mpi3,scalapack,cosma,quip,smm_dnn,smm,xsmm,plumed2,spglib,sirius,libvori,libbqb
  14. ------------------------------------------------------------------------

  15. ------------------------------- Summary --------------------------------
  16. Number of FAILED  tests 0
  17. Number of WRONG   tests 0
  18. Number of CORRECT tests 3694
  19. Total number of   tests 3694

  20. Summary: correct: 3694 / 3694; 8min
  21. Status: OK

  22. *************************** Testing ended ******************************
复制代码





254

帖子

0

威望

1143

eV
积分
1397

Level 4 (黑子)

18#
发表于 Post on 2022-5-17 11:38:47 | 只看该作者 Only view this author
gog 发表于 2022-5-12 16:19
该是开发版本吧。dev版本

可以,我有空也试试
努力挖掘科学的本质

358

帖子

0

威望

2307

eV
积分
2665

Level 5 (御坂)

19#
发表于 Post on 2022-5-19 19:42:18 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 gog 于 2022-5-19 19:43 编辑
Penson 发表于 2022-5-17 11:38
可以,我有空也试试

开发版功能多,但容易跳坑里。遇到问题,要即时到GitHub反馈给开发组。不然的话,问题没解决方法,若非自己编程技术很厉害。

评分 Rate

参与人数
Participants 1
eV +1 收起 理由
Reason
Penson + 1 谢谢

查看全部评分 View all ratings

105

帖子

2

威望

1874

eV
积分
2019

Level 5 (御坂)

20#
发表于 Post on 2022-6-7 15:23:55 | 只看该作者 Only view this author
gog 发表于 2022-5-12 08:39
最新版CP2K测试,56核心,3728个测试例子,28分钟提升到11分钟。这速度。
https://www.bilibili.com/read/ ...

10.0版本,16个核心,17分钟跑完3657个例子
分子模拟玩家

358

帖子

0

威望

2307

eV
积分
2665

Level 5 (御坂)

21#
发表于 Post on 2022-6-11 07:35:19 | 只看该作者 Only view this author
Acee 发表于 2022-6-7 15:23
10.0版本,16个核心,17分钟跑完3657个例子

看着测试例子,功能还是差了点,少了些算例测试,71个例子。不过该是够用了。

5

帖子

0

威望

301

eV
积分
306

Level 3 能力者

22#
发表于 Post on 2022-7-5 09:12:50 | 只看该作者 Only view this author
xzysooyoung 发表于 2022-4-26 16:05
楼主您好!请问按照您的步骤,在执行./cp2k-v9.1.exe时,出现了如下报错。
[cp2k@bogon cp2k]$ ./cp2k-v9. ...

因为官方sif镜像没有写环境变量,/.singularity.d/env/91-environment.sh

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-19 06:46 , Processed in 0.268132 second(s), 21 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list