求助，高斯涉及自由基反应的过渡态寻找问题

三只科研鼠

把你输入文件发一下

quantumlink

输入文件如下 不知道是哪里出了问题，，

Somnus荣小荣

quantumlink 发表于 2022-5-8 14:58
谢谢同学解答 但是不知道为什么 跑出来的反应物和产物是-OH连到苯环左右的 我再尝试其他方法找找资料看看

想请教一下，您的问题解决了吗，最近遇到了类似的问题

quantumlink

Somnus荣小荣 发表于 2023-2-2 15:06
想请教一下，您的问题解决了吗，最近遇到了类似的问题

没有解决，最后还是没有算出来合适的过渡态

zhangxiance

quantumlink 发表于 2023-4-13 20:42
没有解决，最后还是没有算出来合适的过渡态

我在做含正碳离子氢转移过程也遇到这个问题，正碳离子总是往苯环碳上跑

wjc404

在描述可能机理的第一幅图中，强行区分Path-B和Path-C，看上去有些牵强。在水溶液中胍基上的质子在（连着苯环的）两个N原子之间迁移应该不难，右边的酰胺基团也可以旋转，两条路径在实验上恐怕不好区分。

至于TS3的结构，可能的构象比较多，由进攻羟基和苯环碳组成的H-O-C-C二面角可以取三种，和羟基自由基形成氢键的溶剂水分子也有各种朝向。如果要计算反应速率，需要全面考虑。

下面给出的过渡态结构是将有机分子右侧的酰胺基团拿掉后的TS3的一种结构，是在M06-2X-D3/def-TZVP下优化的（使用IEEPCM隐式溶剂模型），用它做IRC可以得到一条正常的羟基进攻苯环的路径。

1. C                 -0.71606200   -1.75167500   -1.05822800
   
2. C                 -1.38084000   -0.49761800   -1.15945500
   
3. C                 -0.69624700    0.70790700   -0.95237000
   
4. C                  0.62348000    0.60757500   -0.54717100
   
5. C                  1.27446100   -0.63313500   -0.39989200
   
6. C                  0.59390200   -1.83447900   -0.66332800
   
7. H                 -1.28098700   -2.64990700   -1.26779100
   
8. H                 -2.37767400   -0.46716800   -1.57759100
   
9. H                 -1.20283700    1.65718500   -1.06315400
   
10. H                  1.10428900   -2.78374600   -0.56263500
    
11. N                  1.56305000    1.54953900   -0.18173500
    
12. C                  2.68590700    0.87419800    0.14360200
    
13. H                  1.44116100    2.56840500   -0.17994600
    
14. H                  3.58274900    1.38354200    0.46018600
    
15. N                  2.56360500   -0.43089300    0.03080200
    
16. O                  4.09981300   -2.81169400    0.30473700
    
17. H                  3.63890600   -1.95096200    0.24135300
    
18. H                  4.20446100   -3.10352500   -0.60517900
    
19. O                  1.03698000    4.32178400   -0.20433300
    
20. H                  1.04075600    4.84548300    0.60373000
    
21. H                  1.37431200    4.90294400   -0.89400700
    
22. O                 -2.30643300   -0.42457000    0.84708200
    
23. H                 -2.80844400    0.38248100    0.60070400
    
24. O                 -3.66594700   -2.76534700    0.19028400
    
25. H                 -3.10774200   -3.48905100    0.48823600
    
26. H                 -3.18433000   -1.95285900    0.44118100
    
27. O                 -3.63362400    1.84556000   -0.14213400
    
28. H                 -3.55390700    2.69745100    0.30018500
    
29. H                 -4.56171700    1.76921200   -0.38796900
    
30. O                 -0.15212400    0.16611400    2.53406100
    
31. H                  0.33485500    0.89887000    2.14521300
    
32. H                 -0.86736800   -0.03028300    1.89749700

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