求助，高斯涉及自由基反应的过渡态寻找问题

quantumlink

问题如下，我想试着构建一个污染物分子，按下图文献中一样，计算出类似于TS3的过渡态   
设置了过渡态的自旋多重度为2 对其进行TS计算 关键词如下#p opt=(calcfc,ts,noeigen) freq ub3lyp/6-31g(d) empiricaldispersion=gd3bj 看唯一一个虚频的震动方向 确实是·OH加到苯环上去

但是对过渡态进行IRC计算的时候发现其产物和反应物都是-OH连在了苯环上，设置自旋多重度为2，关键词如下 #p ub3lyp/6-31g(d) irc(calcfc,lqa,Maxpoints=100) empiricaldispersion=gd3bj
IRC图如下




想问问大家
1.构建出的过渡态算是成功了吗？如果不成功该如何进行改进呢？
2.优化IRC跑出来的反应物并不能回到最开始时 污染物分子与·OH是分开的状态 如何解决啊？
3.这种涉及自由基的体系反应有什么小白需要特别注意的事项吗？

翻了论坛上大家的讨论 好像没有提到这种问题的（可能是太小白了，也有可能是我还没找到） 刚入门不久实在不知道是为什么以及该如何做 恳请大家帮忙解答

妙角不脆

这样的过渡态肯定是失败了，因为这等于IRC没跑出来。
IRC的关键词可以直接用readfc读过渡态的文件，这样就省去calcfc了，同时直接用guess=allcheck直接读波函数和几何构型。
这样试试或许能跑出来。

北大-陶豫

我看你没有加溶剂化，或许应该加溶剂化然后再试试？

zjxitcc

北大-陶豫 发表于 2022-5-5 12:32
我看你没有加溶剂化，或许应该加溶剂化然后再试试？

用“考虑隐式溶剂模型”比“加溶剂化”更恰当一些

scf

文献的supoorting information里有过渡态的坐标吗? 用文献中的坐标看虚频和irc是什么样子的, 构建出来的污染物分子如果结构类似,过渡态的虚频,irc应该也是类似的

yuyangzap

IRC把stepsize设置成30或者更大，重新跑

quantumlink

妙角不脆 发表于 2022-5-5 11:16
这样的过渡态肯定是失败了，因为这等于IRC没跑出来。
IRC的关键词可以直接用readfc读过渡态的文件，这样就 ...

嗯嗯嗯好的 谢谢建议 我再试试

quantumlink

北大-陶豫 发表于 2022-5-5 12:32
我看你没有加溶剂化，或许应该加溶剂化然后再试试？

谢谢建议 但是因为反应就是在水中发生 所以就没有加溶剂的设定

quantumlink

zjxitcc 发表于 2022-5-5 12:46
用“考虑隐式溶剂模型”比“加溶剂化”更恰当一些

嗯嗯好的 谢谢提醒 我加上再算算试试

wzkchem5

quantumlink 发表于 2022-5-5 07:26
谢谢建议 但是因为反应就是在水中发生 所以就没有加溶剂的设定

正因为反应在水里发生，所以要加溶剂化并且把溶剂设为水。不知道你这个因为所以是怎么来的

quantumlink

wzkchem5 发表于 2022-5-5 14:57
正因为反应在水里发生，所以要加溶剂化并且把溶剂设为水。不知道你这个因为所以是怎么来的

不好意思 我刚才以为不用设是因为默认就是水 刚去查了一下才发现自己错的离谱

quantumlink

北大-陶豫 发表于 2022-5-5 12:32
我看你没有加溶剂化，或许应该加溶剂化然后再试试？

这两天用IEFPCM模型设置水为溶剂后 重新找过渡态 再计算IRC后 还是一样的IRC图  

quantumlink

yuyangzap 发表于 2022-5-5 13:57
IRC把stepsize设置成30或者更大，重新跑

试了之后好像不太行 设置成30后跑出来的还是类似的形式
还有啥建议吗同学

dnlx

关于你的第三个问题：这个反应机理符合教科书上的定义，自由基在双键上加成，是beta断裂的逆反应，所以产物应该是OH直接连到苯环上，而苯环的邻位出现自由基。所以这个过渡态理论上没问题。

quantumlink

dnlx 发表于 2022-5-7 20:34
关于你的第三个问题：这个反应机理符合教科书上的定义，自由基在双键上加成，是beta断裂的逆反应，所以产物 ...

谢谢同学解答 但是不知道为什么 跑出来的反应物和产物是-OH连到苯环左右的 我再尝试其他方法找找资料看看