求助，高斯涉及自由基反应的过渡态寻找问题

quantumlink · 发表于 Post on 2022-5-8 15:00:30

scf 发表于 2022-5-5 12:48
文献的supoorting information里有过渡态的坐标吗? 用文献中的坐标看虚频和irc是什么样子的, 构建出来的污 ...

谢谢提醒文献附录有坐标他的过渡态也是·OH在苯环上的C附近过渡态结构和我算出来的是类似的但是文献没有给IRC数据就不太知道是哪一步出了问题

dnlx · 发表于 Post on 2022-5-8 20:10:49

quantumlink 发表于 2022-5-8 14:58
谢谢同学解答但是不知道为什么跑出来的反应物和产物是-OH连到苯环左右的我再尝试其他方法找找资料看看

你能确定IRC两端是同一种分子？能量看起来稍有差别，是不是环上有一个氢移动位置了，也就是说，这个过渡态是氢转移的过渡态？

quantumlink · 发表于 Post on 2022-5-9 09:31:02

dnlx 发表于 2022-5-8 20:10
你能确定IRC两端是同一种分子？能量看起来稍有差别，是不是环上有一个氢移动位置了，也就是说，这个过渡 ...

两端不是同一个分子结构而是·OH分别连到了一个环相邻的两个C上但是我要找的只是·OH加成到环上其中一个C的过渡态跑出来的IRC就很奇怪

exity · 发表于 Post on 2022-5-9 10:06:03

苯环加成反应？
确定不是提氢后再接上去？

yuyangzap · 发表于 Post on 2022-5-9 10:11:13

http://bbs.keinsci.com/thread-7736-1-1.html
看这里，sob讲过IRC跑出来两边相同怎么办

chands · 发表于 Post on 2022-5-9 10:11:56

exity 发表于 2022-5-9 10:06
苯环加成反应？
确定不是提氢后再接上去？

由于苯环电子密度大，可以先加OH（生成自由基）再脱氢。

dnlx · 发表于 Post on 2022-5-9 10:16:02

quantumlink 发表于 2022-5-9 09:31
两端不是同一个分子结构而是·OH分别连到了一个环相邻的两个C上但是我要找的只是·OH加成到环上其中一 ...

说明过渡态找错了，是个OH在苯环上转移的过渡态。如果用ORCA，可以用NEB-TS或者柔性扫描来寻找。

exity · 发表于 Post on 2022-5-9 10:35:16

chands 发表于 2022-5-9 10:11
由于苯环电子密度大，可以先加OH（生成自由基）再脱氢。

我遇到过一些是先提氢，形成碳自由基后和第二个羟基自由基再加成。

chands · 发表于 Post on 2022-5-9 10:42:52

exity 发表于 2022-5-9 10:35
我遇到过一些是先提氢，形成碳自由基后和第二个羟基自由基再加成。

严重同意，有一些两种都有，有一些以其中一种为主。

KangJiaxin · 发表于 Post on 2022-5-9 10:54:35

计算结果能分享一下吗？我也想试试

quantumlink · 发表于 Post on 2022-5-9 14:47:06

KangJiaxin 发表于 2022-5-9 10:54
计算结果能分享一下吗？我也想试试

当然可以这是我结构优化好的污染物分子是想用TS算·OH加到C10上的过渡态但是加上溶剂效应后到现在都没找到一个看起来有点像的过渡态

quantumlink · 发表于 Post on 2022-5-10 20:17:33

本帖最后由 quantumlink 于 2022-5-10 20:19 编辑

quantumlink 发表于 2022-5-9 14:47
当然可以这是我结构优化好的污染物分子是想用TS算·OH加到C10上的过渡态但是加上溶剂效应后到现在都 ...

找到了一个看起来有点像的过渡态但是一跑IRC又是老样子 ·OH从一个C跑到另一个C上可能文件大小限制我上传不了out文件

dnlx · 发表于 Post on 2022-5-10 21:05:49

quantumlink 发表于 2022-5-10 20:17
找到了一个看起来有点像的过渡态但是一跑IRC又是老样子 ·OH从一个C跑到另一个C上可能文件大小限制我 ...

说明摆的初猜结构不对。建议去掉酰胺基团，柔性扫描之后寻找。如果还找不到，可以试ORCA的NEB-TS。

dnlx · 发表于 Post on 2022-5-17 13:58:38

本帖最后由 dnlx 于 2022-5-26 10:20 编辑

quantumlink 发表于 2022-5-10 20:17
找到了一个看起来有点像的过渡态但是一跑IRC又是老样子 ·OH从一个C跑到另一个C上可能文件大小限制我 ...

碰到了和这位同学类似的问题：乙基正离子在苯环上加成，从柔性扫描的最高点开始优化，得到的过渡态就是乙基在苯环相邻两个碳原子上面转移的过渡态。乙基自由基加成则没有这个问题。现在只好用NEB-TS。希望其后优化的时候不会roaming跑掉。
补充：柔性扫描发现这个反应没有过渡态。另见http://bbs.keinsci.com/thread-29756-1-1.html

quantumlink · 发表于 Post on 2022-6-1 17:29:30

dnlx 发表于 2022-5-17 13:58
碰到了和这位同学类似的问题：乙基正离子在苯环上加成，从柔性扫描的最高点开始优化，得到的过渡态就是乙 ...

谢谢这位同学的分享之前把这个问题给搁置了最近查了一些这个污染物的降解产物分析发现应该确实是有·OH在这个位置上的加成的最后再尝试一下别的方法看看如果确实找不出来那就是过渡态可能确实不存在

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