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[GROMACS] 询问一下AMBER14SB下模拟效果好的力场包

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本帖最后由 uenh1998 于 2022-5-6 21:09 编辑

老师们好,我想求助一个AMBER14SB下模拟效果很好的力场包,进入社长的帖子http://bbs.keinsci.com/thread-15094-1-1.html 里下载第三个力场时,显示页面不存在,也可能随着时间更新,力场会有更好一点的。特在此求助一下各位老师一份该力场下模拟效果好的力场包文件!谢谢各位老师!

另外,请问社长,培训ppt里提到的OL15与parmbsc1都是AMBER14SB力场的吧。模拟蛋白和带正电配体,效果也都不错吧?如果是的话,就不用求助大家了,培训有给。。。谢谢大家!
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发表于 Post on 2022-5-7 10:54:17 | 只看该作者 Only view this author
http://bbs.keinsci.com/thread-15094-1-1.html      看第11和12楼。

培训给的那个parmbsc1挺好的。在amber19sb的包出来之前,它还是我的首选
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-5-7 13:58:59 | 只看该作者 Only view this author
牧生 发表于 2022-5-7 10:54
http://bbs.keinsci.com/thread-15094-1-1.html      看第11和12楼。

培训给的那个parmbsc1挺好的。在am ...

这链接你打开没问题吧?我这貌似用Google还是显示找不到页面
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发表于 Post on 2022-5-7 14:59:32 | 只看该作者 Only view this author
uenh1998 发表于 2022-5-7 13:58
这链接你打开没问题吧?我这貌似用Google还是显示找不到页面

链接已经失效。gmx的论坛上也有人在抱怨这个问题
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-5-7 17:17:16 | 只看该作者 Only view this author
牧生 发表于 2022-5-7 14:59
链接已经失效。gmx的论坛上也有人在抱怨这个问题

emm..太难了,谢谢你的分享!
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发表于 Post on 2022-5-7 20:34:27 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 HZW 于 2022-5-8 08:47 编辑

amber14SB是用于蛋白模拟的Amber力场;而Parmbsc1和OL15是适用于核酸模拟的力场,尤其是DNA,目前Amber官方是建议模拟DNA用OL15,模拟RNA用OL3。如果你要使用Amber力场的14SB和19SB,直接自己用anaconda3安装一个预编译好的AmberTools,然后利用它准备体系的力场文件,再用acpype转换成gmx格式即可。

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发表于 Post on 2022-5-8 10:12:04 | 只看该作者 Only view this author
北京科音分子动力学与GROMACS培训班里给的GROMACS的AMBER14SB力场包就是那个页面里的,根本不用自己下。也不需要借助AmberTools折腾
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-5-8 20:11:00 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 uenh1998 于 2022-5-8 20:12 编辑
sobereva 发表于 2022-5-8 10:12
我培训里给的GROMACS的AMBER14SB力场包就是那个页面里的,根本不用自己下。也不需要借助AmberTools折腾

谢谢社长,这两个力场包哪个更适合模拟酶蛋白-底物复合物呢,底物带1正电荷。

1.jpg (22.07 KB, 下载次数 Times of downloads: 37)

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发表于 Post on 2022-5-9 00:21:03 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-5-8 10:12
我培训里给的GROMACS的AMBER14SB力场包就是那个页面里的,根本不用自己下。也不需要借助AmberTools折腾

老师,请问一下我直接用amber14sb_parmbsc1这个包当蛋白-配体的蛋白力场是可以的吧?我看楼上说parmbsc1主要用于核酸

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发表于 Post on 2022-5-9 09:32:33 | 只看该作者 Only view this author
牧生 发表于 2022-5-7 10:54
http://bbs.keinsci.com/thread-15094-1-1.html      看第11和12楼。

培训给的那个parmbsc1挺好的。在am ...

老师你好!请问培训给的parmbsc1里包括了蛋白质力场吧?我把这个包用在蛋白质模拟是可以的吧?因为我看楼下说,parmbsc1是用于核酸的。

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发表于 Post on 2022-5-9 12:01:52 | 只看该作者 Only view this author
aeroblues 发表于 2022-5-9 00:21
老师,请问一下我直接用amber14sb_parmbsc1这个包当蛋白-配体的蛋白力场是可以的吧?我看楼上说parmbsc1 ...

amber14sb_parmbsc1用于蛋白质模拟显然就是AMBER14SB
搞清楚蛋白质力场版本和核酸方面参数的补丁之间的关系
北京科音分子动力学与GROMACS培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html)里讲分子力场中的AMBER力场部分对此讲得极其清楚,注意复习讲义

这哪里有什么歧义


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发表于 Post on 2022-5-9 12:39:15 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-5-9 12:01
amber14sb_parmbsc1用于蛋白质模拟显然就是AMBER14SB
搞清楚蛋白质力场版本和核酸方面参数的补丁之间的 ...

谢谢老师!

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sobereva 发表于 2022-5-9 12:01
amber14sb_parmbsc1用于蛋白质模拟显然就是AMBER14SB
搞清楚蛋白质力场版本和核酸方面参数的补丁之间的 ...

请问下amber19sb和amber14这些力场形式是一样的不?我网上有看到gromacs可用的amber19sb.ff,也查看了区别主要就是在amber14sb_parmbsc1基础上给每一个氨基酸残基库增加了一个[ cmap ]项。如果正确的话那就说明直接可以用了

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lyj714 发表于 2022-5-9 14:00
请问下amber19sb和amber14这些力场形式是一样的不?我网上有看到gromacs可用的amber19sb.ff,也查看了区 ...

形式的差异就是在于AMBER19SB加入了cmap项,拟合蛋白质骨架参数的时候(phi,psi)做二维扫描,因而考虑了它们的耦合。估计你看到的那个能用
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发表于 Post on 2022-9-25 11:25:54 | 只看该作者 Only view this author
lyj714 发表于 2022-5-9 14:00
请问下amber19sb和amber14这些力场形式是一样的不?我网上有看到gromacs可用的amber19sb.ff,也查看了区 ...

能否提供一下19sb.ff的下载连接?谢谢

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