关于GV中分子的对称性问题

好多于 · 发表于 Post on 2022-5-7 14:04:46

本帖最后由好多于于 2022-5-7 21:14 编辑

我拿了卢老师优化出来的24环碳的坐标，自己换了泛函，又进行了进一步的优化。卢老师在SI里说这个分子是D12h，可我只能优化出D6d，这是什么原因啊。

结构已附上

chands · 发表于 Post on 2022-5-7 14:48:01

GV经常搞错对称性，据说是判断标准太严。建议用shermo检查一遍。

好多于 · 发表于 Post on 2022-5-7 14:53:27

chands 发表于 2022-5-7 14:48
GV经常搞错对称性，据说是判断标准太严。建议用shermo检查一遍。

去哪里下载呢，没用过之前

chands · 发表于 Post on 2022-5-7 14:57:28

好多于发表于 2022-5-7 14:53
去哪里下载呢，没用过之前

http://sobereva.com/soft/shermo/
用你优化的out或log文件拖进Shermo就行。

好多于 · 发表于 Post on 2022-5-7 15:02:33

chands 发表于 2022-5-7 14:57
http://sobereva.com/soft/shermo/
用你优化的out或log文件拖进Shermo就行。

好的，多谢！

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-5-7 15:03:08

好多于发表于 2022-5-7 07:53
去哪里下载呢，没用过之前

也可以把GV里的判断对称性的阈值设松，Edit菜单->Point Group

好多于 · 发表于 Post on 2022-5-7 15:13:48

wzkchem5 发表于 2022-5-7 15:03
也可以把GV里的判断对称性的阈值设松，Edit菜单->Point Group

谢谢老师回复，设置松了还是不行，最高到D8h。另外，Dinfh是什么意思？

chands · 发表于 Post on 2022-5-7 15:17:58

本帖最后由 chands 于 2022-5-7 15:21 编辑

wzkchem5 发表于 2022-5-7 15:03
也可以把GV里的判断对称性的阈值设松，Edit菜单->Point Group

怎么操作，直接勾enable point group symmetry再优化吗，优化好的文件改不了了（比如熵就不能重算）。有一次Gaussian居然把我的H2O判成Cs。从此多了个心眼。

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-5-7 15:52:53

chands 发表于 2022-5-7 08:17
怎么操作，直接勾enable point group symmetry再优化吗，优化好的文件改不了了（比如熵就不能重算）。有 ...

把tolerance提高，直到识别出正确的点群为止，然后点symmetrize，这样会把分子进行对称化，变成严格符合这个点群。然后另存为成gjf，重算。
如果只是要重算转动熵的话，可能最快的方法还是手算。

chands · 发表于 Post on 2022-5-7 15:56:12

wzkchem5 发表于 2022-5-7 15:52
把tolerance提高，直到识别出正确的点群为止，然后点symmetrize，这样会把分子进行对称化，变成严格符合 ...

谢谢

chands · 发表于 Post on 2022-5-7 16:05:29

我拿你的结构做了个振动分析，能给出D12h

好多于 · 发表于 Post on 2022-5-7 16:31:15

chands 发表于 2022-5-7 16:05
我拿你的结构做了个振动分析，能给出D12h

优化的输出文件不是D12h，用这个算频率能算出D12h么，这合理嘛

好多于 · 发表于 Post on 2022-5-7 16:37:04

chands 发表于 2022-5-7 16:05
我拿你的结构做了个振动分析，能给出D12h

我知道了，我的opt.log文件在GV中Tools > Point Group里看是D6d，但是在Results > Summary里是D12h，为啥这俩不一样呢

chands · 发表于 Post on 2022-5-7 16:38:18

本帖最后由 chands 于 2022-5-7 16:39 编辑

好多于发表于 2022-5-7 16:31
优化的输出文件不是D12h，用这个算频率能算出D12h么，这合理嘛

你的gif是初始没优化的？那就不合理。你传一个优化的log看看，现在我这里在GV报D12h, Shermo报C1，看来要找社长。

好多于 · 发表于 Post on 2022-5-7 16:42:53

chands 发表于 2022-5-7 16:38
你的gif是初始没优化的？那就不合理。你传一个优化的log看看，现在我这里在GV报D12h, Shermo报C1，看来要 ...

我上传的gif，是优化后保存出来的

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[Gaussian/gview] 关于GV中分子的对称性问题