关于GV中分子的对称性问题

好多于 · 发表于 Post on 2022-5-7 16:43:59

chands 发表于 2022-5-7 16:38
你的gif是初始没优化的？那就不合理。你传一个优化的log看看，现在我这里在GV报D12h, Shermo报C1，看来要 ...

另外，因为要扫描，关键词我加了nosymm，

snljty · 发表于 Post on 2022-5-7 16:50:50

你先在输出文件里搜Full point group，看Gaussian计算时候判断的是什么点群。

chands · 发表于 Post on 2022-5-7 19:09:08

本帖最后由 chands 于 2022-5-7 19:32 编辑

社长过来瞄一下，@sobereva 我做[24]碳环的振动分析，结构是优化好的，Gaussian报D12h, Shermo报C1，我没设PGlabel，是Shermo自己判断的。

好多于 · 发表于 Post on 2022-5-7 19:58:55

snljty 发表于 2022-5-7 16:50
你先在输出文件里搜Full point group，看Gaussian计算时候判断的是什么点群。

第一步是D12H，最后一步是D4H

granvia · 发表于 Post on 2022-5-7 23:58:56

本帖最后由 granvia 于 2022-5-8 00:00 编辑

Gview的bug，对称性最高只能识别到8重轴好像。应该看out文件里的输出点群

sobereva · 发表于 Post on 2022-5-8 09:42:35

很高阶旋转群的情况，大多数程序没法正确识别点群。应当根据当前结构和点群的常识自己人为判断。对于大尺寸碳环的研究我都是这么做的。用Shermo的时候也应当手动指定点群。

Daniel_Arndt · 发表于 Post on 2022-5-8 09:55:56

我有次算个符合D3h点群的分子，要么使用直角坐标，关键词里加“symmetry=loose”，要么就得手动写z-matrix，而且写z-matrix的时候要用B1、D1这类东西，然后输入文件的末尾写上“B1=”（后面是距离）、“D1=”（后面是角度）。

好多于 · 发表于 Post on 2022-5-8 14:36:11

granvia 发表于 2022-5-7 23:58
Gview的bug，对称性最高只能识别到8重轴好像。应该看out文件里的输出点群

感谢回答

好多于 · 发表于 Post on 2022-5-8 14:36:28

Daniel_Arndt 发表于 2022-5-8 09:55
我有次算个符合D3h点群的分子，要么使用直角坐标，关键词里加“symmetry=loose”，要么就得手动写z-matrix ...

好的我试试

好多于 · 发表于 Post on 2022-5-8 14:37:26

sobereva 发表于 2022-5-8 09:42
很高阶旋转群的情况，大多数程序没法正确识别点群。应当根据当前结构和点群的常识自己人为判断。对于大尺寸 ...

好的老师，有没有关于shermo设置对称性的帖子呀，因为我目前还没用过shermo

好多于 · 发表于 Post on 2022-5-8 14:41:33

sobereva 发表于 2022-5-8 09:42
很高阶旋转群的情况，大多数程序没法正确识别点群。应当根据当前结构和点群的常识自己人为判断。对于大尺寸 ...

主要是看log文件的时候，初始结构可以准确识别为D12H，后边一优化就成了D4H了

好多于 · 发表于 Post on 2022-5-8 14:42:15

sobereva 发表于 2022-5-8 09:42
很高阶旋转群的情况，大多数程序没法正确识别点群。应当根据当前结构和点群的常识自己人为判断。对于大尺寸 ...

是不是因为换了泛函呀

chands · 发表于 Post on 2022-5-8 23:01:21

好多于发表于 2022-5-8 14:42
是不是因为换了泛函呀

跟泛函没关系，对称性只用坐标就可以判断。

好多于 · 发表于 Post on 2022-5-9 11:17:35

chands 发表于 2022-5-8 23:01
跟泛函没关系，对称性只用坐标就可以判断。

好的蟹蟹。我用symmetry=loose得到了想要的对称性，但是在shermo里，对称性又降低了

sobereva · 发表于 Post on 2022-5-9 21:18:00

好多于发表于 2022-5-8 14:41
主要是看log文件的时候，初始结构可以准确识别为D12H，后边一优化就成了D4H了

纠结这个没意义
对于如此高阶旋转群，根本没必要优化过程中强求Gaussian始终判断出来真实的点群。而且是否判断出来对于优化结果并没什么影响

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