对有非标准残基的蛋白质做蛋白质-配体分子动力学

JohnCase

lisanoid 发表于 2022-5-29 18:40
3.构建rtp文件
    根据sobtop的FAQ5 ，rtp文件生成方法为：然后在Sobtop里载入模型分子的mol2文件，从chg ...

老师您好，请教一下这里选择了“4 Same as option 3, but missing ones are arbitrarily guessed”的话，就不需要让Sobtop基于Hessian算吧？

znjnancy

lisanoid 发表于 2022-5-27 15:19
这次研究的目标蛋白是PRKC  蛋白质pdbID：3IW4。从RCSB网站（https://www.rcsb.org/）下载结构，
  采 ...

请问你这个gaussian的L1报错最后如何解决的呢

clock1993

hongyi166_ 发表于 2022-9-11 19:48
大佬讲的很全面，我基本上同样的问题也都遇到了一遍，只不过我的加入rtp之后出现HIS拓扑文件的缺失，尝 ...

大佬您好，请问您的这个问题解决了吗？最后是怎么处理的？谢谢！

dayu8278

大佬好，你提到的李继存老师博文能不能分享下

Sam_

lisanoid 发表于 2022-6-27 20:25
分别是不含磷酸链nophos，含磷酸肽链withphos，以及配体分子的结构文件

删除磷酸链以后的蛋白肽链就没有这两个非标准残基了吧

BobXu

我也手搓了一个赖氨酸乳酰化的rtp和hdb文件，发现了一个大问题，就是在生成的rtp文件中，由于氢原子太多，我把HA， HB，HG，HD，HZ用到了赖氨酸上，但是乳酸上的氢原子不知道如何命名。后来发现生成的rtp文件中，氢原子全部是以H1，H2这样的数字标识的，我就按照赖氨酸的命名方式把rpt文件中的氢原子全部手动修改为HB1，HB2，HG1，HG2这种形式，在乳酸中的氢原子，我又重新定义了HL和HM来分别代表如乳酰羟基碳上的氢和甲基碳上的氢~~~~问了好多，都没回复，手动试一下，没想到成功了。还有一个，我是试了CHARM-GUI生成的文件，但是它生成的不对，无法跑MD，而且CHARM-GUI的乳酸化到最后都变成了LYN，并且报错。

SPHK1

liu840397562 发表于 2023-11-26 17:07
请问这步只能手动删除这些端基信息吗？ gromacs有无内置功能处理呢，我在网上搜索后没找到特别的答案，特 ...

目前看，手动删除是比较简单直接的方法了。你可以在封端时，把封端基团留到最后加入，这时生成的原子排序中。封端基团的原子也会在最下方，方便你找到和快速删除。

jxt

lisanoid 发表于 2022-5-27 15:19
这次研究的目标蛋白是PRKC  蛋白质pdbID：3IW4。从RCSB网站（https://www.rcsb.org/）下载结构，
  采 ...

现在来看最合适确是社长文献中的关键词，反而楼主的不那么合适

那年冬天风在吹

构建rtp文件指认amber原子类型出现 1 atoms do not have atom type currently

那年冬天风在吹

lisanoid 发表于 2022-6-27 20:21
10. 任务的结束和总结
10.1  针对9中的报错处理，与社长请教后，发现是力场问题：使用sobtop处理得到的拓 ...

我也遇到了，不知道为啥会出现这种“sobtop生成拓扑文件后，再用pdb2gmx生成蛋白质topol文件，会出现二面角functype出现两次的问题”

tptp

你好，我认为第三步不太合理。第三步的时候用sobtop“4 Same as option 3, but missing ones are arbitrarily guessed”，这样猜参数是不是不太合理？是否应该使用《使用Sobtop超级方便地创建二茂铁的GROMACS的拓扑文件》的方法来做？

tptp

你好，我认为第三步不太合理。第三步的时候用sobtop“4 Same as option 3, but missing ones are arbitrarily guessed”，这样猜参数是不是不太合理？是否应该使用《使用Sobtop超级方便地创建二茂铁的GROMACS的拓扑文件》的方法来做？