对有非标准残基的蛋白质做蛋白质-配体分子动力学

JohnCase · 发表于 Post on 2023-12-5 19:47:51

lisanoid 发表于 2022-5-29 18:40
3.构建rtp文件
根据sobtop的FAQ5 ，rtp文件生成方法为：然后在Sobtop里载入模型分子的mol2文件，从chg ...

老师您好，请教一下这里选择了“4 Same as option 3, but missing ones are arbitrarily guessed”的话，就不需要让Sobtop基于Hessian算吧？

znjnancy · 发表于 Post on 2023-12-8 18:15:30

lisanoid 发表于 2022-5-27 15:19
这次研究的目标蛋白是PRKC 蛋白质pdbID：3IW4。从RCSB网站（https://www.rcsb.org/）下载结构，
采 ...

请问你这个gaussian的L1报错最后如何解决的呢

clock1993 · 发表于 Post on 2024-2-4 11:11:44

hongyi166_ 发表于 2022-9-11 19:48
大佬讲的很全面，我基本上同样的问题也都遇到了一遍，只不过我的加入rtp之后出现HIS拓扑文件的缺失，尝 ...

大佬您好，请问您的这个问题解决了吗？最后是怎么处理的？谢谢！

dayu8278 · 发表于 Post on 2024-2-7 08:40:29

大佬好，你提到的李继存老师博文能不能分享下

Sam_ · 发表于 Post on 2024-3-11 20:14:12

lisanoid 发表于 2022-6-27 20:25
分别是不含磷酸链nophos，含磷酸肽链withphos，以及配体分子的结构文件

删除磷酸链以后的蛋白肽链就没有这两个非标准残基了吧

BobXu · 发表于 Post on 6 day ago

我也手搓了一个赖氨酸乳酰化的rtp和hdb文件，发现了一个大问题，就是在生成的rtp文件中，由于氢原子太多，我把HA， HB，HG，HD，HZ用到了赖氨酸上，但是乳酸上的氢原子不知道如何命名。后来发现生成的rtp文件中，氢原子全部是以H1，H2这样的数字标识的，我就按照赖氨酸的命名方式把rpt文件中的氢原子全部手动修改为HB1，HB2，HG1，HG2这种形式，在乳酸中的氢原子，我又重新定义了HL和HM来分别代表如乳酰羟基碳上的氢和甲基碳上的氢~~~~问了好多，都没回复，手动试一下，没想到成功了。还有一个，我是试了CHARM-GUI生成的文件，但是它生成的不对，无法跑MD，而且CHARM-GUI的乳酸化到最后都变成了LYN，并且报错。

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