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[GROMACS] N2/O2的TraPPE模型参数如何加到itp文件中

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发表于 Post on 2022-7-4 22:03:25 | 显示全部楼层 Show all |阅读模式 Reading model
本帖最后由 五月雨 于 2022-7-5 10:51 编辑

各位老师好,我打算使用GAGG力场模拟单乙醇胺在气相中的性质,因为主要考察胺的性质,所以就使用了GAFF力场。之前想着N2/O2也通过sobtop在GAFF或者基于Hessian矩阵计算分配力场参数。但是看到sob老师在以前的帖子上说N2/O2这种重要的小分子使用TraPPE模型参数比较好。但是TraPPE的itp文件不会编写。

1. 我只会根据第一张图片里的内容编写itp文件,给的TraPPE的参数实在看不懂。范德华参数是不是ε/kB [K]乘上理想气体摩尔常数8.314472J/(mol·K)?那力常数呢?

2. 还想请问老师,TraPPE的模型能不能和GAFF联用呢?

202207042152526109..png
TraPPE:
202207042151172901..png
202207042154433196..png

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发表于 Post on 2022-7-5 09:18:09 | 显示全部楼层 Show all
参考我写的EPM2的CO2的拓扑文件
CO2.itp (773 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 5)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-7-5 10:06:29 | 显示全部楼层 Show all
本帖最后由 五月雨 于 2022-7-5 19:44 编辑
sobereva 发表于 2022-7-5 09:18
参考我写的EPM2的CO2的拓扑文件

谢谢sob老师的回复。还想请问老师,TraPPE的参数是不是由于是刚性模型,所以没有键和角的力常数?我在编写TraPPE参数的itp文件时,把键和角都加一个约束是不是就可以了?这是我编写的,老师您看有没有问题。
202207051943166602..png

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发表于 Post on 2022-7-6 07:28:44 | 显示全部楼层 Show all
五月雨 发表于 2022-7-5 10:06
谢谢sob老师的回复。还想请问老师,TraPPE的参数是不是由于是刚性模型,所以没有键和角的力常数?我在编 ...


试一下,跑起来如果形态能维持就行
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