N2/O2的TraPPE模型参数如何加到itp文件中

五月雨 · 发表于 Post on 2022-7-4 22:03:25

本帖最后由五月雨于 2022-7-5 10:51 编辑

各位老师好，我打算使用GAGG力场模拟单乙醇胺在气相中的性质，因为主要考察胺的性质，所以就使用了GAFF力场。之前想着N2/O2也通过sobtop在GAFF或者基于Hessian矩阵计算分配力场参数。但是看到sob老师在以前的帖子上说N2/O2这种重要的小分子使用TraPPE模型参数比较好。但是TraPPE的itp文件不会编写。

1. 我只会根据第一张图片里的内容编写itp文件，给的TraPPE的参数实在看不懂。范德华参数是不是ε/kB [K]乘上理想气体摩尔常数8.314472J/（mol·K）？那力常数呢？

2. 还想请问老师，TraPPE的模型能不能和GAFF联用呢？

TraPPE：

sobereva · 发表于 Post on 2022-7-5 09:18:09

参考我写的EPM2的CO2的拓扑文件

CO2.itp (773 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 68)

如果体系的某些部分不得不用GAFF，那就联用

五月雨 · 发表于 Post on 2022-7-5 10:06:29

本帖最后由五月雨于 2022-7-5 19:44 编辑

sobereva 发表于 2022-7-5 09:18
参考我写的EPM2的CO2的拓扑文件

谢谢sob老师的回复。还想请问老师，TraPPE的参数是不是由于是刚性模型，所以没有键和角的力常数？我在编写TraPPE参数的itp文件时，把键和角都加一个约束是不是就可以了？这是我编写的，老师您看有没有问题。

sobereva · 发表于 Post on 2022-7-6 07:28:44

五月雨发表于 2022-7-5 10:06
谢谢sob老师的回复。还想请问老师，TraPPE的参数是不是由于是刚性模型，所以没有键和角的力常数？我在编 ...

是
试一下，跑起来如果形态能维持就行

高处裹棉被 · 发表于 Post on 2022-11-1 14:05:34

五月雨发表于 2022-7-5 10:06
谢谢sob老师的回复。还想请问老师，TraPPE的参数是不是由于是刚性模型，所以没有键和角的力常数？我在编 ...

作者大大您好，我看了您的N2拓扑文件，

想请问N2只有两个原子，中间那个是不是应该设置成虚拟原子？不过还想请问虚拟原子该怎么设置？

谢谢您的解答

五月雨 · 发表于 Post on 2022-11-3 08:46:21

高处裹棉被发表于 2022-11-1 14:05
作者大大您好，我看了您的N2拓扑文件，

想请问N2只有两个原子，中间那个是不是应该设置成虚拟原子？不 ...

我是参考四点水模型设置的，gromacs官方教程里面有对几种虚原子的介绍。我也不知道我设置的对不对，最后因为gro文件原子不对应问题解决起来很麻烦，我就没再用这个模型

高处裹棉被 · 发表于 Post on 2022-11-3 10:28:32

五月雨发表于 2022-11-3 08:46
我是参考四点水模型设置的，gromacs官方教程里面有对几种虚原子的介绍。我也不知道我设置的对不对，最后 ...

非常感谢，想请问您最后对氮气用的模型文件是怎样设置的，

如果可以您能提供一下具体内容吗，我想试一试

五月雨 · 发表于 Post on 2022-11-6 11:34:06

高处裹棉被发表于 2022-11-3 10:28
非常感谢，想请问您最后对氮气用的模型文件是怎样设置的，

如果可以您能提供一下具体内容吗，我想试一 ...

你试一试看看可不可行

喵星大佬 · 发表于 Post on 2023-4-4 14:53:38

五月雨发表于 2022-11-6 11:34
你试一试看看可不可行

你这里面根本就没有定义虚拟点的类型
我根据TraPPE-Small力场参数，做了一下空气的模拟(78%氮气+22%氧气)

gmx insert-molecules用两个pdb文件，

n2.pdb (245 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 53)

o2.pdb (241 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 26)

两个分子的itp文件，

N2_TraFFE.itp (440 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 61)

O2_TraFFE.itp (438 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 39)

最终的结构文件和拓扑文件

air_box.gro (131.92 KB, 下载次数 Times of downloads: 20)

air.top (527 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 37)

和常温常压模拟的mdp文件在附件里

md_NPT.mdp (683 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 34)

喵星大佬 · 发表于 Post on 2023-4-5 16:19:50

包含该力场完整参数的gromacs格式力场包(包含结构的pdb文件方便建模)已上传

见这个帖子

http://bbs.keinsci.com/thread-36352-1-1.html

margin · 发表于 Post on 2024-6-11 09:22:28

五月雨发表于 2022-7-5 10:06
谢谢sob老师的回复。还想请问老师，TraPPE的参数是不是由于是刚性模型，所以没有键和角的力常数？我在编 ...

请问作者，你联用GAFF力场和TRappe力场的时候，top文件应该怎么写。能稍微介绍一下吗?

五月雨 · 发表于 Post on 2024-6-30 12:06:00

margin 发表于 2024-6-11 09:22
请问作者，你联用GAFF力场和TRappe力场的时候，top文件应该怎么写。能稍微介绍一下吗?

N2和O2都是小分子，没有1-4相互作用，所以top我是根据GAFF力场写的
[ defaults ]
; nbfunc comb-rule gen-pairs fudgeLJ fudgeQQ
1 2 yes 0.5 0.8333

sdf · 发表于 Post on 6 day ago

margin 发表于 2024-6-11 09:22
请问作者，你联用GAFF力场和TRappe力场的时候，top文件应该怎么写。能稍微介绍一下吗?

请问作者，我现在和你有同款疑问吗？请问你最后咋解决的，方便提供一下top文件学习一下吗？

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