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[建模与可视化] VMD绘制前线轨道图与Gaussian绘制前线轨道图哪个更好看?

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发表于 Post on 2022-7-5 14:39:28 | 显示全部楼层 Show all |阅读模式 Reading model
本帖最后由 七尺贱 于 2022-7-6 16:42 编辑

近期学习了http://sobereva.com/449  [size=1.4em]用VMD绘制艺术级轨道等值面图的方法
我感觉这样子画出来的轨道图很好看,自信满满拿给老板看,结果被说丑死了,说还不如高斯默认绘制的好看。。。  我觉得很好看呀,是我审美有问题嘛?大家觉得哪个好看?投票不公开参与人,大家可以评价一下
因为我看的文章都是拿高斯画的HOMO-LUMO图,老板就问我人家为什么不画你这样的图,是人家不会吗?说大众的审美才是正确的,反正就说我的很难看。。。,可我觉得还可以呀,也有文章是按这样的方法画的,或者我还需要哪里改进嘛?
按照卢老师的帖子重新绘制了一下,分别是图A,图B,C和D,大家看看有什么需要改进的嘛,如果放到文章里更倾向于哪个图呢,我个人审美真是不足。。。
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自己高斯绘制

自己高斯绘制

自己VMD绘制

自己VMD绘制

别人文章用VMD绘制

别人文章用VMD绘制

图A

图A

图B

图B

图C

图C

图D

图D

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发表于 Post on 2022-7-5 14:49:22 | 显示全部楼层 Show all
本帖最后由 zjxitcc 于 2022-7-5 14:51 编辑

Gaussian不能画图,画图的是GaussView。

GaussView并不是只能绘制这种色调和透明度的图,你贴出的这种属于默认设置(但同时也是很多人用的),可能有些人会说难看,但其实是他们不去设置/不调整。但你贴的VMD调色和渲染方法应该说是比较漂亮的设置。所以说这几个图的比较本身就不是那么公平的。审美就是萝卜青菜,各有所爱,自己喜欢哪个用哪个就是了,没必要分出高低贵贱、主流/非主流。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-7-5 14:51:34 | 显示全部楼层 Show all
本帖最后由 七尺贱 于 2022-7-5 14:57 编辑
zjxitcc 发表于 2022-7-5 14:49
Gaussian不能画图,画图的是GaussView。

GaussView并不是只能绘制这种色调和透明度的图,你贴出的这种属 ...

谢谢,前两附图都是我自己画的,也没有想弄个高低贵贱之分。但我更倾向于在文章当中用VMD的图,但是被老板说丑,所以说在这里想问问大家觉得哪个好看。我也不知道怎么回复老板说别人为什么不用VMD画,唉

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发表于 Post on 2022-7-5 15:07:57 | 显示全部楼层 Show all
你自己画的和别人vmd画的有个重要区别:你的原子颜色和等值面颜色差不多……

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-7-5 15:10:43 | 显示全部楼层 Show all
hebrewsnabla 发表于 2022-7-5 15:07
你自己画的和别人vmd画的有个重要区别:你的原子颜色和等值面颜色差不多……

谢谢回复,这个我还没考虑到

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发表于 Post on 2022-7-5 16:35:48 | 显示全部楼层 Show all
本帖最后由 liyuanhe211 于 2022-7-6 16:39 编辑

个人认为说实话你这个VMD图是挺丑的(准确的说不是丑,它作为无信息的封面图可能比GaussView的好看,但是GaussView的图可以更容易的看出分子轨道的分布信息)。

所以如果是正文中用于讨论的图,非要在你这两个图里选一个我选GaussView。

但VMD可以改的更好。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-7-5 17:52:29 | 显示全部楼层 Show all
liyuanhe211 发表于 2022-7-5 16:35
个人认为说实话你这个VMD图是挺丑的(准确的说不是丑,它作为无信息的封面图可能比GaussView的好看,但是Ga ...

谢谢各位,我会认真修改的

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发表于 Post on 2022-7-5 18:06:23 | 显示全部楼层 Show all
vmd的好看

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发表于 Post on 2022-7-5 19:12:55 | 显示全部楼层 Show all
VMD好看

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发表于 Post on 2022-7-5 23:40:18 | 显示全部楼层 Show all
vmd好看,稍微修改一下原子颜色就更好看了

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发表于 Post on 2022-7-6 01:38:25 | 显示全部楼层 Show all
老板就问我人家为什么不画你这样的图,是人家不会吗?

>99.9%的可能性就是不会

你向老板征求意见的时候,把“别人文章用VMD绘制”拿给老板看。
你画的比“别人文章用VMD绘制”差太多,图像缺乏层次感,原子颜色和等值面颜色相似度太高,而且原子球显得太亮。整个图显得很刺眼而没有温润的感觉。直接按下文画出来的图效果比这强多了
用VMD绘制艺术级轨道等值面图的方法(含演示视频)
http://sobereva.com/449http://bbs.keinsci.com/thread-11550-1-1.html
我不知道你为什么要问“可以分享一下让我学习一下配色吗?”,明明上文的碳原子的配色就比你当前的强得多得多,你贴的文献里的图就是直接用上文的脚本生成的。而且决定效果的绝不仅仅是配色,还在于格点间距、材质(包括透明度)、渲染器选项以及绘制风格(如原子球大小、键的粗细)。

极度灵活的VMD就如同photoshop,能达到的效果完全取决于用它的人,你没法问别人用photoshop的作图效果好不好,因为这纯粹看使用的人的水平,拿photoshop初级用户作出来的图来安利photoshop等于是在贬损photoshop。

GaussView默认配色丑到不行,深红配深绿是典型的很恶心的配色。就算你自己改GaussView的配色,也远远达不到VMD能做到的效果,因为没法灵活自定义材质,不支持阴影效果和光线追踪。再加上GaussView还收费,绘制轨道的速度还远远慢于Multiwfn+VMD,在我来看完全没必要用。

要说GaussView比VMD作的图唯一的好处就是能用杠数展现形式键级。但很多情况展现形式键级反倒有误导性、没法正确表现实际电子结构(如18碳环),倒不如不展示。

下文里的各种等值面图全是Multiwfn计算格点数据然后VMD画的(除了最后一个,是Multiwfn直接画的),都相当清楚而且美观
一篇文章深入揭示外电场对18碳环的超强调控作用
http://sobereva.com/570http://bbs.keinsci.com/thread-19364-1-1.html

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办最高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班基础(中级)量子化学培训班分子动力学与GROMACS培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班。这些培训是计算化学快速入门以及全面系统性提升研究水平的最佳途径,培训各种相关信息见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2022-7-6 02:14:16 | 显示全部楼层 Show all
使用vmd批量渲染cube文件的tcl脚本vcube 更新2.0版
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 0&fromuid=26521
末尾展示了一些配色可以参考,好看是一方面,传达信息是首位

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-7-6 10:05:06 | 显示全部楼层 Show all
本帖最后由 七尺贱 于 2022-7-6 10:12 编辑
sobereva 发表于 2022-7-6 01:38
>99.9%的可能性就是不会

你向老板征求意见的时候,把“别人文章用VMD绘制”拿给老板看。

非常感谢老师,我认真再学习一下,我绘制的时候没加上C原子的tan颜色,我忽视了等值面和原子颜色比较接近的这个问题,我认真修改一下

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-7-6 10:05:18 | 显示全部楼层 Show all
QuantumicGuy 发表于 2022-7-6 02:14
使用vmd批量渲染cube文件的tcl脚本vcube 更新2.0版
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid ...

感谢

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发表于 Post on 2022-7-6 10:57:16 | 显示全部楼层 Show all
本帖最后由 阿瞳 于 2022-7-6 10:59 编辑

借个楼,我想问下这绘制出来的前线轨道到底有什么用,能说明什么问题,感觉大家都在画,但仔细看文献关于这部分的讨论什么样的都有,想怎么说就怎么说

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