gromacs模拟能量最小化后用VMD看轨迹文件时只有一步

youxx189 · 发表于 Post on 2022-7-22 18:30:58

本帖最后由 youxx189 于 2022-7-22 21:20 编辑

各位老师好，用gromacs模拟过程时，在能量最小化后用VMD看轨迹文件trr时显示只有一步，但是log文件显示是正常结束的，请问这是什么原因啊，谢谢各位老师指导。附件是所涉及到的文件，图片是VMD打开的gro文件和轨迹文件

牧生 · 发表于 Post on 2022-7-22 18:55:52

http://bbs.keinsci.com/thread-20047-1-1.html

youxx189 · 发表于 Post on 2022-7-22 21:32:34

牧生发表于 2022-7-22 18:55
http://bbs.keinsci.com/thread-20047-1-1.html

好的非常感谢可是我使用过轨迹修正，就是用gmx trjconv -s min.tpr -f min.trr -o fixedmin.trr -pbc mol命令和DynamicsBonds依旧是显示不该出现的线条。还想请教一下为什么显示轨迹只有一帧啊

sobereva · 发表于 Post on 2022-7-23 14:53:21

youxx189 发表于 2022-7-22 21:32
好的非常感谢可是我使用过轨迹修正，就是用gmx trjconv -s min.tpr -f min.trr -o fixedmin.trr -pb ...

用了DynamicsBonds，不管是否修正轨迹，都不可能出现跨盒子的线条

注意看此文
谈谈VMD可视化程序的连接关系的判断和设置问题
http://sobereva.com/534（http://bbs.keinsci.com/thread-16396-1-1.html）

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[GROMACS] gromacs模拟能量最小化后用VMD看轨迹文件时只有一步

浏览过的版块