表面吸附问题求指导

liu_tiao

一直走 发表于 2016-5-18 21:31
好的，我建的是12埃的真空层，我觉得离得应该足够远了，谢谢老师~

      如果是小分子的话，12—15埃的真空层，应该足够了。

一直走

liu_tiao 发表于 2016-5-19 10:37
如果是小分子的话，12—15埃的真空层，应该足够了。

恩，是小分子，还想请问一个问题，我们正常切的面基本都是（h k l)面，但如果是六方晶系，想切（h k i l)面，是直接把“i”去掉转换成为（h k l)吗，还有用其它方法？

卡开发发

一直走 发表于 2016-5-19 20:12
恩，是小分子，还想请问一个问题，我们正常切的面基本都是（h k l)面，但如果是六方晶系，想切（h k i l) ...

i=-(h+k)，知道哪些是等价的晶面然后选取相应等价的晶面就行了。

真空区域大小的选择我觉得还是看程序，如果是局域基组的话真空大小对计算量影响不大，尽可能取充分就行；平面波的话有条件就测试一下，偶极修正原则上得考虑，如果真的做真空大小测试的话，极性表面的能量可能根本收敛不了。12A个人觉得偏小，虽然有文献确实这么干了，如果计算资源不充分，15~20A还是要的。

liu_tiao

卡开发发 发表于 2016-5-19 22:11
i=-(h+k)，知道哪些是等价的晶面然后选取相应等价的晶面就行了。

真空区域大小的选择我觉得还是看程序 ...

   哦哦。六方晶系，有的时候文献用三指数，有的时候用四指数，虽然看起来模型相同，但是叫法不一样。原来才是这样的所。学习了~

liu_tiao

卡开发发 发表于 2016-5-19 22:11
i=-(h+k)，知道哪些是等价的晶面然后选取相应等价的晶面就行了。

真空区域大小的选择我觉得还是看程序 ...

     打开POSCAR或者CONTCAR，都是一些零散的原子。程序怎么来判断他们之间如何成键的呢，这个问题我一直没有弄明白。

卡开发发

liu_tiao 发表于 2016-5-19 22:21
打开POSCAR或者CONTCAR，都是一些零散的原子。程序怎么来判断他们之间如何成键的呢，这个问题我一直 ...

对于结构文件原子连接方式很多显示的程序能够自动判断吧，一般也就根据键长键角的范围和原子配位数这些经验的。

如果你需要严格了解原子之间的化学键，可能就需要波函数分析了。

一直走

卡开发发 发表于 2016-5-19 22:11
i=-(h+k)，知道哪些是等价的晶面然后选取相应等价的晶面就行了。

真空区域大小的选择我觉得还是看程序 ...

好的，请问老师，如果我想切ZnO(0001)晶面，是否可以切出（001）面等价它呢？

卡开发发

一直走 发表于 2016-5-20 10:47
好的，请问老师，如果我想切ZnO(0001)晶面，是否可以切出（001）面等价它呢？

（0 0 1)就行

一直走

卡开发发 发表于 2016-5-20 12:10
（0 0 1)就行

好的，谢谢老师~

一直走

卡开发发 发表于 2016-5-20 12:10
（0 0 1)就行

还想请教老师，在用Dmol3计算时，什么时候需要选“Spin unrestricted"选项?不知道我计算晶面时的报错会不会与它有关，单纯的优化晶面都报错不收敛了，我觉得不科学呀~

卡开发发

一直走 发表于 2016-5-21 16:13
还想请教老师，在用Dmol3计算时，什么时候需要选“Spin unrestricted"选项?不知道我计算晶面时的报错会不 ...

一般明显的闭壳层（无磁性）结构才使用Spin restricted，其余只要结构是磁性结构，都应该Spin unrestricted，并且尽可能让初始猜测的磁矩接近于真实情况。

你要是算Cu (1 1 1)表面的话Spin restricted就行，吸附的分子如果不是开壳层的形式，整个体系很大可能性Spin restricted就行。

我不知道你指的难收敛是哪种，SCF还是OPT？

一直走

卡开发发 发表于 2016-5-21 16:20
一般明显的闭壳层（无磁性）结构才使用Spin restricted，其余只要结构是磁性结构，都应该Spin unrestrict ...

算的是SiO2(111)面，吸附的是Cu,报的错是SCF不收敛,所以是只弛豫表面时，用Spin restricted,吸附Cu后，就用Spin unrestricted吗？

卡开发发

一直走 发表于 2016-5-21 16:31
算的是SiO2(111)面，吸附的是Cu,报的错是SCF不收敛,所以是只弛豫表面时，用Spin restricted,吸附Cu后，就 ...

奇数Cu团簇或是原子在表面的话可能就得考虑Spin unrestricted了，不过这个得具体情况具体分析了。

一直走

卡开发发 发表于 2016-5-21 19:14
奇数Cu团簇或是原子在表面的话可能就得考虑Spin unrestricted了，不过这个得具体情况具体分析了。

好的，太感谢了，以前对自旋一直是迷茫中，现在终于有点方向了~感激不尽~

yuenanshuyao

sobereva 发表于 2016-5-16 17:33
层数和吸附分子大小倒没太直接的关系，一般都是三四层。只不过吸附分子大的话需要较大的晶胞表面积

各位老师大神好，我用vasp做表面吸附，优化完分子会解离，吸附表面的催化剂原子也发生错位啥的，这是什么原因呢？该怎么解决啊