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[Gaussian/gview] 求助 从MS导入高斯之后 运行一直显示l101报错

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本帖最后由 han- 于 2022-10-26 08:50 编辑

各位老师, 我用MS绘制 然后导出pbd 用高斯走优化 一直显示报错是问什么?
我检查了一下输入 感觉也没有问题

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发表于 Post on 2022-10-24 09:23:14 | 只看该作者 Only view this author
删去(PDBName=O,ResName=MOL,ResNum=2)之类的语句
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-24 10:06:24 | 只看该作者 Only view this author
chands 发表于 2022-10-24 09:23
删去(PDBName=O,ResName=MOL,ResNum=2)之类的语句

谢谢回复 刚试了一下 删除后仍旧运行失败

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发表于 Post on 2022-10-24 10:27:20 | 只看该作者 Only view this author
han- 发表于 2022-10-24 10:06
谢谢回复 刚试了一下 删除后仍旧运行失败

贴出输入输出文件。
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发表于 Post on 2022-10-24 10:35:47 | 只看该作者 Only view this author
不要试图用 Gaussian 这类主要用来计算非周期性体系的计算程序来算周期性体系。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-24 10:50:22 | 只看该作者 Only view this author
chands 发表于 2022-10-24 10:27
贴出输入输出文件。

好的老师 已上传

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-24 10:52:45 | 只看该作者 Only view this author
乐平 发表于 2022-10-24 10:35
不要试图用 Gaussian 这类主要用来计算非周期性体系的计算程序来算周期性体系。

谢谢回复 在ms上取消了周期性 之前一直用高斯比较顺手所以想试一下高斯

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发表于 Post on 2022-10-24 11:01:48 | 只看该作者 Only view this author
han- 发表于 2022-10-24 10:52
谢谢回复 在ms上取消了周期性 之前一直用高斯比较顺手所以想试一下高斯

不是简单地去掉周期性就行了……

你这结构有大量的“悬挂键”,根本不可能稳定存在……



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发表于 Post on 2022-10-24 11:37:19 | 只看该作者 Only view this author
同意楼上。Ti和O的价态都不饱和,直接变自由基了,这个体系会崩掉。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-24 15:04:31 | 只看该作者 Only view this author
乐平 发表于 2022-10-24 11:01
不是简单地去掉周期性就行了……

你这结构有大量的“悬挂键”,根本不可能稳定存在……

谢谢您 老师是这样的,我在其他帖子中看到sobereva老师是这样解释 所以没有处理悬挂键http://bbs.keinsci.com/thread-812-1-1.html

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-24 15:06:36 | 只看该作者 Only view this author
chands 发表于 2022-10-24 11:37
同意楼上。Ti和O的价态都不饱和,直接变自由基了,这个体系会崩掉。

老师,刚开始我也考虑了这个问题,sobereva老师是这样解释的 “TiO2倒是不用管悬键,因为Ti-O是高极性的。只有截断共价键的时候才必须饱和” http://bbs.keinsci.com/thread-812-1-1.html

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-24 15:12:07 | 只看该作者 Only view this author
乐平 发表于 2022-10-24 11:01
不是简单地去掉周期性就行了……

你这结构有大量的“悬挂键”,根本不可能稳定存在……

老师 我还想请教一个问题,我画的这个二氧化钛是团簇嘛?我是用MS超胞后再去掉周期性然后直接导入到高斯中的,我看其他人的步骤是要适当删减然后变成团簇,我不知道要删减哪些原子,这个删减的原则是什么?

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发表于 Post on 2022-10-24 15:19:58 | 只看该作者 Only view this author
han- 发表于 2022-10-24 08:06
老师,刚开始我也考虑了这个问题,sobereva老师是这样解释的 “TiO2倒是不用管悬键,因为Ti-O是高极性的 ...

但是起码不能把配位高度不饱和的Ti露在外面。你表面上的Ti配位数太少了,不符合实际TiO2表面的情况。
再者,虽然可以不用饱和悬挂键,但是也需要用embedding potential等方法描述那些被你忽略的Ti4+和O2-。参见https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.inorgchem.9b00994
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-24 20:46:36 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-10-24 15:19
但是起码不能把配位高度不饱和的Ti露在外面。你表面上的Ti配位数太少了,不符合实际TiO2表面的情况。
再 ...

好的 谢谢老师

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发表于 Post on 2022-10-25 01:31:23 | 只看该作者 Only view this author
han- 发表于 2022-10-24 15:06
老师,刚开始我也考虑了这个问题,sobereva老师是这样解释的 “TiO2倒是不用管悬键,因为Ti-O是高极性的 ...

那个帖子里我是指不需要共价团簇边界的那种加氢方式处理,不是说什么情况都不需要对边界做任何考虑,特别是当你的TiO2簇非常小时更是需要刻意考虑边界效应。怎么考虑团簇的边界,在Multiwfn手册2.9.1 Wavefunction analysis on wavefunction of cluster model部分有提到
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