性能翻倍？RTX4090科学计算之经典MD模拟全面测试

Entropy.S.I · 发表于 Post on 2022-11-1 11:42:04

alanmei 发表于 2022-11-1 11:37
有一个问题是我记得Linux 5.16才开始支持大小核来着，5.15不会有奇怪的调度问题吗？

线程绑定后不受系统层调度。Linux 5.18内核只是加入了类似于Win11的自动调度机制，不使用新内核对这次测试没有影响

KiritsuguPapa · 发表于 Post on 2022-11-1 13:40:06

冰释之川发表于 2022-11-1 08:54
哈哈，原来切丝啪啪是庚子计算的人啊……

就是做一点微小的工作

Entropy.S.I · 发表于 Post on 2022-11-1 14:55:45

本帖最后由 Entropy.S.I 于 2022-11-1 14:59 编辑

fhh2626 发表于 2022-11-1 10:49
做MD效率测试强烈建议加上OpenMM，毕竟是现代MD软件的标杆

看了一下OpenMM的Benchmark，STMV模型是和AMBER官方测试一样的参数（0.9nm cutoff，4fs步长），但相同GPU下速度和AMBER比差远了。以后有空我也研究研究

万里云 · 发表于 Post on 2022-11-1 15:00:09

但某日笔者建议一些bilibili UP主测试该GPU运行“生产力”软件的发言被不学无术/不懂装懂者群起而攻之

说是评测，不都是拿金主爸爸猫腻的KOL吗？看看现在多少人捧大小核的臭脚就知道了。

如果写过并行计算程序，就知道这种架构简直是灾难。计算过程中有大量的进程/线程间同步和数据交换，小核性能不如大核，该怎么整？

全分给大核让小核围观？那小核除了凑数，让买家觉得赚到外，还有什么意义？

不管大小一视同仁？那等着让小核把大核拖慢到同样的水平上？

根据计算量和性能提前预估？还嫌代码不够复杂？谁知道过几代还兴不兴这种架构了。

抛开这些技术细节不谈，你就看蓝厂在服务器cpu上用不用这种“先进”的架构就完了。

Entropy.S.I · 发表于 Post on 2022-11-1 16:23:28

万里云发表于 2022-11-1 15:00
说是评测，不都是拿金主爸爸猫腻的KOL吗？看看现在多少人捧大小核的臭脚就知道了。

如果写过并行计算 ...

正确的，这次小核有点用处，但不代表大小核混合架构本身是好东西。

hxd_yi · 发表于 Post on 2022-11-1 16:57:40

第一次看到内网的md测试结果比外网的早，牛！！！

fhh2626 · 发表于 Post on 2022-11-1 22:09:34

Entropy.S.I 发表于 2022-11-1 14:55
看了一下OpenMM的Benchmark，STMV模型是和AMBER官方测试一样的参数（0.9nm cutoff，4fs步长），但相同GPU ...

不一样吧，OpenMM用的是很慢的LangevinMiddleIntegrator，Amber用的是毫无道理的Berendsen Thermostat

我个人的经验是当OpenMM和Amber都用Langevin integrator，或者Amber用资源消耗少一点的的Bussi thermostat的时候，OpenMM会略快一点，但基本是同一数量级

Entropy.S.I · 发表于 Post on 2022-11-1 22:44:00

fhh2626 发表于 2022-11-1 22:09
不一样吧，OpenMM用的是很慢的LangevinMiddleIntegrator，Amber用的是毫无道理的Berendsen Thermostat

...

刚刚用5950X+3080Ti测试了，AMBER官方参数（ntt=1）是36.34 ns/day，改成ntt=3, gamma_ln=5是34.45 ns/day，没有慢很多。

sobereva · 发表于 Post on 2022-11-2 07:59:26

导致FP32只有7 TFLOPS的RTX 4000比FP32有11 TFLOPS的GTX 1080Ti还强

这里的7 TFlops的数据是哪里的？RTX4000具体指什么？
RTX4090的FP32应当是83 TFlops。

Entropy.S.I · 发表于 Post on 2022-11-2 08:29:45

本帖最后由 Entropy.S.I 于 2022-11-2 08:37 编辑

sobereva 发表于 2022-11-2 07:59
这里的7 TFlops的数据是哪里的？RTX4000具体指什么？
RTX4090的FP32应当是83 TFlops。

是Quadro RTX 4000，TU106-400核心，和GeForce RTX 2070是同一个核心，频率低一些。这是英伟达给的Data Sheet：https://www.nvidia.com/content/dam/en-zz/Solutions/design-visualization/quadro-product-literature/quadro-rtx-4000-data-sheet-us-nvidia-830682-r6-web.pdf

数据在第二个附件，不是这次统一测的数据

fhh2626 · 发表于 Post on 2022-11-2 09:50:33

Entropy.S.I 发表于 2022-11-1 22:44
刚刚用5950X+3080Ti测试了，AMBER官方参数（ntt=1）是36.34 ns/day，改成ntt=3, gamma_ln=5是34.45 ns/da ...

主要是LangevinMiddleIntegrator会比常见的积分器慢，换来部分积分精度的提升

不过在你这个大体系中Amber也可能比较有优势，他们的Pairlist算法据说比较先进

LightSylvanas · 发表于 Post on 2022-11-5 14:37:34

本帖最后由 LightSylvanas 于 2023-6-19 14:34 编辑

请问您用的哪个CUDA版本，驱动是哪个版本？我用4090编译出来的vasp和gromacs都报错cuFFT有问题

Entropy.S.I · 发表于 Post on 2022-11-5 16:31:33

LightSylvanas 发表于 2022-11-5 14:37
请问您用的哪个CUDA版本，驱动是哪个版本？我用4090编译出来的vasp和gromacs都报错cuFFT有问题

最好再仔细看看，不要上来就问

sss668800 · 发表于 Post on 2022-11-7 10:33:38

本帖最后由 sss668800 于 2022-11-7 11:02 编辑

非常感谢楼主，话说UP主51972首发评测4090时测试分子动力学软件，是不是没有和你合作？
因为51972评测4090的分子动力学部分，数据几乎是一带而过的，就一页数据。
这么多数据可以考虑和up主合作出一个视频，毕竟这方面需求会很旺盛(买4090的人很多会跑MD，极具参考价值)。

有一个问题，图3绿线是纯E-Core测试的吗？请问如何做到指定纯小核测试的？
PS：12代时候因为小核实在是对性能影响太大，很多人是直接在bios里面关闭小核，搭配3080跑GMX的。
你的图3全核测试，8-10核之间的断层是个很头疼的事情，如果是13700k这种U，说不定还不如直接关小核。

LightSylvanas · 发表于 Post on 2022-11-7 10:35:30

本帖最后由 LightSylvanas 于 2022-11-7 10:39 编辑

不好意思，之前没有仔细看。
我已发现问题...之前用的GROMACS2022.2，换成GROMACS2022.3后cuFFT不再报错。
但是VASP用oneapi+openACC编译后，mpirun -np 1 vasp_std仍然会报cuFFT的错误，我现在严重怀疑是vasp的版本没有跟上（尝试过6.3.0和6.3.2，都一样），不知您是否可以测试一下vasp的加速？
我测试的配置是7950x+4090.

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