谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算

sobereva · 发表于 Post on 2022-3-2 02:49:42

作业抄发表于 2022-3-1 17:02
老师您好，我所研究的方向为钠离子电池电解液方向，比较常用到的就是Na+的脱溶剂化能。您在博文里所提到的 ...

如果是脱溶剂化过程的自由能变，而且脱完之后处于标准浓度的理想气体状态，那么是相反数

作业抄 · 发表于 Post on 2022-3-2 09:33:59

sobereva 发表于 2022-3-2 02:49
如果是脱溶剂化过程的自由能变，而且脱完之后处于标准浓度的理想气体状态，那么是相反数

谢谢老师，您这么一解释我就明白了。老师您看，这是一篇Angew里面计算脱溶剂化的公式，我是不是可以先通过博文中1-4的输入文件计算Na+带有不同个溶剂分子的能量（在第一个输入文件添加溶剂分子），最后再用文献中的公式得出我想要的脱溶剂化能？

sobereva · 发表于 Post on 2022-3-2 22:07:11

作业抄发表于 2022-3-2 09:33
谢谢老师，您这么一解释我就明白了。老师您看，这是一篇Angew里面计算脱溶剂化的公式，我是不是可以先通 ...

可以。不过他那篇文章可能是用的电子能量求差算的，而非用的溶液下自由能算的（当然后者更严格），具体看它文章里怎么说

作业抄 · 发表于 Post on 2022-3-2 22:39:31

sobereva 发表于 2022-3-2 22:07
可以。不过他那篇文章可能是用的电子能量求差算的，而非用的溶液下自由能算的（当然后者更严格），具体看 ...

谢谢老师，我明白了

Freeman · 发表于 Post on 2022-3-5 11:21:26

请问，如果我已经用隐式溶剂模型优化了分子并计算了振动频率，得到了溶液中分子的吉布斯自由能，为什么还要再算一遍溶解自由能呢？不会double count吗？

snljty · 发表于 Post on 2022-3-5 13:03:35

Freeman 发表于 2022-3-5 11:21
请问，如果我已经用隐式溶剂模型优化了分子并计算了振动频率，得到了溶液中分子的吉布斯自由能，为什么还要 ...

只看单点能部分，你这样相当于高精度方法+SMD模型得到的溶剂中的单点能，本文说的算法是高精度方法+真空得到的单点能，加上溶解自由能，来计算溶剂下的单点能。两者目的上可以认为是在算同一个东西。Truhlar的意思是因为SMD模型在M05-2X/6-31G*级别下拟合的，所以原理上通常后者精度更高。

sobereva · 发表于 Post on 2022-3-5 21:22:31

Freeman 发表于 2022-3-5 11:21
请问，如果我已经用隐式溶剂模型优化了分子并计算了振动频率，得到了溶液中分子的吉布斯自由能，为什么还要 ...

这得到的根本不是“溶液中分子的吉布斯自由能”
“隐式溶剂模型优化了分子并计算了振动频率”这个任务仅仅能得到自由能热校正量而已（虽然也给出电子能量，但由于opt freq用的级别通常太低，一般不会有人用这里给的电子能量）

作业抄 · 发表于 Post on 2022-3-6 20:53:55

sob老师，我想问计算Na+带有多个溶剂分子时的能量，溶剂分子与Na+相对位置会对计算结果有影响吗，如果有影响该怎么确定溶剂分子与Na+的位置呢

sobereva · 发表于 Post on 2022-3-6 21:20:12

作业抄发表于 2022-3-6 20:53
sob老师，我想问计算Na+带有多个溶剂分子时的能量，溶剂分子与Na+相对位置会对计算结果有影响吗，如果有影 ...

根据直觉搭建恰当的初始结构，然后优化得到

缺乏直觉的话，用genmer+molclus做团簇构型搜索得到，看
genmer：生成团簇初始构型结合molclus做团簇结构搜索的超便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2369-1-1.html

作业抄 · 发表于 Post on 2022-3-7 09:24:22

sobereva 发表于 2022-3-6 21:20
根据直觉搭建恰当的初始结构，然后优化得到

缺乏直觉的话，用genmer+molclus做团簇构型搜索得到，看

谢谢老师，我去仔细读一读

作业抄 · 发表于 Post on 2022-4-26 16:09:31

老师您好，我利用这篇博文里的四个输入文件计算了一个有机分子在不同基组下的能量，我想问一下，用第几个输出文件可以更好地表明我所计算的有机分子的LUHO和HOMO呢，我分别用这四个输出文件导入Multiwfn得到的LUMO和HOMO都不一样，谢谢老师

sobereva · 发表于 Post on 2022-4-27 05:11:34

作业抄发表于 2022-4-26 16:09
老师您好，我利用这篇博文里的四个输入文件计算了一个有机分子在不同基组下的能量，我想问一下，用第几个输 ...

没有叫LUHO的东西

恰当级别优化，直接取同时产生的轨道能量就完了
轨道能级原理上没法观测，也没有绝对的精确与否。没法严格说用什么基组算的最合理
仔细看
正确地认识分子的能隙(gap)、HOMO和LUMO
http://sobereva.com/543（http://bbs.keinsci.com/thread-16758-1-1.html）

作业抄 · 发表于 Post on 2022-4-27 10:19:16

sobereva 发表于 2022-4-27 05:11
没有叫LUHO的东西

恰当级别优化，直接取同时产生的轨道能量就完了

谢谢老师您的回复，LUHO是我打错字了

quantumlink · 发表于 Post on 2022-5-12 15:33:00

sob老师我想请问一下看文献中计算时只说了在M062X/6-311++g(d,p)级别下计算单点能是不是意味着他相当于省略了您例子中的2文件直接用3文件算出的能量进行校正
以及我想知道这样做可行吗？

sobereva · 发表于 Post on 2022-5-14 11:36:21

quantumlink 发表于 2022-5-12 15:33
sob老师我想请问一下看文献中计算时只说了在M062X/6-311++g(d,p)级别下计算单点能是不是意味着他相当于 ...

这就是我文中说的“一种粗略但比较省事的计算溶剂下焓或自由能的方法”

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[综合交流] 谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算