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[CP2K] 请问cp2k怎样计算吉布斯自由能

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本帖最后由 reid 于 2022-11-24 19:42 编辑

使用cp2k 2022.1版,拿氧气分子练习计算自由能。先优化后计算频率,输入文件见O2-opt.inp和O2-freq.inp。均顺利计算完毕,但查看频率结果时(O2-freq.out)发现“Gibbs energy correction [kJ/mol]: Infinity”,请问这是什么原因?请教如何用cp2k计算自由能,谢谢!

O2-opt.inp

3.69 KB, 下载次数 Times of downloads: 50

O2-freq.inp

3.48 KB, 下载次数 Times of downloads: 51

O2-freq.out

55.61 KB, 下载次数 Times of downloads: 38

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发表于 Post on 2022-11-24 20:11:08 | 只看该作者 Only view this author
最简单的方法,使用社长的Shermo处理你的振动分析输出文件,直接就按照Gaussian输出的样式给你了
http://sobereva.com/soft/shermo/
我唯一知道的就是我一无所知,但我是化学小迷弟

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发表于 Post on 2022-11-24 20:20:34 | 只看该作者 Only view this author
你加了三个方向的PBC,你把PBC改成NONE试试。
ORCA大法好!算得快,还免费,我爷爷的爷爷都说不赖!
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-24 21:06:40 | 只看该作者 Only view this author
chands 发表于 2022-11-24 20:20
你加了三个方向的PBC,你把PBC改成NONE试试。

您的意思是都改成非周期?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-24 21:10:16 | 只看该作者 Only view this author
ChemG 发表于 2022-11-24 20:11
最简单的方法,使用社长的Shermo处理你的振动分析输出文件,直接就按照Gaussian输出的样式给你了
http://s ...

您好,我知道社长这个软件。但是输出文件里如果没有自由能校正因子也能用软件导出来?谢谢

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发表于 Post on 2022-11-24 21:19:48 | 只看该作者 Only view this author
reid 发表于 2022-11-24 21:06
您的意思是都改成非周期?

对。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-24 21:29:41 | 只看该作者 Only view this author
reid 发表于 2022-11-24 21:06
您的意思是都改成非周期?

PBC那里改成NONE,但Gibbs Engergy correction 仍旧是 InfinityF:\serve\常用分子热力学能\1.bmp

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发表于 Post on 2022-11-24 21:35:15 | 只看该作者 Only view this author
reid 发表于 2022-11-24 21:29
PBC那里改成NONE,但Gibbs Engergy correction 仍旧是 Infinity

文件没传上来。
ORCA大法好!算得快,还免费,我爷爷的爷爷都说不赖!
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发表于 Post on 2022-11-25 00:50:35 | 只看该作者 Only view this author
reid 发表于 2022-11-24 21:10
您好,我知道社长这个软件。但是输出文件里如果没有自由能校正因子也能用软件导出来?谢谢

哪来的什么所谓的“自由能校正因子”,根本没这种东西。那叫自由能热校正量。
CP2K只要能正常输出振动频率,Shermo就能算出热力学量
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-25 08:50:06 | 只看该作者 Only view this author
非常感谢几位的回答,问题已解决,就是用sob大神的Shermo,流程很简单,先结构优化,再跑freq,最后跑单点。把单点能填到ini中,再把freq的out文件拖入Shermo窗口,马上就出来结果。再一次佩服大神!

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发表于 Post on 2024-9-26 22:17:04 | 只看该作者 Only view this author
reid 发表于 2022-11-25 08:50
非常感谢几位的回答,问题已解决,就是用sob大神的Shermo,流程很简单,先结构优化,再跑freq,最后跑单点 ...

请问吧单点能填到ini中是具体指什么,直接用freq的out拖入Shermo窗口里面的总校正能量可以代表该状态下的总能量吗

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发表于 Post on 2024-9-27 07:54:22 | 只看该作者 Only view this author
HAC 发表于 2024-9-26 22:17
请问吧单点能填到ini中是具体指什么,直接用freq的out拖入Shermo窗口里面的总校正能量可以代表该状态下的 ...

先把此文仔细看了
使用Shermo结合量子化学程序方便地计算分子的各种热力学数据
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发表于 Post on 2024-9-27 09:30:18 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-9-27 07:54
先把此文仔细看了
使用Shermo结合量子化学程序方便地计算分子的各种热力学数据
http://sobereva.com/55 ...

嗯嗯,谢谢sob老师

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发表于 Post on 2024-10-29 09:14:18 | 只看该作者 Only view this author
reid 发表于 2022-11-25 08:50
非常感谢几位的回答,问题已解决,就是用sob大神的Shermo,流程很简单,先结构优化,再跑freq,最后跑单点 ...

说到底就是最后也没用CP2K,直接用shermo算自由能就行对吧?

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