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楼主 Author: mettlyz
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[算法与编程] 编写了一个过渡态寻找程序,求测试例子

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发表于 Post on 2023-5-15 16:16:37 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 HATRE 于 2023-8-15 10:34 编辑
job 发表于 2023-5-11 16:16
能否找找一下这个反应的过渡态

结果见链接:

https://alphacat.deepchem.cn/#/d ... 335a9411c395b6054d4

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发表于 Post on 2023-5-15 20:43:55 | 只看该作者 Only view this author
mettlyz 发表于 2023-2-1 16:46
网页给一下结果:
结构优化+单点能xtb2+PWPB95/def2-TZVPP:
http://47.98.217.61/#/detail/85558

楼主您好,我想咨询您是用何种方法何实现irc在网页上动态播放的效果呢,达成这样的效果是用何种软件实现的呢

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发表于 Post on 2023-5-16 11:42:40 | 只看该作者 Only view this author
你好,可以帮忙找一下这个环加成反应的过渡态嘛,想让7号和45号,8号和44号原子之间分别成键,谢谢啦!

ts-2.1.gjf

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发表于 Post on 2023-5-17 09:46:21 | 只看该作者 Only view this author
zdede 发表于 2023-5-15 20:43
楼主您好,我想咨询您是用何种方法何实现irc在网页上动态播放的效果呢,达成这样的效果是用何种软件实现 ...

二次开发过的JSmol

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发表于 Post on 2023-5-22 10:21:58 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 HATRE 于 2023-8-10 09:29 编辑
Hear 发表于 2023-5-16 11:42
你好,可以帮忙找一下这个环加成反应的过渡态嘛,想让7号和45号,8号和44号原子之间分别成键,谢谢啦!

计算级别:PWPB95/DEF2-TZVPP//B97-3C
计算结果如下:
step1:
https://alphacat.deepchem.cn/#/d ... 3f9bbd78817aa53f678

step2:
https://alphacat.deepchem.cn/#/d ... 927a23b053f5d32c6dc


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发表于 Post on 2023-5-25 13:44:27 | 只看该作者 Only view this author
麻烦帮忙找一下这个反应的过渡态

untitled.jpg (16.42 KB, 下载次数 Times of downloads: 37)

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发表于 Post on 2023-5-26 09:03:48 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 HATRE 于 2023-8-15 10:35 编辑
Byre 发表于 2023-5-25 13:44
麻烦帮忙找一下这个反应的过渡态

结果见链接:

https://alphacat.deepchem.cn/#/d ... d49a98512a7f637372a

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发表于 Post on 2023-6-1 10:46:09 | 只看该作者 Only view this author
可以找一下这个反应的过渡态吗

qiuzhu.jpg (106.61 KB, 下载次数 Times of downloads: 41)

qiuzhu.jpg

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发表于 Post on 2023-6-1 16:44:48 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 HATRE 于 2023-8-16 14:29 编辑
treeS 发表于 2023-6-1 10:46
可以找一下这个反应的过渡态吗

计算结果:
https://alphacat.deepchem.cn/#/d ... 588bdd56cdbe8a110f9

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发表于 Post on 2023-6-7 17:25:48 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 Byra 于 2023-6-7 17:27 编辑

找一下这个反应的过渡态看看

untitled.jpg (8.08 KB, 下载次数 Times of downloads: 41)

untitled.jpg

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发表于 Post on 2023-6-7 22:24:54 | 只看该作者 Only view this author
Byra 发表于 2023-6-7 10:25
找一下这个反应的过渡态看看

这应该不是基元反应吧
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员

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发表于 Post on 2023-6-8 15:18:38 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 HATRE 于 2023-8-14 13:20 编辑
Byra 发表于 2023-6-7 17:25
找一下这个反应的过渡态看看

计算结果:

step1:
https://alphacat.deepchem.cn/#/d ... a35ae74c6cd6b15ae66

step2:
https://alphacat.deepchem.cn/#/d ... 66b86f3c22290a1d51c

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发表于 Post on 2023-6-8 15:26:39 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2023-6-7 22:24
这应该不是基元反应吧

程序跑出来的是单步反应,可能是反应发生比较快,我们会考虑一下这个问题

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发表于 Post on 2023-6-12 15:31:34 | 只看该作者 Only view this author
HATRE 发表于 2023-6-8 08:18
计算结果:
http://47.98.217.61/#/detail/9088

产物里酰胺氮和羰基不是共平面的,应该还要接续一步C-N键旋转吧
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员

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发表于 Post on 2023-6-13 16:41:16 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 HATRE 于 2023-6-13 16:49 编辑
wzkchem5 发表于 2023-6-12 15:31
产物里酰胺氮和羰基不是共平面的,应该还要接续一步C-N键旋转吧

氨基和羰基是共平面的。

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