编写了一个过渡态寻找程序，求测试例子

HATRE · 发表于 Post on 2023-7-20 10:20:39

kimariyb 发表于 2023-7-19 10:16
楼主，如果只是给出反应物和生成物，但是这个反应不是基元反应（不止一个过渡态），这个脚本能自动检测出来 ...

有部分概率是可以找到多个过渡态的

HATRE · 发表于 Post on 2023-7-20 10:22:54

余香发表于 2023-7-19 09:38
看能不能找到这个反应的过渡态,结构放在附件中了

计算结果见链接：
https://alphacat.deepchem.cn/#/d ... da68d01fbfa072b2aa6

kimariyb · 发表于 Post on 2023-7-20 12:08:36

HATRE 发表于 2023-7-20 10:20
有部分概率是可以找到多个过渡态的

您好，看看能不能帮我找一下环氧乙烷在酸性条件下开环的过渡态。我自己也用 G16 跑了一下 TS 和 IRC，看看能不能对上，TS 和 IRC 的 out 文件我以附在附件中了

IRC＆TS.zip (328.66 KB, 下载次数 Times of downloads: 12)

HATRE · 发表于 Post on 2023-7-20 13:30:47

本帖最后由 HATRE 于 2023-7-20 13:32 编辑

kimariyb 发表于 2023-7-20 12:08
您好，看看能不能帮我找一下环氧乙烷在酸性条件下开环的过渡态。我自己也用 G16 跑了一下 TS 和 IRC，看 ...

成断键原子对编号是不是这个：断键：3 8 ；成键 8 9，1 3

yxdd98 · 发表于 Post on 2023-7-20 13:50:00

本帖最后由 yxdd98 于 2023-7-20 13:55 编辑

您好，请问能麻烦帮忙找下这个吸附反应的过渡态吗？成键：62 10，33 60；断键（被拉长）：63 62，63 60（有解离吸附的倾向，所以这两个断键长变化可能不是对称的）【原子序号从1开始】。使用的是簇模型，所以文件里边缘原子被固定了，我是打算用r2SCAN优化，但b3lyp-d3(bj) 配上def2-SVP或者6-31g*（对C O H)＋赝势基组（对碘）也是可以滴。

kimariyb · 发表于 Post on 2023-7-20 15:10:02

HATRE 发表于 2023-7-20 13:30
成断键原子对编号是不是这个：断键：3 8 ；成键 8 9，1 3

断键 1 3，8 9；成键 3 8，1 12

HATRE · 发表于 Post on 2023-7-27 08:56:39

kimariyb 发表于 2023-7-20 15:10
断键 1 3，8 9；成键 3 8，1 12

优化：B3LYP/6-311G(D)
单点能计算：PWPB95/DEF2-TZVPP
https://alphacat.deepchem.cn/#/d ... e59b8d742b61aeb8dd7

HATRE · 发表于 Post on 2023-7-27 08:58:13

yxdd98 发表于 2023-7-20 13:50
您好，请问能麻烦帮忙找下这个吸附反应的过渡态吗？成键：62 10，33 60；断键（被拉长）：63 62，63 60（有 ...

优化：R2SCAN-3C
单点能计算：PWPB95/DEF2-TZVPP
https://alphacat.deepchem.cn/#/d ... 8d1a8daa935edcc6fb8

kimariyb · 发表于 Post on 2023-7-27 09:47:58

HATRE 发表于 2023-7-27 08:56
优化：B3LYP/6-311G(D)
单点能计算：PWPB95/DEF2-TZVPP
https://alphacat.deepchem.cn/#/detail/7a4e8 ...

万分感谢

yxdd98 · 发表于 Post on 2023-7-27 13:09:11

HATRE 发表于 2023-7-27 08:58
优化：R2SCAN-3C
单点能计算：PWPB95/DEF2-TZVPP
https://alphacat.deepchem.cn/#/detail/9de7d886120 ...

牛牛牛，我原本预测是会形成C-O-I-O-C的环状，但查了一些文献、自己搜索过渡态以及看了您的结果之后，可能O直接与C作用的确是更合适的，非常感谢

Anmmun · 发表于 Post on 2023-8-1 16:10:36

老师，可以试一下我这个吗？石墨烯材料和无机小分子的过渡态，初步判断O62和O63的键会拉长断开，O63和H64的键会拉长断开，然后O63连接到Fe1上面。体系的电荷和自旋多重度就是gjf文件设置的那样，gjf没有对键进行拉长，只是把两个优化过的分子摆上了。谢谢您~

HATRE · 发表于 Post on 2023-8-2 11:05:41

Anmmun 发表于 2023-8-1 16:10
老师，可以试一下我这个吗？石墨烯材料和无机小分子的过渡态，初步判断O62和O63的键会拉长断开，O63和H64的 ...

断键是62 63，63 64，成键原子对是1 63 对么

Anmmun · 发表于 Post on 2023-8-2 11:34:20

HATRE 发表于 2023-8-2 11:05
断键是62 63，63 64，成键原子对是1 63 对么

是这样的，但只是我的个人判断，我不知道真正的化学反应这样能不能发生

HOTf · 发表于 Post on 2023-8-8 13:19:11

我想找一下这个反应的过渡态，成键：1 27、断键：27 30，反应物结构在附件中

HATRE · 发表于 Post on 2023-8-9 13:56:54

HOTf 发表于 2023-8-8 13:19
我想找一下这个反应的过渡态，成键：1 27、断键：27 30，反应物结构在附件中

计算结果见链接：
https://alphacat.deepchem.cn/#/d ... f1592d6813cdef32f6c

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[算法与编程] 编写了一个过渡态寻找程序，求测试例子

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