自己构建非标准残基时，在添加离子步骤报错

小伟伟 · 发表于 Post on 2023-3-19 20:15:10

我使用sobereva老师的Multiwfn工具计算我需要构建的小分子的RESP电荷，然后应用sobtop程序产生了小分子的.top、.rtp、.gro、.itp文件。使用GROMACS自带的pdb2gmx工具产出了生物大分子的.gro、文件和.top文件，然后手动将产生的小分子.itp文件include到生物大分子.top文件中，同时将小分子.gro文件的坐标拷贝到生物大分子.gro文件坐标的末尾部分。在使用grompp命令合成.tpr文件时发生报错，所用命令为gmx_mpi grompp -f ions.mdp -c 5oqv_solv.gro -p topol.top -o ions.tpr。报错图片及相关文件如下

以上三张图片分别为：报错图片、报错文件相应位置、.top文件手动include .itp文件部分

牧生 · 发表于 Post on 2023-3-19 20:41:50

大概率是我以前犯过的错误

http://bbs.keinsci.com/thread-19761-1-1.html

sobereva · 发表于 Post on 2023-3-20 05:07:30

不知道你贴运行Multiwfn后报错那个截图是什么意思。报错明显是没按照Multiwfn手册2.1.2节恰当安装

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[GROMACS] 自己构建非标准残基时，在添加离子步骤报错

浏览过的版块