求助：cp2k安装出错Could not compile a Fortran program with an 'use mpi' state...

qmlearner

乐平 发表于 2023-4-4 11:46
我在 10 楼的帖子里告诉你了呀，你可以用

命令查看你调用的是哪个 MKL

我的情况是管理员安装了一个MKL，并且设置成了全局变量，但是我用这个MKL编译时总是报错。所以想自己普通用户安装一个MKL，在自己本地的~/.bashrc中设置好自己安装的MKL的位置。我的问题是我本地~/.bashrc中source的优先级是否会低于/ect/profile中的优先级？

乐平

qmlearner 发表于 2023-4-4 13:06
我的情况是管理员安装了一个MKL，并且设置成了全局变量，但是我用这个MKL编译时总是报错。所以想自己普通 ...

你可以先安装试试
调用之后用 echo $MKLROOT 看看就知道调用的是哪个
或者，你现在就可以用 echo $MKLROOT 查看是否一登录就自动调用了 MKL。如果不是一登录就调用了管理员安装的 MKL，那就不存在什么优先级。

qmlearner

乐平 发表于 2023-4-4 15:08
你可以先安装试试
调用之后用 echo $MKLROOT 看看就知道调用的是哪个
或者，你现在就可以用 echo $MKLR ...

对的，现在一登录就是调用的管理员安装的那个

abin

qmlearner 发表于 2023-4-4 11:28
请问下大佬，如果我自己离线安装一个MKL的话，/etc/profile中的变量会把我自己的覆盖吗？就是编译cp2k的 ...

自己开个虚拟机试试不就得了……

我记不住……

乐平

qmlearner 发表于 2023-4-4 15:46
对的，现在一登录就是调用的管理员安装的那个

emmmmmm

你联系你们集群的管理员，让他安装 environment modules，并设置好各个编译器，软件的 modulefile

官网：https://modules.sourceforge.net/
手册：https://modules.readthedocs.io/en/latest/INSTALL.html

以后调用的时候直接 module load xxx (其中 xxx 代表要调用的任何环境），不用的时候 module unload xxx

集群不设置 modules 太容易各种环境冲突，出现了问题就很麻烦。

qmlearner

abin 发表于 2023-4-4 16:26
自己开个虚拟机试试不就得了……

我记不住……

刚才装了一个Intel OneAPI base，export 了一下MKL，echo $MKLROOT显示是我自己装的MKL

qmlearner

乐平 发表于 2023-4-4 16:33
emmmmmm

你联系你们集群的管理员，让他安装 environment modules，并设置好各个编译器，软件的 module ...

嗯嗯，刚才装了一个Intel OneAPI base，export 了一下MKL，echo $MKLROOT显示是我自己装的MKL。等我再编译一把试试看。多谢啦

qmlearner

qmlearner 发表于 2023-4-4 16:47
嗯嗯，刚才装了一个Intel OneAPI base，export 了一下MKL，echo $MKLROOT显示是我自己装的MKL。等我再编 ...

刚才从头开始重新编译了一下，没有看到关于mkl的问题了，但是出现了xx/cp2k-2-23.1/exts/dbcsr/src/mpi/dbcsr_mpiwrap.F:23:7: Fatal Error： Cannot read module 'mpi.mod' opened at (1), because it was created by a different version of GNU Fortran的错误。

疯了啊，这是啥原因啊？

乐平

qmlearner 发表于 2023-4-4 17:07
刚才从头开始重新编译了一下，没有看到关于mkl的问题了，但是出现了xx/cp2k-2-23.1/exts/dbcsr/src/mpi/d ...

确认一下 mpi 的版本

1. which mpirun

复制代码

再确认一下 gcc 的版本

1. gcc -v

复制代码

或者 gcc 和 openmpi 都重新用 toolchain 安装，不要用系统自带的。

1. ./install_cp2k_toolchain.sh --math-mode=mkl --with-gcc=install --with-openmpi=install --with-ptscotch=install --with-superlu=install  --with-pexsi=install  --with-quip=install --with-plumed=install  --with-libtorch=install

复制代码

qmlearner

乐平 发表于 2023-4-4 17:18
确认一下 mpi 的版本

mpi 是openmpi411，gcc是9.3.0。我看卢老师的帖子里说系统里装了openmpi，再用toolchain安装的话可能会造成冲突。怕以前装的软件也不能用了，一直没尝试用toolchain安装openmpi。

乐平

qmlearner 发表于 2023-4-4 17:27
mpi 是openmpi411，gcc是9.3.0。我看卢老师的帖子里说系统里装了openmpi，再用toolchain安装的话可能会造 ...

不会冲突

qmlearner

乐平 发表于 2023-4-4 18:07
不会冲突

我用toolchain安装了openmpi4.1.4，gcc还是用9.3.0，刚才测试了一下，编译成功了。多谢老师指导！

乐平

qmlearner 发表于 2023-4-6 17:49
我用toolchain安装了openmpi4.1.4，gcc还是用9.3.0，刚才测试了一下，编译成功了。多谢老师指导！

祝贺！

由于每次运行 CP2K 的时候都需要 source 你自己安装的环境，也就是安装的时候程序提示你的

1. source cp2k/tools/toolchain/install/setup

复制代码

所以你编译时候安装的 openmpi 和你之前系统里的 openmpi 不会冲突。同理，你如果安装 gcc 也不会与你系统的 gcc 冲突。

qmlearner

乐平 发表于 2023-4-9 21:52
祝贺！

由于每次运行 CP2K 的时候都需要 source 你自己安装的环境，也就是安装的时候程序提示你的

嗯嗯，CP2K的运行环境相当于一个自治区（只有=system的时候会用一下外援），理解了，谢谢老师！