使用Multiwfn计算丝氨酸简缩福井函数不符合实际的问题

a_liaojin · 发表于 Post on 2023-4-2 19:39:43

本帖最后由 a_liaojin 于 2023-4-2 19:58 编辑

关于使用Multiwfn_3.8_dev计算丝氨酸简缩福井函数不符合实际的问题，在这里想请教一下大家。本人希望运用Multiwfn程序计算某些氨基酸的活性位点，拜读了sob老师的文章之后自己尝试操作了一下，以丝氨酸为例，通过计算得出的结果如图所示，结果发现氨基上的氮原子的f - 最大，羰基上的碳原子f +最大，如果这意味着这两个位置上的分别容易发生亲电反应和亲核反应，这就可能不符合实际情况了，出现这种情况是什么原因导致的呢？本人愚笨还请老师们赐教。

计算方法如下：丝氨酸分子经过chem3d MM2简单优化后，在Gaussian 09W进行了结构优化，采用的是b3lyp/6-311g(d,p)，得到.out文件后保存成.gjf格式，再在Multiwfn_3.8_dev得出N,N+1,N-1.gjf文件，用Gaussian 09W计算分别得出.wfn后得出的结果。敬请老师批评指正。

七尺贱 · 发表于 Post on 2023-4-2 19:56:30

6-311不是6-113

a_liaojin · 发表于 Post on 2023-4-2 19:59:02

七尺贱发表于 2023-4-2 19:56
6-311不是6-113

感谢您，已修正

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-4-2 23:06:24

本来通过简缩福井函数判断亲核亲电位点的错误率就很高，很多时候还不如人用常识判断更准。这不是Multiwfn的问题，而是简缩福井函数理论的问题。

sobereva · 发表于 Post on 2023-4-3 10:10:53

如果你已知实际发生反应的是某些原子，就不要管其它原子的福井函数值，这是使用福井函数预测反应位点的基本常识

另外，预测亲核位点用f+的可靠性很低，仔细看此文
Comparative study on the methods for predicting the reactive site of nucleophilic reaction（https://link.springer.com/article/10.1007%2Fs11426-015-5494-7）
TCA上的一篇对比不同原子电荷预测反应位点、亲电/亲核性的文章（http://bbs.keinsci.com/thread-15512-1-1.html）

weiyuanshi · 发表于 Post on 前天 19:59

预测亲核位点用f+的可靠性很低？

sobereva · 发表于 Post on 前天 21:27

weiyuanshi 发表于 2024-11-25 19:59
预测亲核位点用f+的可靠性很低？

仔细看
Comparative study on the methods for predicting the reactive site of nucleophilic reaction（https://link.springer.com/article/10.1007%2Fs11426-015-5494-7）

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