如何构建非标准氨基酸残基的charmm力场文件？

二次元phy宅鸮 · 发表于 Post on 2023-4-5 16:31:11

大家好，最近需要构建非标准残基的力场参数，参考了许多教程，发现大家有很成熟的用GAFF，GROMOS力场等构建非标准残基，然后用gromacs进行模拟的方法。包括sob老师开发的Sobtop程序：使用Sobtop超级方便地创建二茂铁的GROMACS的拓扑文件 - 分子模拟 (Molecular Modeling) - 计算化学公社 (keinsci.com)

由于是膜蛋白体系，想用charmm36力场，但是以上方法都不支持。所以想问问大家有没有相关经验或者建议，感谢！

喵星大佬 · 发表于 Post on 2023-4-5 16:46:32

charmm-GUI

二次元phy宅鸮 · 发表于 Post on 2023-4-5 16:57:12

喵星大佬发表于 2023-4-5 16:46
charmm-GUI

请问是PDB Reader & Manipulator里的功能吗？我的残基比较复杂，里面提供的非标准残基选项比较少所以生成不了...

sobereva · 发表于 Post on 2023-4-5 18:10:36

跑膜蛋白和用charmm36没有必然关系
跟GAFF兼容的磷脂力场可以用Slipids、Lipid17，都有现成的GROMACS力场包
跟GROMOS兼容的磷脂力场有Kukol、Poger等，也都有现成的GROMACS力场包

二次元phy宅鸮 · 发表于 Post on 2023-4-5 20:17:23

sobereva 发表于 2023-4-5 18:10
跑膜蛋白和用charmm36没有必然关系
跟GAFF兼容的磷脂力场可以用Slipids、Lipid17，都有现成的GROMACS力场 ...

谢谢sob老师，主要是我们之前的工作都是用charmm力场做的，现在想做突变对比一下，所以希望还是用原来的力场

k64_cc · 发表于 Post on 2023-4-9 15:34:15

charmm力场+非标准残基，只能说殊为不智。这玩意支持得实在是不太好……

Lyueyang2020 · 发表于 Post on 2024-3-11 19:09:58

请问楼主解决了使用【CHARMM-GUI】处理非标准残基（比较复杂的支链）吗？我想使用CHARMM-GUI使用CHARMM36力场，然后生成拓扑坐标使用Amber跑MD。非常感激楼主的答复

二次元phy宅鸮 · 发表于 Post on 2024-3-22 17:00:32

Lyueyang2020 发表于 2024-3-11 19:09
请问楼主解决了使用【CHARMM-GUI】处理非标准残基（比较复杂的支链）吗？我想使用CHARMM-GUI使用CHARMM36力 ...

我后来是按照sob老师的建议放弃了charmm36，改用charmm-gui支持的ff14SB，Lipid+GaFF力场组合。回复较晚抱歉。

xtzhang · 发表于 Post on 2024-5-21 16:12:05

Lyueyang2020 发表于 2024-3-11 19:09
请问楼主解决了使用【CHARMM-GUI】处理非标准残基（比较复杂的支链）吗？我想使用CHARMM-GUI使用CHARMM36力 ...

您好，想问一下您已经解决了嘛~

xtzhang · 发表于 Post on 2024-5-21 16:18:03

二次元phy宅鸮发表于 2024-3-22 17:00
我后来是按照sob老师的建议放弃了charmm36，改用charmm-gui支持的ff14SB，Lipid+GaFF力场组合。回复较晚 ...

您好，想请教一下您，您也是用amber跑md吗，侧链您是怎么处理的呀~

Lyueyang2020 · 发表于 Post on 2024-6-4 09:40:11

xtzhang 发表于 2024-5-21 16:12
您好，想问一下您已经解决了嘛~

我后来用gromacs了，网上有很多gromacs处理非标准残基的教程，力场也是使用的charmm，如何下载力场网上也有教程，抱歉刚回复。gromacs生成top坐标之后可以转为amber格式的用amber跑，但是我也不知道对不对。
同时我想请教一个问题：在生成top之前，像这种多肽带非标准残基大支链（123个原子）如何进行几何优化呢，小分子用高斯优化但是这么大的支链感觉是不可行的，也请大神赐教。

Lyueyang2020 · 发表于 Post on 2024-6-4 09:47:11

sobereva 发表于 2023-4-5 18:10
跑膜蛋白和用charmm36没有必然关系
跟GAFF兼容的磷脂力场可以用Slipids、Lipid17，都有现成的GROMACS力场 ...

想请教老师一个问题：我想使用charmm力场，做一段【多肽（带有非标准残基支链）-蛋白】复合物MD，其中多肽带有一段123个原子的非标准残基，使用支链修饰的。请问老师构建多肽支链初始结构时，如何进行几何优化呢，我是使用DS直接进行多肽连接支链的（其中支链是对接在上述蛋白内的），所以不清楚如何进行多肽-支链几何优化，在没有几何优化（直接使用DS clean）也可以直接进行MD，但是不知道计算出的MMPBSA是否可信（多肽-蛋白结合能）。
感激老师解答！

二次元phy宅鸮 · 发表于 Post on 2024-7-28 12:48:49

xtzhang 发表于 2024-5-21 16:18
您好，想请教一下您，您也是用amber跑md吗，侧链您是怎么处理的呀~

我按照Amber官网教程处理的（[Setting up a DNA-Ligand System (ambermd.org)](http://ambermd.org/tutorials/advanced/tutorial1/index.php)），用tleap构建力场文件后，再转为gmx文件进行模拟

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