请问opc3.itp和opc.itp在哪里下载呢？

UTM · 发表于 Post on 2023-5-27 22:55:50

如题，或者请有这两个文件的大佬分享一下，感激不尽！

MercuryLamp · 发表于 Post on 2023-5-28 01:00:55

本帖最后由 MercuryLamp 于 2023-5-28 01:03 编辑

gmx格式的opc力场文件可以在这里下载https://bioinformatics.cs.vt.edu/~izadi/OPC_Gromacs/opc.top
其实OPC和OPC3的力场文件都可以通过改TIP4P和TIP3P的力场参数来获得

UTM · 发表于 Post on 2023-5-28 02:42:41

MercuryLamp 发表于 2023-5-28 01:00
gmx格式的opc力场文件可以在这里下载https://bioinformatics.cs.vt.edu/~izadi/OPC_Gromacs/opc.top
其实O ...

这个是四点水的opc水模型的top文件吗？请问有没有三点水的opc3的top文件呢？

MercuryLamp · 发表于 Post on 2023-5-28 15:46:25

UTM 发表于 2023-5-28 02:42
这个是四点水的opc水模型的top文件吗？请问有没有三点水的opc3的top文件呢？

你照着OPC和TIP4P的区别，把TIP3P的参数改成OPC3的参数就行

MercuryLamp · 发表于 Post on 2023-5-28 15:51:41

本帖最后由 MercuryLamp 于 2023-5-28 16:10 编辑

或者你直接用这个

UTM · 发表于 Post on 2023-5-28 20:07:19

MercuryLamp 发表于 2023-5-28 15:51
或者你直接用这个

好的，谢谢！

slxc920113 · 发表于 Post on 2023-5-28 20:08:13

AuToFF（https://cloud.hzwtech.com/web/personal-space/auto-ff/all-atom）支持多种水模型，画一个水分子，然后选择合适的水模型，后面一路点击下一步即可生成你需要的itp文件，对于四点水模型，还会自动帮你添加虚原子。

Are · 发表于 Post on 2023-12-27 16:31:57

MercuryLamp 发表于 2023-5-28 15:51
或者你直接用这个

你好，请问opc3和tip3P的区别是啥啊

MercuryLamp · 发表于 Post on 2023-12-28 10:38:11

Are 发表于 2023-12-27 16:31
你好，请问opc3和tip3P的区别是啥啊

σ，ε，O和H的电荷，O-H键长，H-O-H键角这些参数不同，TIP3P是比较老的水模型了，精度不算太高，但描述生物大分子所处水环境一般也够用（不过很多力场都有御用的水模型，一般搭配使用比较好），而OPC3应该是目前常规模拟精度最好的三点水模型。
sobereva老师之前分享过一篇水模型精度横测的文献（http://bbs.keinsci.com/thread-25479-1-1.html），你可以看一下。另外如果时间精力允许的话，也建议参加一下科音的GROMACS培训班，这些我也是在培训班上学到的。

Are · 发表于 Post on 2023-12-28 14:26:30

MercuryLamp 发表于 2023-12-28 10:38
σ，ε，O和H的电荷，O-H键长，H-O-H键角这些参数不同，TIP3P是比较老的水模型了，精度不算太高，但描述 ...

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