利用Lammps ReaxFF研究反应动力学一例

qzupc · 发表于 Post on 2023-11-8 09:22:26

Graphite 发表于 2023-11-7 20:26
这个没有统一标准或者统一方法，可以自己调。

好的老师，我调整一下试试

lihaha · 发表于 Post on 2023-12-27 21:21:02

答主您好，参考lammps官方文档，感觉应该是reax/c/species会覆盖接邻列表更新的默认设定，而不是reax/c/bonds。不知道我的理解对不对

ggshining · 发表于 Post on 2024-1-16 11:48:10

感谢分享，难得的reaxff经验。
“ReaxFF模块可以用KOKKOS的方式使用GPU加速，前提是自行编译了GPU、KOKKOS包”
想请问下，GPU和KOKKOS包都编译了的话，是用哪个包进行加速呢？一起用？咋提交呢

Graphite · 发表于 Post on 2024-1-17 08:34:21

ggshining 发表于 2024-1-16 11:48
感谢分享，难得的reaxff经验。
“ReaxFF模块可以用KOKKOS的方式使用GPU加速，前提是自行编译了GPU、KOKKOS ...

前面没写清楚，编译一个即可，一般用kokkos更快
单卡单进程：lmp -in [in文件] -k on g 1 -sf kk -pk kokkkos newton on neigh half
多卡需结合mpirun，详见lammps官网

evenn · 发表于 Post on 2024-2-1 11:55:07

老师您好，请问您在文中提到的查看轨迹文件使用的是什么软件呢（我看您的轨迹文件里面有显示键）？我用可视化软件ovito观察输出的dump文件，原子之间没有键连接，而且看到生成的物种和lammps直接输出的species文件所给出的产物类型不同，这个您清楚是什么原因吗？

Graphite · 发表于 Post on 2024-2-1 15:09:19

evenn 发表于 2024-2-1 11:55
老师您好，请问您在文中提到的查看轨迹文件使用的是什么软件呢（我看您的轨迹文件里面有显示键）？我用可视 ...

OVITO插件create bonds，根据vdw半径判断成键；OVITO插件load trajectories也可以直接读取lammps fix reax/c/bonds输出的bond文件。
两个单论效果差不多。

Graphite · 发表于 Post on 2024-2-1 15:14:02

本帖最后由 Graphite 于 2024-2-1 15:16 编辑

evenn 发表于 2024-2-1 11:55
老师您好，请问您在文中提到的查看轨迹文件使用的是什么软件呢（我看您的轨迹文件里面有显示键）？我用可视 ...

“生成的物种和lammps直接输出的species文件所给出的产物类型不同“，不知道怎么什么生成的物种。
但本质上，软件的算法无非是按照键级/键长的判据把键连关系弄出来，然后再根据键连关系判断物种，所以就是个判据、判断的问题。
vmd/ovito之类是根据键长，可以用键长半径相关的设置调；lammps fix reax/c/species是根据键级，其实也间接和键长相关，可以用cutoff关键词调。
默认判据和自己调都有一定主观指定的意味，所以要做讲究一点的话，得有些依据。

evenn · 发表于 Post on 2024-2-1 18:09:39

Graphite 发表于 2024-2-1 15:14
“生成的物种和lammps直接输出的species文件所给出的产物类型不同“，不知道怎么什么生成的物种。
但本 ...

好的，我再琢磨琢磨，谢谢老师回答

被科研狠狠摩擦 · 发表于 Post on 2024-2-29 21:54:23

老师，你好，我想请问一下chemtrayzer怎么运行呢

davi · 发表于 Post on 2024-3-1 11:29:03

老师，您好，我用lammps但不用反应力场，我看了您的文章还是很有收获，有个问题想要请教一下，再跑lammps之前不需要对分子进行结构优化嘛？

Graphite · 发表于 Post on 2024-3-1 13:22:54

davi 发表于 2024-3-1 11:29
老师，您好，我用lammps但不用反应力场，我看了您的文章还是很有收获，有个问题想要请教一下，再跑lammps ...

不管什么软件，MD模拟前结构都要基本合理、和力场匹配。例如原子间距离（角度）等不能和力场定义的平衡长度（角度）相差太远，周期性的体系边缘要处理好等。

能量最小化（结构优化）的意义也就是消除结构的不合理性，避免MD的初始几步因为过高的能量/力/速度而崩掉。如果建模的时候质量已经比较好，能合理地跑起来就不是必须能量最小化（结构优化）。

当然还是看具体问题，例如某炸药正常密度是1.8，想做平衡模拟，却输入了个密度2.1的模型，程序上倒是能跑，但初始瞬时力偏大就直接炸掉了，成了压缩起爆模拟。

davi · 发表于 Post on 2024-3-1 14:24:55

Graphite 发表于 2024-3-1 13:22
不管什么软件，MD模拟前结构都要基本合理、和力场匹配。例如原子间距离（角度）等不能和力场定义的平衡长 ...

老师，那是否需要比如采用Gaussian对分子进行opt呢，还是直接用Gsview建好模型将对应力场的长度、角度赋给模型呢，感谢老师

Graphite · 发表于 Post on 2024-3-1 18:00:30

davi 发表于 2024-3-1 14:24
老师，那是否需要比如采用Gaussian对分子进行opt呢，还是直接用Gsview建好模型将对应力场的长度、角度赋 ...

不用，guassian优化自然是基于量子化学的方法。既然是做分子模拟用lammps本身、模拟用什么势函数就用什么，minimize一下就可以，如果有必要，跑短步长一小会儿的MD使其平衡即可。

davi · 发表于 Post on 2024-3-1 18:32:58

Graphite 发表于 2024-3-1 18:00
不用，guassian优化自然是基于量子化学的方法。既然是做分子模拟用lammps本身、模拟用什么势函数就用什么 ...

感谢老师!

maoxinxina · 发表于 Post on 2024-4-11 10:29:06

运行报错ERROR on proc 0: The ReaxFF parameter file ../params/ffield.reax.chon.2019.params cannot be opened: No such file or directory (src/REAXFF/reaxff_ffield.cpp:72)

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